dcmstack - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

dcmstack - Convertisseur DICOM vers NIfTI

DESCRIPTION

utilisation : dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--time-order TIME_ORDER] [--vector-order VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regexes] [-v] [--strict] [--version]
[src_dirs [src_dirs ...]]

Empilez les fichiers DICOM de chaque répertoire source dans des volumes 2D à 5D, en extrayant éventuellement
méta-données.

positionnel arguments:
src_dirs
Les répertoires source contenant les fichiers DICOM.

optionnel arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter

Entrée options:
--forcer la lecture
Essayez de lire tous les fichiers au format DICOM, même s'il leur manque le préambule.

--file-ext FILE_EXT
Essayez uniquement de lire les fichiers avec l'extension donnée. Par défaut : .dcm

--autoriser les nuls
Autoriser les fichiers DICOM qui manquent de données de pixels, remplissant cette tranche de la sortie
nifti avec la valeur représentable maximale.

Sortie options:
--dest-dir DEST_DIR
Répertoire de destination, par défaut le répertoire source.

-o OUTPUT_NAME, --nom-de-sortie OUTPUT_NAME
Chaîne de format Python déterminant les noms de fichiers de sortie en fonction des balises DICOM.

--sortie-ext SORTIE_EXT
L'extension du type de fichier de sortie. Par défaut : .nii.gz

-d, --dump-méta
Videz les métadonnées extraites dans un fichier JSON avec le même nom de base que le
généré Nifti

--embed-méta
Intégrez les métadonnées extraites dans une extension d'en-tête Nifti (au format JSON).

Empilement Options:
-g PAR GROUPE, --par groupe PAR GROUPE
Liste séparée par des virgules de clés de métadonnées pour regrouper les fichiers d'entrée en piles.

--voxel-ordre VOXEL_ORDER
Ordonnez les voxels de sorte que les indices spatiaux commencent à partir de ces directions chez le patient
espacer. Les instructions dans l'espace patient doivent être données sous la forme d'un code à trois caractères :
(l)gauche, (r)droit, (a)ntérieur, (p)ostérieur, (s)supérieur, (i)inférieur. Passer un vide
la chaîne désactivera la réorientation. Par défaut : LAS

-t TIME_VAR, --temps-var TIME_VAR
Le mot-clé de l'élément DICOM à utiliser pour ordonner la pile le long de la dimension temporelle.

--vecteur-var VECTEUR_VAR
Le mot-clé de l'élément DICOM à utiliser pour ordonner la pile le long de la dimension vectorielle.

--temps-ordre TIME_ORDER
Fournissez un fichier texte avec l'ordre souhaité pour les valeurs (une par ligne) du
attribut utilisé comme variable de temps. Cette option est rarement nécessaire.

--ordre-vectoriel VECTOR_ORDER
Fournissez un fichier texte avec l'ordre souhaité pour les valeurs (une par ligne) du
attribut utilisé comme variable vectorielle. Cette option est rarement nécessaire.

Meta extraction ainsi que Filtration Options:
-l, --list-traducteurs
Lister les traducteurs activés et quitter

--disable-traducteur DÉSACTIVER_TRANSLATOR
Désactivez les traducteurs pour les balises fournies. Les balises doivent être données dans le format
"0x0_0x0". Plusieurs peuvent être donnés dans une liste séparée par des virgules. Si le mot "tous"
est fourni, tous les traducteurs seront désactivés.

--extrait-privé
Extrayez les métadonnées des éléments privés, même s'il n'y a pas de traducteur. Si la
La valeur de l'élément contient des octets non ASCII, elle sera toujours ignorée. Les
Les métadonnées extraites peuvent toujours être filtrées par les expressions régulières.

-i INCLUDE_REGEX, --include-regex INCLUDE_REGEX
Incluez toutes les métadonnées dont la clé correspond à l'expression régulière fournie. Cette
remplacera toutes les expressions d'exclusion. S'applique à toutes les métadonnées.

-e EXCLUDE_REGEX, --exclure-regex EXCLUDE_REGEX
Excluez toutes les métadonnées dont la clé correspond à l'expression régulière fournie. Cette
complétera les expressions d'exclusion par défaut. S'applique à toutes les métadonnées.

--default-regex
Imprimez la liste des expressions régulières d'inclusion et d'exclusion par défaut et quittez.

Général Options:
-v, --verbeux
Imprimer des informations supplémentaires.

--stricte
Échec à la première exception au lieu d'afficher un avertissement.

--version
Affichez la version et quittez.

IL EST DE VOTRE RESPONSABILITÉ DE SAVOIR S'IL Y A DES INFORMATIONS DE SANTÉ PRIVÉES DANS LES MÉTADONNÉES
EXTRAIT PAR CE PROGRAMME.

Utiliser dcmstack en ligne à l'aide des services onworks.net