Il s'agit de la commande bp_search2gffp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
bp_search2gff
SYNOPSIS
Usage:
bp_search2gff [-o fichier de sortie] [-f format de rapport] [-i nom du fichier d'entrée] OU fichier1 fichier2 ..
DESCRIPTION
Ce script transformera un rapport SearchIO (BLAST, FASTP, SSEARCH, AXT, WABA) en GFF.
Les options sont:
-i infilename - (facultatif) inputfilename, lira
soit des fichiers ARGV soit à partir de STDIN
-o nom_fichier - le nom du fichier de sortie [STDOUT par défaut]
-f format - format du résultat de la recherche (blast, fasta,waba,axt)
(ssearch est au format fasta). la valeur par défaut est l'explosion.
-t/--type seqtype - si vous souhaitez voir les informations sur la requête ou l'accès
dans le rapport du GFF
-s/--source - spécifie la source (sera le nom de l'algorithme
sinon comme BLASTN)
--method - la balise de méthode (primary_tag) des fonctionnalités
(la valeur par défaut est la similarité)
--scorefunc - une chaîne ou un fichier qui, une fois analysé, évalue
à une fermeture à laquelle sera transmise une fonctionnalité
objet et qui renvoie la partition à imprimer
--locfunc - une chaîne ou un fichier qui, une fois analysé, évalue
à une clôture qui sera passée deux
fonctionnalités, requête et hit, et renvoie le
emplacement (conforme Bio::LocationI) pour le
Fonctionnalité GFF3 créée pour chaque HSP ; la fermeture
peut utiliser clone_loc() et create_loc()
fonctions pour plus de commodité, voir leurs POD
--onehsp - affiche uniquement la première fonctionnalité HSP pour chaque accès
-p/--parent - le parent auquel les fonctionnalités HSP doivent faire référence
sinon le nom de l'accès ou de la requête (selon
sur --type)
--target/--notarget - s'il faut toujours ajouter la balise Target ou non
-h - ce menu d'aide
--version - Version GFF à utiliser (mettez un 3 ici pour utiliser gff 3)
--component - génère des champs de composants GFF (chromosome)
-m/--match - génère une ligne 'match' qui est un conteneur
de toutes les similitudes HSP
--addid - ajoute une balise d'identification en l'absence de --match
-c/--cutoff - spécifie un seuil d'évaluation
Spécifiez également les noms de fichiers que vous souhaitez traiter sur la ligne de commande. Si aucun fichier
sont spécifiés, l'entrée STDIN est supposée. Vous le précisez en faisant : bp_search2gff
fichier1 fichier2 fichier3
Utilisez bp_search2gffp en ligne à l'aide des services onworks.net
