Il s'agit de la commande demux qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
demux - Convertit les restrictions de distance XPLOR au format Gromacs
SYNOPSIS
démultiplexage md0.log supplémentaire
DESCRIPTION
Si vous souhaitez rendre à nouveau vos trajectoires continues, vous pouvez utiliser démultiplexage lire
votre fichier md0.log (vous pouvez en concaténer plusieurs si nécessaire) et produire quelques sorties
des dossiers. L'un d'eux est un fichier .xvg (réplique_ndx.xvg) qui peut être transmis à trjcat(1) le long de
avec les fichiers de trajectoire originaux, afin de produire des trajectoires continues. L'autre
déposer (réplique_temp.xvg) contient les températures pour chaque réplique, en commençant par le
température d'origine. Donc, si votre réplique d'intérêt commence à, disons, 300 K, vous pouvez suivre
sa trajectoire dans l'espace de température. Il serait intéressant d'ajouter quelques
fonctionnalité pour faire des histogrammes de distributions de température pour chaque réplique, qui
selon la plupart des auteurs, devrait être plat. Les trajectoires démultiplexées peuvent être utilisées avec
g_cinétique(1) pour obtenir la cinétique de repliement des protéines à partir des trajectoires REMD.
OPTIONS
md0.log Fichier journal de la trajectoire parcourue que vous souhaitez rendre continue. Plusieurs fichiers peuvent être
joint ensemble.
supplémentaire Nombre de fois où chaque entrée du fichier journal sera copiée. (Entier)
LIMITATIONS
Si votre échange était tous les N ps et que vous économisez tous les M ps, vous pouvez faire pour les manquants
cadres par réglage supplémentaire à (N/M - 1). Si N/M n'est pas un entier, vous n'avez pas de chance et vous
ne pourra pas du tout démultiplexer vos trajectoires.
Utiliser le démultiplexage en ligne à l'aide des services onworks.net
