cmstat - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

cmstat - statistiques récapitulatives pour un fichier de modèle de covariance

SYNOPSIS

cmstat [choix]

DESCRIPTION

L'exposition cmstat l'utilitaire imprime un fichier tabulaire de statistiques récapitulatives pour chaque covariance
modèle dans .

peut être '-' (un tiret), auquel cas les CM sont lus à partir d'un tuyau
au lieu d'un fichier.

Par défaut, cmstat imprime les statistiques générales du modèle et l'alignement qu'il a été construit
à partir de, une ligne par modèle sous forme de tableau. Les colonnes sont :

idx L'index de ce profil, numérotant chacun dans le fichier à partir de 1.

prénom Le nom du profil.

accession
L'accession facultative du profil, ou "-" s'il n'y en a pas.

nseq Le nombre de séquences à partir desquelles le profil a été estimé.

eff_nseq
Le nombre effectif de séquences à partir desquelles le profil a été estimé, après
Infernal a appliqué un calcul de numéro de séquence efficace tel que la valeur par défaut
pondération entropique.

clen La longueur du modèle en résidus consensus (états de correspondance).

W La longueur maximale attendue d'un coup sur le modèle.

bps Le nombre de paires de bases dans le modèle.

bisous Le nombre de bifurcations dans le modèle.

modèle Quel type de modèle sera utilisé par défaut dans cmrecherche et cmscan pour ce profil,
soit « cm » ou « hmm ». Pour les profils avec 0 paires de bases, ce sera "hmm" (à moins que le
--nohmmonly option est utilisée). Pour tous les autres profils, ce sera "cm".

rel l'entropie, cm:
Entropie relative moyenne par état de correspondance, en bits. C'est le score (moyen) attendu
par position consensuelle. C'est ce que la méthode de pondération entropique par défaut pour
l'estimation efficace du numéro de séquence se concentre sur, donc pour Infernal par défaut, cette
valeur reflétera souvent la cible par défaut pour la pondération entropique. Si le "modèle"
champ pour ce profil est "hmm", ce champ sera "-".

rel l'entropie, Hmm:
Entropie relative moyenne par état de correspondance, en bits, si le CM était transformé en un
HMM (les informations de la structure sont ignorées). Plus la différence entre les
Entropie relative CM et HMM, plus le modèle s'appuiera sur
conservation conservation relative de la séquence lors de l'identification des homologues.

Si le(s) modèle(s) en ont été calibrés avec cmcalibrer le -ET, -T, et -Z
peuvent être utilisées pour invoquer un mode de sortie alternatif, rapportant les valeurs E et
scores binaires correspondants pour une taille de base de données spécifiée de mégabases (Mo). Si la
le ou les modèles ont été calibrés et incluent les seuils de score de bits Rfam GA, TC et/ou NC le
--cut_ga, --cut_tc, et/ou --cut_nc peuvent être utilisées pour afficher les valeurs E qui
correspondent aux seuils de score de bits. Des scores de bits séparés ou des valeurs E seront affichés
pour chacune des quatre paires possibles d'algorithme de recherche CM et de configuration de modèle : local
Inside, local CYK, glocal Inside et glocal CYK.

Pour les profils avec zéro paires de bases (ceux avec « hmm » dans le champ « modèle »), toute valeur E et
les statistiques de score de bits se rapporteront au filtre HMM de profil, au lieu du CM. C'est
également vrai pour tous les profils si le --hmmuniquement option est utilisée.

OPTIONS

-h Aider; imprimer un bref rappel de l'utilisation de la ligne de commande et de toutes les options disponibles.

-E
Rapporter les scores de bits qui correspondent à une valeur E de dans une base de données de
mégabases (Mo), où est de 10 par défaut mais réglable avec le -Z option.

-T
Rapporter les valeurs E qui correspondent à un score de bit de dans une base de données de
mégabases (Mo), où est de 10 par défaut mais réglable avec le -Z option.

-Z Avec la collection -ET, -T, --cut_ga, --cut_nc, et --cut_tc options, calculez les valeurs E comme si
la taille de la base de données cible était mégabases (Mo). Par défaut, est 10.

--cut_ga
Rapporter les valeurs E qui correspondent au score de bit GA (Rfam rassemblement seuil) dans un
base de données de mégabases (Mo), où est de 10 par défaut mais réglable avec le -Z
option.

--cut_tc
Rapporter les valeurs E qui correspondent au score du bit TC (Rfam Trusted cutoff) dans un
base de données de mégabases (Mo), où est de 10 par défaut mais réglable avec le -Z
option.

--cut_nc
Rapporter les valeurs E qui correspondent au score du bit NC (Rfam noise cutoff) dans un
base de données de mégabases (Mo), où est de 10 par défaut mais réglable avec le -Z
option.

--clé
N'imprimer que les statistiques pour CM avec nom ou accession , sauter tous les autres modèles dans
.

--hmmuniquement
Imprimez des statistiques sur les filtres HMM de profil pour tous les profils, au lieu des CM.
Cela peut être utile si vous prévoyez d'utiliser le --hmmuniquement Option de cmrecherche or cmscan.

--nohmmonly
Imprimez toujours des statistiques sur le CM pour chaque profil, même pour ceux avec zéro
paires de bases.

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