Il s'agit de la commande bp_mask_by_searchp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bp_mask_by_search - masquer une ou plusieurs séquences en fonction de ses résultats d'alignement
SYNOPSIS
bp_mask_by_search.pl -f blast genomefile blastfile.bls > maskedgenome.fa
DESCRIPTION
Séquence de masque basée sur les alignements significatifs d'une autre séquence. Vous devez fournir
le fichier de rapport et l'ensemble des données de séquence que vous souhaitez masquer. Par défaut, cette option
supposons que vous ayez fait un TBLASTN (ou TFASTY) et essayez de masquer la séquence de frappe en supposant
Vous avez fourni le fichier de séquence pour la base de données des hits. Si vous souhaitez effectuer la
inverser et masquer la séquence de requête, spécifier l'indicateur de requête -t/--type.
Cela va lire l'intégralité du fichier de séquence en mémoire, donc pour les grands génomes, cela peut
tomber. J'utilise DB_File pour éviter de tout conserver en mémoire. Une solution consiste à
diviser le génome en morceaux (AVANT d'exécuter la recherche dans la base de données, vous devez utiliser le
fichier exact que vous avez utilisé comme entrée pour ce programme).
Sous le double tiret (--), les options sont de la forme --format=fasta ou --format fasta ou vous
je peux juste dire -f fasta
Par « -f/--format », j'entends que les deux options sont acceptables. Les options =s, =n ou =c les spécifient.
les arguments attendent une « chaîne »
Options :
-f/--format=s Format du rapport de recherche (fasta,blast,axt,hmmer,etc)
-sf/--sformat=s Format de séquence (fasta,genbank,embl,swissprot)
--hardmask (booléen) Masquer la séquence de manière rigide
avec le masque [le masque par défaut est en minuscules]
--maskchar=c Caractère à masquer avec [la valeur par défaut est N], modifier
à « X » pour les séquences protéiques
-e/--evalue=n Valeur limite d'évaluation pour les HSP et les Hits, uniquement
séquence de masque si l'alignement a une evalue spécifiée
ou mieux
-o/--out/
--outfile=fichier Fichier de sortie dans lequel enregistrer la séquence masquée.
-t/--type=s Type de séquence d'alignement que vous souhaitez masquer, le
« hit » ou la séquence « query ». [la valeur par défaut est « hit »]
--minlen=n Longueur minimale d'un HSP pour qu'il soit utilisé
en masquage [par défaut 0]
-h/--help Voir ces informations d'aide
AUTEUR - Jason Stadjich
Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org.
Utilisez bp_mask_by_searchp en ligne à l'aide des services onworks.net
