daligner - En ligne dans le cloud

PROGRAMME:

Nom

daligner - aligneur à lecture longue

SYNOPSIS

daligner [-vbAI][-kint(14)] [-wint(6)] [-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-edouble (70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-msuivre]+ sujet:db|barrage cible:db|barrage

DESCRIPTION

Comparez les séquences dans le sujet bloquer contre ceux de la liste des l'objectif blocs
rechercher des alignements locaux impliquant au moins -l paires de bases (par défaut 1000) ou plus,
qui ont un taux de corrélation moyen de -e (par défaut 70 %). Les alignements locaux trouvés
sera généré dans un codage clairsemé où un point de trace sur l'alignement est enregistré tous les
-s paires de bases de la lecture a (par défaut 100 pb). Les lectures sont comparées dans les deux orientations et
les alignements locaux répondant aux critères sont générés dans l'un des nombreux fichiers créés décrits
au dessous de. le -v L'option active un mode de rapport détaillé qui donne des statistiques sur chaque
étape majeure du calcul.

Les options -k, -het -w contrôler la recherche de filtration initiale des correspondances possibles
entre les lectures. Plus précisément, notre code de recherche recherche une paire de bandes diagonales de largeur
2^w (par défaut 2^6 = 64) qui contiennent une collection de k-mers correspondant exactement (par défaut 14)
entre les deux lectures, de telle sorte que le nombre total de bases couvertes par les hits k-mer soit h
(par défaut 35). k ne peut pas être supérieur à 32 dans l’implémentation actuelle. Si la -b option
est défini, alors le daligner suppose que les données ont un fort biais de composition (par exemple > 65 % AT
riche), et au prix d'un peu plus de temps, ajuste dynamiquement les tailles de k-mer en fonction de
biais de composition, de sorte que les mers utilisés aient une spécificité effective de 4^k.

Si une ou plusieurs pistes d'intervalle sont spécifiées avec le -m option, puis les lectures de
le ou les DB auxquels s'applique le masque sont masqués de manière souple avec l'union des intervalles
de toutes les pistes d'intervalle qui s'appliquent, c'est-à-dire tous les k-mers contenant des bases dans l'un des
les intervalles masqués sont ignorés aux fins de classement d'un match. Une piste d'intervalle
est une piste, telle que la piste "dust" créée par DBdust, qui encode un ensemble d'intervalles
sur la base de données non découpée ou découpée.

Invariablement, certains k-mers sont significativement surreprésentés (par exemple les séries d'homopolymères).
Ces k-mers créent un nombre excessif de paires de k-mers correspondantes et laissés sans réponse
provoquer un débordement de la mémoire physique disponible par Daligner. Une façon de gérer cela est de
définir explicitement le -t paramètre qui supprime l'utilisation de tout k-mer qui se produit plus
que t fois dans le bloc sujet ou le bloc cible. Cependant, une meilleure façon de gérer le
La situation est de laisser le programme sélectionner automatiquement une valeur de t qui répond à un donné
limite d'utilisation de la mémoire spécifiée (en Go) par le -M paramètre. Par défaut daligner utilisera
la quantité de mémoire physique comme choix pour -M. Si vous souhaitez en utiliser moins, disons seulement 8 Go
sur un nœud de cluster HPC de 24 Go car vous souhaitez exécuter 3 daligner tâches sur le nœud, puis
spécifier -M8. En précisant -M0 indique essentiellement que vous ne voulez pas daligner à soi
ajustez la suppression k-mer pour l'adapter à une quantité de mémoire donnée.

Pour chaque sujet, ciblez une paire de blocs, disons X et Y, le programme rapporte les alignements où
la lecture a est en X et la lecture b est en Y, et vice versa. Cependant, si le -A option est
set ("A" pour "asymétrique") se chevauche alors simplement là où la lecture a est dans X et la lecture b est
dans Y sont signalés, et si X = Y, alors il ne signale en outre que les chevauchements où le
L'index a-read est inférieur à l'index b-read. Dans les deux cas, si le -I l'option est définie ("I"
pour "identité") alors lorsque X = Y, les chevauchements entre différentes parties de la même lecture seront
également être trouvés et signalés.

Chaque alignement trouvé est enregistré comme -- a[ab,ae] x bo[bb,be] -- où a et b sont les
indices (dans la base de données découpée) des lectures qui se chevauchent, o indique si la lecture b est
du même brin ou du brin opposé, et [ab,ae] et [bb,be] sont les intervalles de a et bo,
respectivement, qui s'alignent. Le programme place ces enregistrements d'alignement dans des fichiers dont le nom
est de la forme XY[C|N]#.las où C indique que les b-lectures sont complétées et N
indique qu'ils ne le sont pas (les deux comparaisons sont effectuées) et # est le thread qui a détecté
et a écrit la collection d'alignements contenue dans le fichier. C'est le fichier
XYO#.las contient les alignements produits par le thread # pour lesquels la lecture a provient de X et
la lecture b est depuis Y et dans l'orientation O. La commande daligner -A X Y produit 2*NTHREAD
fichiers de thread XY?.las et daligner X Y produit 4*NTHREAD fichiers XY?.las et YX?.las
(sauf si X=Y auquel cas seuls les fichiers NTHREAD, XX?.las, sont produits).

Par défaut, daligner compare tous les chevauchements entre les lectures dans la base de données qui sont plus importants
que le seuil minimum défini lors du fractionnement de la ou des bases de données, généralement 1 ou 2 Kbp. Cependant,
le pipeline d'assemblage HGAP souhaite uniquement corriger les lectures volumineuses, disons 8 Kbit/s ou plus, et ainsi
n'a besoin que des chevauchements où la lecture a est l'une des grandes lectures. En définissant le -H
paramètre pour dire N, on modifie daligner afin qu'il ne signale que les chevauchements là où le a-read
est long sur N paires de bases.

Bien que les paramètres par défaut conviennent aux données brutes Pacbio, daligner peut être utilisé
pour trouver efficacement des alignements dans des lectures corrigées ou d'autres lectures moins bruyantes. Pour
Par exemple, pour mapper les applications sur .dams, nous exécutons

daligner -k20 -h60 -e.85

et sur les lectures corrigées, nous exécutons généralement

daligner -k25 -w5 -h60 -e.95 -s500

et avec ces réglages, c'est très rapide.

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