Il s'agit de la commande cpgplote qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
cpgplot - Identifiez et tracez les îlots CpG dans la ou les séquences nucléotidiques
SYNOPSIS
cpgplot -séquence suite -la fenêtre entier -minlen entier -minoé flotter -minpc flotter
-fichier de sortie fichier de sortie -terrain basculer -graphique xygraphe -obsexp booléen -cg booléen
-pc booléen -défaite s'abattre
cpgplot -Aide
DESCRIPTION
cpgplot est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Nucleic:CpG Islands".
OPTIONS
Entrée
-séquence suite
Requis
-la fenêtre entier
Le pourcentage de teneur en CG et la fréquence observée de CG sont calculés dans un
fenêtre dont la taille est définie par ce paramètre. La fenêtre est déplacée vers le bas dans la séquence et
ces statistiques sont calculées à chaque position vers laquelle la fenêtre est déplacée. Défaut
valeur : 100
-minlen entier
Cela définit la longueur minimale qu'un îlot CpG doit avoir avant d'être signalé.
Valeur par défaut : 200
-minoé flotter
Cela définit la moyenne minimale observée sur le rapport attendu de C plus G à CpG dans un ensemble
de 10 fenêtres qui sont requises avant qu'un îlot CpG soit signalé. Valeur par défaut : 0.6
-minpc flotter
Cela définit le pourcentage moyen minimum de G plus C un ensemble de 10 fenêtres qui sont
requis avant qu'un îlot CpG soit signalé. Valeur par défaut : 50.
Sortie
-fichier de sortie fichier de sortie
Cela définit le nom du fichier contenant le rapport du nom de la séquence d'entrée, CpG
les paramètres d'îlot et les détails de sortie de tous les îlots CpG trouvés.
-terrain basculer
Valeur par défaut : O
-graphique xygraphe
-obsexp booléen
Si cela est défini sur vrai, le graphique du rapport observé sur attendu de C plus G à
CpG dans une fenêtre est affiché. Valeur par défaut : O
-cg booléen
Si cela est défini sur vrai, le graphique des régions qui ont été déterminées comme étant
Les îlots CpG s'affichent. Valeur par défaut : O
-pc booléen
Si cela est défini sur vrai, le graphique du pourcentage C plus G dans une fenêtre est
affiché. Valeur par défaut : O
-défaite s'abattre
Fichier pour les caractéristiques de sortie
Utiliser cpgplote en ligne en utilisant les services onworks.net
