Il s'agit de la commande cathparsee qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
cathparse - Génère un fichier DCF à partir de fichiers CATH bruts.
SYNOPSIS
cathparse -listfile dans le fichier -domfile dans le fichier -namesfile dans le fichier -fichier de sortie fichier de sortie
-fichier journal fichier de sortie
cathparse -Aide
DESCRIPTION
cathparse est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Utils:Création de la base de données".
OPTIONS
Entrée
-listfile dans le fichier
Cette option spécifie le nom du fichier de classification CATH brut (caths.list.vX.X)
(entrée). Les fichiers CATH bruts analysables (fichiers de classification et de description) sont disponibles.
Extrait de ftp.biochem.ucl.ac.uk (/pub/cathdata/v2.4). Valeur par défaut : caths.list.v2.4
-domfile dans le fichier
Cette option spécifie le nom du fichier de classification CATH brut (domlist.vX.X) (entrée).
Les fichiers CATH bruts analysables (fichiers de classification et de description) disponibles à partir de
ftp.biochem.ucl.ac.uk (/pub/cathdata/v2.4). Valeur par défaut : domlist.v2.4
-namesfile dans le fichier
Cette option spécifie le nom du fichier de classification CATH brut (CAT.names.all.vX.X)
(entrée). Les fichiers CATH bruts analysables (fichiers de classification et de description) sont disponibles.
Depuis ftp.biochem.ucl.ac.uk (/pub/cathdata/v2.4). Valeur par défaut : CAT.names.all.v2.4
Sortie
-fichier de sortie fichier de sortie
Cette option spécifie le nom du fichier CATH DCF (fichier de classification de domaine) (sortie).
Un « fichier de classification de domaine » contient la classification et d'autres données pour les domaines de
SCOP ou CATH, au format DCF (type EMBL). Les fichiers sont générés en utilisant SCOPPARSE
et CATHPARSE. Les informations de séquence de domaine peuvent être ajoutées au fichier en utilisant
DOMAINSEQS. Valeur par défaut : Ecath.dat
-fichier journal fichier de sortie
Cette option spécifie le nom du fichier journal CATHPARSE. Valeur par défaut : cathparse.log
Utilisez Cathparsee en ligne avec les services onworks.net
