bp_papplmaker.plp - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

papplmaker.PLS - Générateur de modules d'outils d'analyse

SYNOPSIS

# Obtenir de l'aide
papplmaker.PLS -h

# générer le module pour le programme 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# idem, mais spécifiez où trouver 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://localhost:8080/axe/services

# idem, mais spécifiez une méthode d'accès autre que celle par défaut pour 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-un corba

# générer des modules pour toutes les analyses disponibles
# (en utilisant l'emplacement par défaut et la méthode d'accès par défaut)
papplmaker.PLS

# ne pas générer mais voir ce qui serait généré
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# générer le module pour l'analyse 'edit::seqret'
# mais nommez-le 'MySeqret'
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret

# ...et l'utiliser
utilisez MySeqret ;
print new MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt')
->osformat ('embl')
->wait_for
-> suite ;

# idem mais place le résultat dans le répertoire '/tmp/my'
# (les répertoires n'ont pas besoin d'exister)
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# générer des modules pour toutes les analyses dont les noms
# correspond à une expression régulière donnée (insensible à la casse)
papplmaker.PLS -r 'éditer'

# idem, mais nom du module généré avec vos propres noms
# (laisser papplmaker.PLS substituer des parties de vos noms)
papplmaker.PLS -r 'éditer' -m 'Mon_$ANALYSE'

DESCRIPTION

Le module "Bio::Tools::Run::Analysis" donne accès à l'analyse locale et à distance
outils de manière unifiée (définie dans "Bio::AnalysisI"). Le module utilise une approche générale
permettant de définir des données d'entrée arbitraires et de récupérer les résultats en les nommant. Cependant,
est parfois plus pratique d'utiliser un module spécifique, représentant un outil d'analyse,
qui connaît déjà les noms d'entrée et de résultat disponibles.

Le générateur « papplmaker.PLS » crée de tels modules dédiés.

"papplmaker.PLS" utilise la même méthode d'accès que le module général - ce qui signifie que
selon le paramètre "access" il peut utiliser SOAP, CORBA ou tout autre (supporté)
protocole, ou il peut accéder à l'analyse locale (disponible sur la même machine où
"papplmaker.PLS" est invoqué).

"papplmaker.PLS" fait son travail soit pour une analyse nommée (spécifiée par l'option "-n",
ou il utilise le module "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory" afin de trouver quelles sont les analyses
disponible, et peut limiter leur nombre en comparant avec une expression régulière donnée par
l'option "-r".

Le ou les modules générés sont nommés par défaut de la même manière que les noms des
analyses correspondantes, mais cela peut être modifié par l'option "-m" qui est en fait un
modèle où les chaînes suivantes sont reconnues et remplacées :

$ANALYSIS ou ${ANALYSIS}
Sera remplacé par le nom de l'analyse.

$CATEGORY ou ${CATEGORY}
Sera remplacé par le nom de la catégorie à laquelle appartient l'analyse.

$SERVICE ou ${SERVICE}
Sera remplacé par le nom complet du service (qui est généralement une concaténation
d'une catégorie et d'un nom d'analyse, et il est également utilisé comme nom de module par défaut, d'ailleurs).

Quelle est la différence entre le « service » et « l'analyse », et que signifie « catégorie » ?
Parfois, ces termes peuvent prêter à confusion car ils peuvent signifier des choses légèrement différentes
selon la méthode d'accès utilisée pour communiquer avec eux. Généralement, une « analyse » est
un programme (une application, un outil) s'exécutant quelque part, mais parfois sur une machine locale. Un
un exemple d'analyse est "seqret" (du package EMBOSS). Les analyses peuvent être regroupées
en catégories par leurs fonctions ou par type de données qu'ils traitent (mais parfois il y a
n'y a pas de catégories du tout). Chaque analyse est accessible en utilisant un niveau supérieur de
l'abstraction, un "service". Un service est généralement un wrapper dépendant du protocole, tel qu'un Web
Service, ou un service CORBA. Par exemple, il existe un service "edit::seqret" qui
représente l'analyse "seqret" dans la catégorie "éditer".

RETOURS

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