clustalw - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

clustalw - Alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines

SYNOPSIS

cluster [-dans le fichier] fichier.ext [OPTIONS]

cluster [-Aide | -aide complète]

DESCRIPTION

Clustal W est un programme d'alignement multiple à usage général pour l'ADN ou les protéines.

Le programme effectue l'alignement simultané de nombreuses séquences de nucléotides ou d'acides aminés. Ce
est généralement exécuté de manière interactive, fournissant un menu et une aide en ligne. Si vous préférez utiliser
en mode ligne de commande (batch), vous devrez donner plusieurs options, le minimum étant
-dans le fichier.

OPTIONS

DONNEES (séquences)
-infile=fichier.ext
Séquences d'entrée.

-profil1=fichier.ext ainsi que -profil2=fichier.ext
Profils (ancien alignement)

VERBES (de des choses)
-options
Répertoriez les paramètres de ligne de commande.

-Aide or -vérifier
Décrivez les paramètres de la ligne de commande.

-aide complète
Afficher le contenu complet de l'aide.

-aligner
Effectuez un alignement multiple complet.

-arbre
Calculer l'arbre NJ.

-pim
Matrice d'identité de pourcentage de sortie (lors du calcul de l'arbre).

-amorcer=n
Amorcer un arbre NJ (n= nombre de bootstraps ; déf. = 1000).

-convertir
Sortez les séquences d'entrée dans un format de fichier différent.

PARAMETRES (ensemble des choses)
Général paramètres:
-interactif
Lisez la ligne de commande, puis entrez dans les menus interactifs normaux.

-arbre rapide
Utilisez l'algorithme FAST pour l'arbre du guide d'alignement.

-type=
PROTÉINE or L'ADN séquences.

-négatif
Alignement des protéines avec des valeurs négatives dans la matrice.

-fichier de sortie=
Nom du fichier d'alignement de séquence.

-sortie=
GCG, DEG, PHILIPPE, PIR or NEXUS.

-sortie=
CONTRIBUTION or ALIGNÉ

-Cas
BAS or UPPER (pour la sortie GDE uniquement).

-seqnos=
de remise or ON (pour la sortie Clustal uniquement).

-seqnos_range=
de remise or ON (NOUVEAU : pour tous les formats de sortie).

-plage=m,n
Plage de séquence pour commencer à écrire m à m+n.

-maxseqlen=n
Longueur de séquence d'entrée maximale autorisée.

-silencieux
Réduisez la sortie de la console au minimum.

-statistiques=filet
Enregistrez des statistiques d'alignement dans filet.

Fast Par paire Alignements:
-ktuple=n
Taille de mot.

-topdiags=n
Nombre de meilleurs diagnostics.

-fenêtre=n
Fenêtre autour des meilleurs diagnostics.

-pairgap=n
Pénalité d'écart.

-But
POUR CENT or ABSOLUTE.

Lent Par paire Alignements:
-pwmatrice=
:Matrice de poids protéique=FLEUR, PAM et Bastion, GONNET, ID or nom de fichier

-pwdnamatrice=
Matrice de poids d'ADN =FLEURIUB, FLEURCLUSTALW ou FLEURnom de fichier.

-pwgapopen=f
Pénalité d'ouverture de brèche.

-pwgapext=f
Pénalité d'extension de l'écart.

Multiple Alignements:
-nouvelarbre=
Fichier pour nouvel arbre guide.

-usetree=
Fichier pour ancien arbre guide.

-matrice=
Matrice de poids de protéines =FLEUR, PAM et Bastion, GONNET, ID or nom de fichier.

-dnamatrice=
Matrice de poids d'ADN =IUB, CLUSTALW or nom de fichier.

-gapopen=f
Pénalité d'ouverture de brèche.

-gapext=f
Pénalité d'extension de l'écart.

-s'engage
Stylo de séparation sans espace d'extrémité.

-gapdist=n
Stylo de séparation d'espace. gamme.

-pas d'écart
Écarts spécifiques aux résidus.

-pas d'écart
Lacunes hydrophiles.

-hgaprésidus=
Liste res hydrophile.

-maxdiv=n
Pourcentage d'identité pour le retard.

-type=
PROTÉINE or L'ADN

-poids trans=f
Pondération des transitions.

-itération=
NONE or ARBRE or ALIGNEMENT.

-numéro=n
Nombre maximum d'itérations à effectuer.

Profil Alignements:
-profil
Fusionnez deux alignements par alignement de profil.

-nouvelarbre1=
Fichier pour le nouvel arbre guide pour profile1.

-nouvelarbre2=
Fichier pour le nouvel arbre guide pour profile2.

-usetree1=
Fichier de l'ancien arbre guide pour profile1.

-usetree2=
Fichier de l'ancien arbre guide pour profile2.

Séquence à Profil Alignements:
-séquences
Ajoutez séquentiellement les séquences profile2 à l'alignement profile1.

-nouvelarbre=
Fichier pour nouvel arbre guide.

-usetree=
Fichier pour ancien arbre guide.

Structure Alignements:
-nosecstr1
N'utilisez pas de masque de pénalité d'écart de structure secondaire pour le profil 1.

-nosecstr2
N'utilisez pas de masque de pénalité d'écart de structure secondaire pour le profil 2.

-secstrut=STRUCTURE or MASQUE or DEUX or NONE
Sortie dans un fichier d'alignement.

-espace hélice=n
Pénalité d'écart pour les résidus de noyau d'hélice.

-Strandgap=n
Pénalité d'écart pour les résidus de noyau de brin.

bouclage =n
Pénalité d'écart pour les régions de boucle.

-espace terminal =n
Pénalité d'écart pour les extrémités de la structure.

-hélixendine=n
Nombre de résidus à l'intérieur de l'hélice à traiter comme terminal.

-hélixendout=n
Nombre de résidus en dehors de l'hélice à traiter comme terminaux.

-strandendin=n
Nombre de résidus à l'intérieur du brin à traiter comme terminal.

-strandendout=n
Nombre de résidus hors brin à traiter comme terminaux.

Des arbres:
-arbre de sortie =nj OR philip OR dist OR lien

-graine=n
Numéro de départ pour les bootstraps.

-kimura
Utilisez la correction de Kimura.

-jeter les espaces
Ignorer les positions avec des espaces.

-étiquettes de démarrage=nœud
Position des valeurs de bootstrap dans l'affichage de l'arborescence.

-cluster=
NJ ou UPGMA.

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