dcmj2pnm - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

dcmj2pnm - Convertir des images DICOM en PGM/PPM, PNG, TIFF, JPEG ou BMP

SYNOPSIS

dcmj2pnm [options] dcmfile-in [bitmap-out]

DESCRIPTION

La dcmj2pnm l'utilitaire lit une image DICOM, convertit les données de pixels en fonction de la
options de traitement d'image sélectionnées et réécrit une image dans le PGM/PPM bien connu
(carte grise portable / carte pix portable), PNG, TIFF, JPEG (Joint Photographic Experts Group)
ou au format Windows BMP. Cet utilitaire prend en charge non compressé ainsi que JPEG et RLE
images DICOM compressées.

PARAMETRES

dcmfile-in nom du fichier d'entrée DICOM à convertir

nom du fichier de sortie bitmap à écrire (par défaut : stdout)

OPTIONS

général Options
-h --aide
imprimer ce texte d'aide et quitter

--version
imprimer les informations sur la version et quitter

--arguments
imprimer les arguments de ligne de commande étendus

-q --silencieux
mode silencieux, n'imprime aucun avertissement ni erreur

-v --verbeux
mode verbeux, détails de traitement d'impression

-d --débogage
mode de débogage, imprimer les informations de débogage

-ll --log-level [l] niveau : chaîne constante
(fatal, erreur, avertissement, info, débogage, trace)
utiliser le niveau l pour l'enregistreur

-lc --log-config [fichier] nom de fichier : chaîne
utiliser le fichier de configuration f pour l'enregistreur

contribution Options
format de fichier d'entrée :

+f --read-fichier
lire le format de fichier ou l'ensemble de données (par défaut)

+fo --read-file-only
lire le format de fichier uniquement

-f --read-ensemble de données
lire l'ensemble de données sans les méta-informations du fichier

syntaxe de transfert d'entrée :

-t= --read-xfer-auto
utiliser la reconnaissance TS (par défaut)

-td --read-xfer-detect
ignorer le TS spécifié dans l'en-tête méta du fichier

-te --read-xfer-petit
lire avec VR explicite little endian TS

-tb --read-xfer-big
lire avec VR explicite big endian TS

-ti --read-xfer-implicite
lire avec VR implicite TS little endian

image traitement Options
sélection de cadre :

+F --frame [n] nombre : entier
sélectionner le cadre spécifié (par défaut : 1)

+Fr --frame-range [n]umber [c]unt : entier
sélectionnez les images c commençant par l'image n

+Fa --toutes les images
sélectionner tous les cadres

rotation:

+Rl --rotation-gauche
faire pivoter l'image vers la gauche (-90 degrés)

+Rr --rotation-droite
faire pivoter l'image vers la droite (+90 degrés)

+Rtd --rotation de haut en bas
faire pivoter l'image de haut en bas (180 degrés)

retournement :

+Lh --flip-horizontalement
retourner l'image horizontalement

+Lv --flip-verticalement
retourner l'image verticalement

+Lhv --flip-les deux-axes
retourner l'image horizontalement et verticalement

mise à l'échelle:

+a --reconnaître-aspect
reconnaître le rapport hauteur/largeur des pixels (par défaut)

-a --ignore-aspect
ignorer le rapport hauteur/largeur des pixels lors de la mise à l'échelle

+i --interpolate [n] nombre d'algorithmes : entier
utiliser l'interpolation lors de la mise à l'échelle (1..4, par défaut : 1)

-i --pas d'interpolation
pas d'interpolation lors de la mise à l'échelle

-S --pas de mise à l'échelle
pas de mise à l'échelle, ignorer le rapport hauteur/largeur des pixels (par défaut)

+Sxf --scale-x-factor [f]acteur : float
mettre à l'échelle l'axe des x par facteur, calculer automatiquement l'axe des y

+Syf --scale-y-factor [f]acteur : float
mettre à l'échelle l'axe des y par facteur, calculer automatiquement l'axe des x

+Sxv --scale-x-size [n] nombre : entier
redimensionner l'axe des x à n pixels, calculer automatiquement l'axe des y

+Syv --scale-y-size [n] nombre : entier
redimensionner l'axe des y à n pixels, calculer automatiquement l'axe des x

conversion de l'espace colorimétrique (images compressées uniquement) :

+cp --conv-photométrique
convertir si interprétation photométrique YCbCr (par défaut)

+cl --conv-perte
convertir YCbCr en RVB si JPEG avec perte

+cg --conv-deviner
convertir en RVB si YCbCr est deviné par la bibliothèque

+cgl --conv-deviner-perte
convertir en RVB si JPEG avec perte et YCbCr est
deviné par la bibliothèque JPEG sous-jacente

+ca --conv-toujours
toujours convertir YCbCr en RVB

+cn --conv-jamais
ne jamais convertir l'espace colorimétrique

transformation de la modalité LUT :

-M --pas de modalité
ignorer la transformation LUT de modalité stockée

+M --utiliser-modalité
utiliser la transformation LUT de modalité (par défaut)

Transformation VOI LUT :

-W --pas de fenêtrage
pas de fenêtrage VOI (par défaut)

+Wi --use-window [n] nombre : entier
utiliser la n-ième fenêtre VOI à partir du fichier image

+Wl --use-voi-lut [n] nombre : entier
utiliser la n-ième table de recherche VOI à partir du fichier image

+Wm --min-max-fenêtre
calculer la fenêtre VOI en utilisant l'algorithme min-max

+Wn --min-max-fenêtre-n
calculer la fenêtre VOI en utilisant l'algorithme min-max,
ignorer les valeurs extrêmes

+Wr --roi-min-max-window [l]eft [t]op [w]idth [h]eight: entier
calculer la fenêtre de retour sur investissement à l'aide de l'algorithme min-max,
la région d'intérêt est spécifiée par l,t,w,h

+Wh --histogram-window [n]umber : entier
calculer la fenêtre VOI à l'aide de l'algorithme Histogram,
en ignorant n pour cent

+Ww --set-window [c]enter [w]idth : float
calculer la fenêtre VOI en utilisant le centre c et la largeur w

+Wfl --fonction-linéaire
régler la fonction VOI LUT sur LINEAR

+Wfs --sigmoïde-fonction
régler la fonction VOI LUT sur SIGMOID

présentation transformation LUT :

+Pid --identité-forme
définir la forme LUT de présentation sur IDENTITY

+Piv --forme-inverse
définir la forme LUT de présentation sur INVERSE

+Pod --lin-od-forme
définir la forme de la LUT de présentation sur LIN OD

recouvrir:

-O --pas de superpositions
ne pas afficher les superpositions

+O --display-overlay [n] nombre : entier
afficher la superposition n (0..16, 0=tous, par défaut : +O 0)

+Omr --ovl-remplacer
utiliser le mode de superposition "Remplacer"
(par défaut pour les superpositions graphiques)

+Omt --ovl-seuil
utiliser le mode de superposition « Remplacer le seuil »

+Omc --ovl-complément
utiliser le mode de superposition "Complément"

+Omv --ovl-inverser
utiliser le mode de superposition "Inverser le bitmap"

+Omi --ovl-roi
utiliser le mode de superposition "Région d'intérêt"
(par défaut pour les superpositions de ROI)

+Osf --set-foreground [d]ensité : flottant
définir la densité de premier plan de la superposition (0..1, par défaut : 1)

+Ost --set-threshold [d]ensité : flottant
définir la densité de seuil de superposition (0..1, par défaut : 0.5)

afficher la transformation LUT :

+Dm --monitor-file [fichier] nom de fichier : chaîne
étalonner la sortie en fonction des caractéristiques du moniteur
défini en f

+Dp --printer-file [fichier] nom de fichier : chaîne
calibrer la sortie en fonction des caractéristiques de l'imprimante
défini en f

+Da --ambient-light [a]lumière ambiante : float
valeur de la lumière ambiante (cd/m^2, par défaut : fichier f)

+Di --illumination [i]illumination: float
valeur d'éclairement (cd/m^2, par défaut : fichier f)

+Dn --min-density [m]densité optique minimale : float
Valeur Dmin (par défaut : off, uniquement avec +Dp)

+Dx --max-density [m]densité optique maximale : float
Valeur Dmax (par défaut : off, uniquement avec +Dp)

+Dg --gsd-fonction
utiliser GSDF pour l'étalonnage (par défaut pour +Dm/+Dp)

+Dc --fonction-cielab
utiliser la fonction CIELAB pour l'étalonnage

compatibilité:

+Ma --accepter-acr-nema
accepter les images ACR-NEMA sans photométrie
l'interprétation

+Mp --accepter-palettes
accepter les balises d'attribut de palette incorrectes
(0028,111 0028,121x) et (XNUMX XNUMXx)

+Mc --check-lut-profondeur
vérifier la 3ème valeur du descripteur LUT, comparer
avec la profondeur de bits attendue basée sur les données LUT

+Mm --ignore-mlut-profondeur
ignorer la 3ème valeur du descripteur de modalité LUT,
déterminer automatiquement les bits par entrée de table

+Mv --ignore-vlut-profondeur
ignorer la 3ème valeur du descripteur VOI LUT,
déterminer automatiquement les bits par entrée de table

Format TIFF :

+Tl --compr-lzw
Compression LZW (par défaut)

+Tr --compr-rle
Compression RLE

+Tn --compr-aucun
non compressé

+Pd --predictor-default
pas de prédicteur LZW (par défaut)

+Pn --prédicteur-aucun
LZW prédicteur 1 (pas de prédiction)

+Ph --prédicteur-horz
Prédicteur LZW 2 (différenciation horizontale)

+Rs --rows-per-strip [r]ows : entier (par défaut : 0)
lignes par bande, par défaut 8K par bande

Format PNG :

+il --entrelacement
créer un fichier entrelacé (par défaut)

-il --noentrelace
créer un fichier non entrelacé

+mf --méta-fichier
créer des méta-informations de fichier PNG (par défaut)

-mf --meta-aucun
pas de méta-informations de fichier PNG

Format JPEG :

+Jq --compr-quality [q]ualité : entier (0..100, par défaut : 90)
valeur de qualité pour la compression (en pourcentage)

+Js4 --échantillon-444
Échantillonnage 4:4:4 (pas de sous-échantillonnage)

+Js2 --échantillon-422
Sous-échantillonnage 4:2:2 (sous-échantillonnage horizontal de
composants de chrominance, par défaut)

+Js1 --échantillon-411
Sous-échantillonnage 4:1:1 (horizontal et vertical
sous-échantillonnage des composants de chrominance)

autres transformations :

+G --niveaux de gris
convertir en niveaux de gris si nécessaire

+P --change-polarité
changer la polarité (inverser la sortie des pixels)

+C --clip-region [l]eft [t]op [w]idth [h]eight : entier
région de l'image de découpe (l, t, w, h)

sortie Options
général:

-im --image-info
imprimer les détails de l'image (nécessite le mode détaillé)

-o --no-sortie
ne crée aucune sortie (utile avec -im)

génération de nom de fichier (uniquement avec --frame-range ou --all-frames) :

+Fc --use-frame-counter
utiliser un compteur basé sur 0 pour les noms de fichiers (par défaut)

+Fn --use-frame-number
utiliser le numéro de trame absolu pour les noms de fichiers

format d'image:

+op --write-raw-pnm
écrire PGM/PPM binaire 8 bits (par défaut pour les fichiers)

+opb --write-8-bit-pnm
écrire 8 bits ASCII PGM/PPM (par défaut pour stdout)

+opw --write-16-bit-pnm
écriture PGM/PPM ASCII 16 bits

+opn --write-n-bit-pnm [n] nombre : entier
écrire n-bit ASCII PGM/PPM (1..32)

+ob --write-bmp
écriture BMP 8 bits (monochrome) ou 24 bits (couleur)

+obp --write-8-bit-bmp
écrire la palette 8 bits BMP (monochrome uniquement)

+obt --write-24-bit-bmp
écrire un BMP TrueColor 24 bits

+obr --write-32-bit-bmp
écrire un BMP TrueColor 32 bits

+ot --write-tiff
écrire au format TIFF 8 bits (monochrome) ou 24 bits (couleur)

+sur --write-png
écrire en PNG 8 bits (monochrome) ou 24 bits (couleur)

+on2 --write-16-bit-png
écrire en PNG 16 bits (monochrome) ou 48 bits (couleur)

+oj --write-jpeg
écriture JPEG avec perte 8 bits (base)

NOTES

Les algorithmes d'interpolation préférés suivants peuvent être sélectionnés à l'aide de la --interpoler
option:

· 1 = algorithme de mise à l'échelle libre avec interpolation de la boîte à outils pbmplus
· 2 = algorithme de mise à l'échelle libre avec interpolation du magazine c't
· 3 = algorithme de grossissement avec interpolation bilinéaire d'Eduard Stanescu
· 4 = algorithme de grossissement avec interpolation bicubique d'Eduard Stanescu
La --écrire-tiff L'option n'est disponible que lorsque DCMTK a été configuré et compilé avec
soutien à l'extérieur libyen Bibliothèque TIFF. La disponibilité de la compression TIFF
les options dépendent de la libyen configuration. En particulier, l'algorithme breveté LZW
peut ne pas être disponible.
La --écrire-png L'option n'est disponible que lorsque DCMTK a été configuré et compilé avec
soutien à l'extérieur Libpng bibliothèque PNG. Option --entrelacer permet une image progressive
voir lors du chargement du fichier PNG. Seules quelques applications prennent en charge les méta-informations (TEXTE)
dans un fichier PNG.

TRANSFERT SYNTAXES

dcmj2pnm prend en charge les syntaxes de transfert suivantes pour l'entrée (dcmfile-in):
LittleEndianImplicitTransferSyntaxe 1.2.840.10008.1.2
LittleEndianExplicitTransferSyntaxe 1.2.840.10008.1.2.1
DeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntaxe 1.2.840.10008.1.2.1.99 (*)
BigEndianExplicitTransferSyntaxe 1.2.840.10008.1.2.2
JPEGProcess1TransferSyntaxe 1.2.840.10008.1.2.4.50
JPEGProcess2_4TransferSyntaxe 1.2.840.10008.1.2.4.51
JPEGProcess6_8TransferSyntaxe 1.2.840.10008.1.2.4.53
JPEGProcess10_12TransferSyntaxe 1.2.840.10008.1.2.4.55
JPEGProcess14TransferSyntaxe 1.2.840.10008.1.2.4.57
JPEGProcess14SV1TransferSyntaxe 1.2.840.10008.1.2.4.70
Syntaxe de transfert sans perte RLE 1.2.840.10008.1.2.5
(*) si compilé avec le support zlib activé

Journalisation

Le niveau de sortie de journalisation des divers outils de ligne de commande et des bibliothèques sous-jacentes peut
être spécifié par l'utilisateur. Par défaut, seuls les erreurs et les avertissements sont écrits dans la norme
flux d'erreurs. Utilisation de l'option --verbeux également des messages d'information comme les détails du traitement
sont rapportés. Option --déboguer peut être utilisé pour obtenir plus de détails sur l'activité interne,
par exemple à des fins de débogage. D'autres niveaux de journalisation peuvent être sélectionnés à l'aide de l'option --Journal-
niveau. En --silencieux mode seules les erreurs fatales sont signalées. Dans des événements d'erreur aussi graves,
l'application se terminera généralement. Pour plus de détails sur les différents niveaux de journalisation,
voir la documentation du module 'oflog'.
Dans le cas où la sortie de journalisation doit être écrite dans un fichier (éventuellement avec rotation du fichier journal),
vers syslog (Unix) ou l'option du journal des événements (Windows) --log-config peut être utilisé. Cette
le fichier de configuration permet également de diriger uniquement certains messages vers une sortie particulière
flux et pour filtrer certains messages en fonction du module ou de l'application où ils
Sont générés. Un exemple de fichier de configuration est fourni dans /logger.cfg.

COMMAND LINE

Tous les outils de ligne de commande utilisent la notation suivante pour les paramètres :
valeurs facultatives (0-1), trois points de fin indiquent que plusieurs valeurs sont autorisées
(1-n), une combinaison des deux signifie 0 à n valeurs.
Les options de ligne de commande se distinguent des paramètres par un signe '+' ou '-' en tête,
respectivement. Habituellement, l'ordre et la position des options de ligne de commande sont arbitraires (c'est-à-dire qu'ils
peut apparaître n'importe où). Cependant, si les options s'excluent mutuellement, l'apparence la plus à droite
est utilisé. Ce comportement est conforme aux règles d'évaluation standard des shells Unix courants.
De plus, un ou plusieurs fichiers de commandes peuvent être spécifiés en utilisant un signe '@' comme préfixe pour
le nom du fichier (par exemple @commande.txt). Un tel argument de commande est remplacé par le contenu de
le fichier texte correspondant (les espaces blancs multiples sont traités comme un seul séparateur sauf si
ils apparaissent entre deux guillemets) avant toute évaluation ultérieure. Veuillez noter que
un fichier de commandes ne peut pas contenir un autre fichier de commandes. Cette approche simple mais efficace
permet de résumer les combinaisons courantes d'options/paramètres et évite les
lignes de commande confuses (un exemple est fourni dans le fichier /dumppat.txt).

ENVIRONNEMENT

La dcmj2pnm L'utilitaire tentera de charger les dictionnaires de données DICOM spécifiés dans le
Dcmdictpath variable d'environnement. Par défaut, c'est-à-dire si le Dcmdictpath variable d'environnement
n'est pas défini, le fichier /dicom.dic sera chargé à moins que le dictionnaire ne soit construit
dans l'application (par défaut pour Windows).
Le comportement par défaut doit être préféré et le Dcmdictpath variable d'environnement uniquement
utilisé lorsque des dictionnaires de données alternatifs sont nécessaires. Les Dcmdictpath variable d'environnement
a le même format que le shell Unix PATH variable en ce qu'un deux-points (':') sépare
entrées. Sur les systèmes Windows, un point-virgule (';') est utilisé comme séparateur. Le dictionnaire de données
le code tentera de charger chaque fichier spécifié dans le Dcmdictpath variable d'environnement. Ce
est une erreur si aucun dictionnaire de données ne peut être chargé.

Utilisez dcmj2pnm en ligne en utilisant les services onworks.net