Il s'agit de la commande cmtk-groupwise_affine qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
groupwise_affine - Enregistrement de la population affine
SYNOPSIS
groupwise_affine [options] image0 [image1 ...]
DESCRIPTION
Cet outil enregistre une population d'images d'entrée simultanément, sans modèle, en utilisant
soit l'algorithme de « congélation » ou une mesure de similarité par groupe basée sur une
rapprochement d'informations mutuelles ('RMI').
OPTIONS
Global Boîte à outils Options (celles-ci sommes-nous a partagé la publication de by tous CMTK outils)
--Aidez-moi
Écrire la liste des options de ligne de commande de base sur la sortie standard.
--aide-à tous
Écrivez la liste complète des options de ligne de commande de base et avancées sur la sortie standard.
- Wiki
Écrire la liste des options de ligne de commande sur la sortie standard dans le balisage MediaWiki.
--homme
Écrire la source de la page de manuel dans le balisage « nroff » sur la sortie standard.
--version
Écrire la version de la boîte à outils sur la sortie standard.
--écho
Écrire la ligne de commande actuelle sur la sortie standard.
--niveau détaillé
Définir le niveau de verbosité.
--verbeux, -v
Incrémentez le niveau de verbosité de 1 (obsolète ; pris en charge pour la compatibilité descendante).
--threads
Définir le nombre maximum de threads parallèles (pour les threads POSIX et OpenMP).
Inscription Métrique Options
--rmi
Utilisez la métrique RMI (alias information mutuelle régionale) pour conduire l'enregistrement).
--figer
Utilisez l'algorithme de congélation utilisant des entropies de pile au niveau des pixels pour piloter le
d'inscription. [Ce is le défaut]
Modèle Image(s) Options
--modèle , -t
Saisissez le nom de fichier pour l'image de modèle prédéfinie. [Défaut: RIEN]
--modèle-avec-données , -T
Utiliser les données de pixels des images de modèle fournies par l'utilisateur lors de l'enregistrement [Défaut: désactivée]
Sortie Options
--output-racine , -O
Répertoire racine pour tous les fichiers de sortie. [Défaut: RIEN]
--output , -o
Nom du fichier de sortie pour l'archive d'enregistrement groupwise. [Défaut: groupwise.xforms ]
--sortie-moyenne
Nom du fichier de sortie pour l'image moyenne enregistrée. [Défaut: moyenne.nii ]
--moyenne-linéaire
Utiliser l'interpolation linéaire pour l'image moyenne [Ce is le défaut]
--moyenne-cubique
Utiliser l'interpolation cubique pour l'image moyenne
--pas de moyenne de sortie
N'écrivez pas d'image moyenne.
Multirésolution Paramètres
--sous-échantillon-à partir de , -d
Facteur de sous-échantillonnage initial [Défaut: 4]
--sous-échantillonner-à , -D
Facteur de sous-échantillonnage final. [Défaut: 1]
--densité d'échantillonnage , -s
Densité d'échantillonnage probabiliste. Valeurs légales comprises entre 0 et 1. [Défaut: désactivée]
Image(s) Options et Opérations
--force-fond , -B
Force les pixels d'arrière-plan (hors FOV) à la valeur (bin) donnée. [Défaut: désactivée]
--histogramme-bins , -H
Définir manuellement le nombre de bacs d'histogramme pour l'évaluation de l'entropie [Défaut: désactivée]
--crop-histogrammes
Recadrez les histogrammes d'images pour mieux utiliser les bacs d'histogrammes.
--lisse
Sigma du noyau de lissage gaussien en multiples de la taille en pixels de l'image du modèle.
[Défaut: désactivée]
--match-histogrammes
Faites correspondre tous les histogrammes d'images aux données du modèle (ou à la première image, si aucune image de modèle n'est
étant donné)
--gratuit-et-relu
Mémoire libre allouée à l'image d'origine chaque fois qu'elle n'est pas nécessaire et relue
fichiers image selon vos besoins. Cela peut être utile lors de l'exécution sur une machine avec un nombre limité de
ressources mémoire.
De La Carrosserie Paramètres
--dof [, ,...]
Ajouter des DOF à la liste [par défaut : un passage, 6 DOF]
--somme nulle, -z
Appliquer le calcul à somme nulle.
--normal-group-first-n , -N
Les N premières images proviennent du groupe normal et doivent être enregistrées sans biais.
[Défaut: 0]
--zero-sum-premier-n , -Z
Appliquer le calcul à somme nulle pour les N premières images. [Défaut: désactivée]
De La Carrosserie Initialisation
--align-bounding-boxes
Aligner initialement les centres des cadres de délimitation de toutes les images par des traductions [Ce is le
défaut]
--align-centres-de-masse
Aligner initialement les centres de masse par translations
--init-échelles
Initialiser les facteurs d'échelle à l'aide des moments du premier ordre
Optimisation Paramètres
--exploration , -e
Exploration de l'optimisation en pixels [Défaut: 0.25]
--précision , -a
Précision de l'optimisation en pixels [Défaut: 0.01]
--niveau de répétition , -r
Nombre de répétitions par niveau d'optimisation [Défaut: 5]
--step-facteur , -S
Facteur de pas pour les passes d'optimisation successives [Défaut: 0.5]
--delta-f-seuil
Seuil facultatif pour terminer l'optimisation (niveau) si changement relatif de cible
fonction descend en dessous de cette valeur. [Défaut: 0]
--disable-optimisation
Désactivez l'optimisation et la configuration initiale de sortie.
AUTEURS
Torsten Rohlfing, avec les contributions de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff et Yaroslav Halchenko
Utilisez cmtk-groupwise_affine en ligne à l'aide des services onworks.net
