dcmstack – En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

dcmstack - Convertisseur DICOM vers NIfTI

DESCRIPTION

utilisation : dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir RÉP_DEST] [-o NOM_SORTIE] [--output-ext EXT_SORTIE] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order ORDRE_VOXEL] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--time-order ORDRE_TEMPS] [--vector-order ORDRE_VECTOR]
[-l] [--disable-translator DÉSACTIVER_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLURE_REGEX] [-e EXCLURE_REGEX] [--default-regexes] [-v] [--strict] [--version]
[répertoires_source [répertoires_source ...]]

Empilez les fichiers DICOM de chaque répertoire source dans des volumes 2D à 5D, en les extrayant éventuellement
méta-données.

positionnel arguments:
répertoires src
Les répertoires sources contenant les fichiers DICOM.

facultatif arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter

Entrée options:
--forcer la lecture
Essayez de lire tous les fichiers au format DICOM, même s'il manque le préambule.

--file-ext FICHIER_EXT
Essayez uniquement de lire les fichiers portant l'extension indiquée. Par défaut : .dcm.

--autoriser-les-nuls
Autoriser les fichiers DICOM qui manquent de données de pixels, en remplissant cette tranche de la sortie
nifti avec la valeur maximale représentable.

Sortie options:
--dest-dir DEST_DIR
Répertoire de destination, par défaut le répertoire source.

-o NOM_SORTIE, --nom-de-sortie OUTPUT_NAME
Chaîne de format Python déterminant les noms de fichiers de sortie en fonction des balises DICOM.

--sortie-ext SORTIE_EXT
Extension du type de fichier de sortie. Par défaut : .nii.gz.

-d, --dump-méta
Videz les métadonnées extraites dans un fichier JSON portant le même nom de base que le
Nifti généré

--embed-méta
Intégrez les métadonnées extraites dans une extension d'en-tête Nifti (au format JSON).

Empilement Options :
-g GROUPE_PAR, --par groupe GROUPE_PAR
Liste séparée par des virgules de clés de métadonnées pour regrouper les fichiers d'entrée en piles.

--ordre-voxel ORDRE_VOXEL
Ordonnez les voxels de sorte que les indices spatiaux commencent à partir de ces directions chez le patient
espace. Les instructions dans l'espace patient doivent être données sous forme de code à trois caractères :
(g)auche, (d)roite, (a)ntérieur, (p)ostérieur, (s)upérieur, (i)nférieur. Passer devant un véhicule vide
La chaîne désactivera la réorientation. Valeur par défaut : LAS

-t TIME_VAR, --time-var TIME_VAR
Le mot-clé de l'élément DICOM à utiliser pour ordonner la pile selon la dimension temporelle.

--vector-var VECTEUR_VAR
Le mot-clé de l'élément DICOM à utiliser pour commander la pile le long de la dimension vectorielle.

--ordre-temporel ORDRE_TEMPS
Fournissez un fichier texte avec l'ordre souhaité pour les valeurs (une par ligne) du
Attribut utilisé comme variable temporelle. Cette option est rarement nécessaire.

--ordre-vectoriel ORDRE_VECTEUR
Fournissez un fichier texte avec l'ordre souhaité pour les valeurs (une par ligne) du
Attribut utilisé comme variable vectorielle. Cette option est rarement nécessaire.

Meta extraction et Filtration Options :
-l, --liste-traducteurs
Listez les traducteurs activés et quittez

--désactiver-traducteur DÉSACTIVER_TRADUCTEUR
Désactivez les traducteurs pour les balises fournies. Les balises doivent être indiquées au format
« 0x0_0x0 ». Plusieurs valeurs peuvent être indiquées dans une liste séparée par des virgules. Si le mot « all » est utilisé,
est fourni, tous les traducteurs seront désactivés.

--extrait-privé
Extraire les métadonnées des éléments privés, même en l'absence de traducteur. Si
Si la valeur de l'élément contient des octets non-ASCII, elle sera toujours ignorée.
les métadonnées extraites peuvent toujours être filtrées par les expressions régulières.

-i INCLURE_REGEX, --include-regex INCLURE_REGEX
Inclure toutes les métadonnées dont la clé correspond à l'expression régulière fournie. Ceci
remplacera toutes les expressions d'exclusion. S'applique à toutes les métadonnées.

-e EXCLURE_REGEX, --exclure-regex EXCLUDE_REGEX
Exclure toutes les métadonnées dont la clé correspond à l'expression régulière fournie.
Complète les expressions d'exclusion par défaut. S'applique à toutes les métadonnées.

--expressions régulières par défaut
Imprimez la liste des expressions régulières d'inclusion et d'exclusion par défaut et quittez.

Général Options :
-v, --verbeux
Imprimer des informations supplémentaires.

--stricte
Échouer à la première exception au lieu d'afficher un avertissement.

--version
Affichez la version et quittez.

IL EST DE VOTRE RESPONSABILITÉ DE SAVOIR S'IL Y A DES INFORMATIONS DE SANTÉ PRIVÉES DANS LES MÉTADONNÉES
EXTRAIT PAR CE PROGRAMME.

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