Il s'agit de la commande bp_process_wormbasep qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bp_process_wormbase.pl - Masse les fichiers WormBase GFF dans une version adaptée au
Navigateur de génome générique
SYNOPSIS
% bp_process_wormbase.pl ./WS61 > wormbase.gff
DESCRIPTION
Ce script masse les fichiers Wormbase GFF situés à
ftp://www.wormbase.org/pub/wormbase/GENE_DUMPS dans une version du format GFF adaptée
pour l'affichage par le navigateur de génome générique. Il ajoute principalement des commentaires aux annotations et
désigne certains loci génétiques bien espacés comme repères de charpente.
Ce script nécessite la distribution AcePerl, qui est disponible sur CPAN (recherchez le
module "As").
Pour utiliser ce script, récupérez les fichiers WormBase GFF sur le site FTP répertorié ci-dessus et placez
eux dans un répertoire. Il peut être judicieux de nommer le répertoire d'après le nom actuel
version, telle que WS61. Vous n'avez pas besoin de décompresser les fichiers.
Donnez ensuite ce répertoire comme argument à ce script et capturez la sortie du script dans
un fichier:
% bp_process_wormbase.pl ./WS61 > wormbase.gff
Cela peut prendre un certain temps avant de voir la sortie de ce script, car il doit d'abord récupérer le gène
et la base de données de protéines de la base de données AceDB distante exécutée sur www.wormbase.org. Le wormbase.gff
peut ensuite être chargé dans une base de données Bio::DB::GFF à l'aide de la commande suivante :
% bulk_load_gff.pl -d wormbase.gff
Utilisez bp_process_wormbasep en ligne à l'aide des services onworks.net
