Il s'agit de la commande cmfetch qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
cmfetch - récupère le(s) modèle(s) de covariance à partir d'un fichier
SYNOPSIS
cmfetch [choix]
(récupère le CM nommé )
cmfetch -f [choix]
(récupère tous les CM répertoriés dans )
cmfetch --indice [choix]
(index pour aller chercher)
DESCRIPTION
Récupère un ou plusieurs CM d'un (une grande base de données Rfam, par exemple).
Pour permettre une récupération très rapide, indexez le d'abord, en utilisant cmfetch --indice. L'index
est un fichier binaire nommé .ssi.
Le mode par défaut est de récupérer un seul CM par nom ou accession, appelé le . Pour
Exemple:
% cmfetch Rfam.cm ARNt
% cmfetch Rfam.cm RF00005
Avec la -f option, une contenant une liste d'une ou plusieurs clés est lu à la place.
Le premier champ délimité par des espaces sur chaque ligne de non-commentaire non vide du
est utilisé comme un , et toutes les données restantes sur la ligne sont ignorées. Cela permet une variété
de fichiers de données délimités par des espaces à utiliser comme s.
Lors de l'utilisation -f et , if a été indexée, les clés sont récupérées dans le
ordre où ils se produisent dans le , mais si n'est pas indexé, les clés sont récupérées dans
l'ordre dans lequel ils se produisent dans le . Il s'agit d'un effet secondaire d'une mise en œuvre qui
permet de récupérer plusieurs clés même si le est un flux non rembobinable, comme
un tuyau d'entrée standard.
En utilisation normale (sans --indice or -f choix), peut être '-' (tiret), ce qui signifie
lire l'entrée de Stdin plutôt qu'un fichier. Avec le --indice option, n'est peut être pas
'-'; cela n'a pas de sens d'indexer un flux d'entrée standard. Avec le -f option, soit
or (mais pas les deux) peut être '-'. Il est souvent particulièrement utile de lire
à partir de l'entrée standard, car cela permet d'utiliser une ligne de commande arbitraire
des appels pour créer une liste de noms ou d'accessions CM, puis les récupérer tous dans un nouveau fichier,
juste avec une commande.
Par défaut, le CM est imprimé sur la sortie standard au format Infernal-1.1.
OPTIONS
-h Aider; imprimer un bref rappel de l'utilisation de la ligne de commande et de toutes les options disponibles.
-f Le deuxième argument de la ligne de commande est un au lieu d'un seul . La
premier champ sur chaque ligne du est utilisé comme une récupération (un nom de CM
ou adhésion). Les lignes vides et les lignes de commentaires (qui commencent par un caractère #) sont
ignoré.
-o Sortir le(s) CM(s) dans un fichier au lieu de la sortie standard.
-O Sortie CM(s) vers fichier(s) individuel(s) nommé(s) au lieu de la sortie standard. Avec le
-f option, cela peut entraîner la création de nombreux fichiers.
--indice
Au lieu de récupérer un ou plusieurs profils de , indexer le en
récupérations futures. Cela crée un .ssi fichier d'index binaire.
Utilisez cmfetch en ligne à l'aide des services onworks.net
