AnglaisFrançaisEspagnol

Ad


Icône de favori OnWorks

convert_project - En ligne dans le Cloud

Exécutez convert_project dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks sur Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

Il s'agit de la commande convert_project qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

PROGRAMME:

Nom


convert_project - convertit les types de fichiers d'assemblage et de séquençage

DESCRIPTION


Ce programme fait partie du package assembleur MIRA. Il est utilisé pour convertir le fichier de projet
types dans d'autres types. Veuillez consulter la documentation ci-dessous pour plus de détails
informations sur convert_project.

SYNOPSIS


convertir_projet
[-F ] [-t [-t ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {infile} {outfile} [ ...]

OPTIONS


-f
charge ce type de fichiers de projet, où fromtype est :

caf un assemblage complet ou des séquences uniques de CAF

maf un assemblage complet ou des séquences uniques de CAF

séquences fasta à partir d'un fichier FASTA

séquences fastq à partir d'un fichier FASTQ

séquences gbf à partir d'un fichier GBF

séquences de doctorat à partir d'un fichier PHD

fofnexp
séquences dans les fichiers EXP à partir du fichier de noms de fichiers

-t
écrire les séquences/l'assemblage dans ce type (plusieurs mentions de -t sont autorisés):

séquences as ou assemblage complet à ACE

séquences caf ou assemblage complet au CAF

séquences maf ou assemblage complet au MAF

assemblage complet de sam vers SAM

samnbb comme ci-dessus, mais en omettant la référence (épine dorsale) dans les assemblys de mappage

séquences gbf ou consensus sur GBF

consensus gff3 à GFF3

informations sur la couverture de l'assemblage de la perruque dans le fichier de wiggle

assemblage gcwig informations sur le contenu gc pour déplacer le fichier

séquences fasta ou fichier consensus vers FASTA (qualités à

.qual)

séquences fastq ou consensus vers le fichier FASTQ

séquences exp ou assemblage complet des fichiers EXP dans

répertoires. Les assemblages complets sont adaptés à l'importation gap4 en tant qu'assemblage dirigé.
Remarque : l'utilisation de caf2gap pour importer dans gap4 est cependant recommandée

assemblage complet du texte à l'alignement du texte (uniquement lorsque -f is

caf, maf ou gbf)

html assemblage complet en HTML (uniquement lorsque -f est caf, maf ou

gbf)

tcs assemblage complet sur tcs

hsnp entourant les balises SNP (SROc, SAOc, SIOc) en HTML (uniquement lorsque -f est caf, maf ou
gbf)

analyse asnp des balises SNP (uniquement lorsque -f est caf, maf ou gbf)

Fichier de statistiques de contig cstats comme de MIRA (uniquement lorsque la source contient des contigs)

crlist contig fichier de liste de lecture comme de MIRA (uniquement lorsque la source contient des contigs)

fasta masqué
lit où le vecteur de séquençage est masqué (avec X) dans le fichier FASTA (qualités à
.qual)

séquences scaf ou assemblage complet en séquences uniques CAF

-a Ajouter aux fichiers cibles au lieu de réécrire

-A
Chaîne avec les paramètres MIRA à analyser Utile lors de la définition de paramètres affectant
consensus appelant comme -CO:mrpg etc. -a "454_PARAMÈTRES -CO:mrpg=3"

-b Données aveugles Remplace toutes les bases des lectures/contigs par un 'c'

-C Effectuer un clip dur pour lire Lors de la lecture de formats qui définissent des points de

enregistrer uniquement la partie non découpée dans le fichier résultat.

S'applique uniquement aux fichiers/formats qui ne contiennent pas

contigs.

-d Supprimer uniquement les colonnes vides Lorsque la sortie est contigs : supprimez les colonnes qui sont

entièrement vides (comme après avoir supprimé des lectures lors de l'édition dans gap4 ou similaire)

Lorsque la sortie est en lecture : supprimez les lacunes dans les lectures

-F Filtrer pour lire les groupes Cas d'utilisation spécial, ne pas utiliser encore.

-m Faire des contigs (uniquement pour -t = caf ou maf) Encase single reads as contig singlets in
le fichier CAF/MAF.

-n
lorsqu'il est donné, sélectionne uniquement les lectures ou les contigs donnés par leur nom dans ce fichier.

-i quand -n est utilisé, inverse la sélection

-o Offset de qualité fastq (uniquement pour -f = 'fastq') Décalage des valeurs de qualité dans FASTQ
déposer. La valeur par défaut de 0 essaie de reconnaître automatiquement.

-Q
Définir la qualité par défaut pour les bases dans les types de fichiers sans valeurs de qualité
ne pas s'arrêter si les fichiers de qualité attendus sont manquants (par exemple '.fasta')

-R
Renommer les contigs/singlets/lectures avec la chaîne de nom donnée à laquelle un compteur est
en annexe. Bug connu : créera des noms en double si vous les saisissez

contient des contigs/singlets ainsi que des lectures libres, c'est-à-dire qu'il ne lit pas dans les contigs ni
maillots.

-S
(nom)Schéma pour renommer les lectures, important pour les extrémités appariées Seul 'solexa' est
actuellement pris en charge.

Le plus Abonnement commutateurs travail uniquement quand contribution (CAF or CRG) contient contigs.
Attention : CAF et MAf peuvent aussi contenir uniquement des reads.

-M Ne pas extraire les contigs (ou leur consensus), mais la séquence des lectures qu'ils sont
composé de.

-N
comme -n, mais trie la sortie selon l'ordre donné dans le fichier.

-r [cCqf]
Recalculez les valeurs de consensus et/ou de qualité de consensus et/ou les balises de caractéristiques SNP.
'c' recalcule les inconvénients et les inconvénients (avec IUPAC) 'C' recalcule les inconvénients et les inconvénients
(forçage non IUPAC) 'q' recalc qualités consensus uniquement 'f' recalc caractéristiques SNP
Remarque : seul le dernier de cCq est pertinent, f fonctionne comme un

et peut être combiné avec cQq (par exemple "-r C -r F")

Remarque : si le CAF/MAF contient plusieurs souches, recalcul des contre & contre
qualités est forcé, vous

peut simplement influencer si les IUPAC sont utilisés ou non.

-s diviser la sortie en plusieurs fichiers au lieu de créer un seul fichier

-u 'fillUp souche génomes' Remplissez les trous dans le génome d'une souche (N ou @) avec
séquence à partir d'un consensus d'autres souches N'a d'effet qu'avec -r et -t gbf ou
fasta/q dans FASTA/Q : les bases remplies sont en minuscules dans GBF : les bases remplies sont
en majuscule

-q
Définit la qualité minimale qu'une base de consensus d'une souche doit avoir, des bases de consensus
en dessous, ce sera 'N' Par défaut : 0 Utilisé uniquement avec -r, -f est caf/maf et -t is
(rapide

ou gbf)

-v Imprimer le numéro de version et quitter

-x
Longueur minimale de contig ou de lecture Lors du chargement, supprimez tous les contigs / lectures avec un
longueur inférieure à cette valeur. Par défaut : 0 (= désactivé) Remarque : non appliqué aux lectures
en contigs !

-X
Similaire à -x mais ne s'applique qu'aux lectures puis à la longueur écrêtée.

-y
Couverture de contig moyenne minimale Lors du chargement, supprimez tous les contigs avec une moyenne
couverture inférieure à cette valeur. Par défaut : 1

-z
Nombre minimum de lectures dans le contig Lors du chargement, supprimez tous les contigs avec un numéro
de lectures inférieures à cette valeur. Par défaut : 0 (= désactivé)

-l
lors de la sortie sous forme de texte ou HTML : nombre de bases affichées dans une ligne d'alignement. Défaut:
60.

-c
lors de la sortie sous forme de texte ou HTML : caractère utilisé pour remplir les espaces de fin. Par défaut :                                                                                                                                                 .

Alias ​​: caf2html, exp2fasta, ... etc. Toute combinaison de " 2 "
peut être utilisé comme nom de programme (également en utilisant des liens) afin que convert_project automatiquement
ensembles -f et -t il se doit !

EXEMPLES


convert_project source.maf dest.sam

convert_project source.caf dest.fasta perruque ace

convert_project -x 2000 -y 10 source.caf destination.caf

caf2html -l 100 -c . source.caf destination

Utilisez convert_project en ligne à l'aide des services onworks.net


Serveurs et postes de travail gratuits

Télécharger des applications Windows et Linux

Commandes Linux

Ad