Il s'agit de la commande correct_abundances qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
correct_abundances - exécute l'étape de correction de la similarité de l'abondance du génome
SYNOPSIS
corriger_abondances DES NOMS
DESCRIPTION
Exécutez l'étape de correction de similarité.
Remarque : bien qu'il soit possible d'exécuter les mappeurs de lecture à la main ou de créer la similitude
matrice manuellement, nous vous recommandons fortement d'utiliser les scripts Python fournis 'run_mappers.py'
et 'create_similarity_matrix.py'.
OPTIONS
DES NOMS: nom de fichier du fichier de noms ; le fichier de noms en texte brut doit contenir un nom par
ligne. Le nom est utilisé comme identifiant dans tout l'algorithme.
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
-m SMAT, --matrice-de similarité=SMAT
Chemin d'accès au fichier de matrice de similarité. La matrice de similarité doit être créée avec le même
fichier NOMS. [par défaut : ./similarity_matrix.npy]
-s SAM, --samfiles=SAM
Motif pointant vers les fichiers SAM créés par le mappeur. Espace réservé pour le nom
est "%s". [par défaut : ./SAM/%s.sam]
-b BOTTE, --bootstrap-échantillons=BOOT
Définissez le nombre d'échantillons bootstrap. Utilisez 1 pour désactiver l'amorçage [par défaut : 100]
-o EN DEHORS, --output=ARCHIVER
Fichier de sortie en texte brut contenant les résultats. [par défaut : ./results.txt]
Utilisez correct_abundances en ligne en utilisant les services onworks.net
