Il s'agit de la commande bp_sreformatp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bpsreformat - convertir les formats de séquence
DESCRIPTION
Ce script utilise le système SeqIO qui permet la conversion des formats de séquence soit
des données de séquence ou des données d'alignement de séquences multiples. Le nom vient du fait que Sean
Le programme sreformat d'Eddy (qui fait partie du paquet HMMER) le fait déjà. Le programme de Sean essaie
pour deviner les formats d'entrée alors que dans notre code, nous vous demandons actuellement de spécifier ce que le
les formats d'entrée et de sortie sont et si les données proviennent d'un alignement de séquences multiples ou de
fichiers de séquence directe.
Usage:
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i FILENAME -o sortie.FORMAT
-h/--help Imprimer cette aide
-if/--informat Spécifie le format d'entrée
-of/--outformat Spécifie le format de sortie
-i/--input Spécifiez le nom du fichier d'entrée
(pour transmettre des données sur STDIN, utilisez le signe moins comme nom de fichier)
-o/--output Spécifie le nom du fichier de sortie
(pour transmettre des données sur STDOUT, utilisez le signe moins comme nom de fichier)
--msa Spécifiez qu'il s'agit de données d'alignement de séquences multiples
--special Transmettra les paramètres spéciaux à AlignIO/SeqIO
object -- la plupart d'entre eux sont pour les objets Bio::AlignIO
Liste séparée par des virgules des éléments suivants
nointerleaved -- pour phylip, format non entrelacé
idlinebreak -- pour phylip, le rend au format molphy
pourcentages -- pour clustalw, afficher % id par ligne
Utilisez bp_sreformatp en ligne à l'aide des services onworks.net
