dialign2-2 - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

dialign2-2 - Programme d'alignement multiple utilisant l'approche segment à segment

SYNOPSIS

composer2-2 [options] [fichier_seq]

fichier_seq est le nom du fichier de séquence d'entrée ; ce doit être un fichier FASTA multiple (tous
séquences dans un fichier).

DESCRIPTION

composer2-2 est un programme qui construit des alignements à partir de paires sans lacunes de segments similaires
des séquences. Si (éventuellement) des séquences d'acides nucléiques codantes doivent être alignées, DIALIGN
traduit facultativement les « segments d'acide nucléique » comparés en « segments peptidiques » selon
au code génétique - sans présupposer aucun des trois cadres de lecture possibles, donc
toutes les combinaisons de cadres de lecture sont vérifiées pour une similarité significative.

Par défaut, DIALIGN crée un seul fichier contenant

· Un alignement des séquences d'entrée au format DIALIGN.

· Le même alignement au format FASTA.

· Un arbre de séquence au format PHYLIP. Cet arbre est construit en appliquant l'UPGMA
méthode de regroupement aux scores de similarité DIALIGN. Il reflète grosso modo les différentes
degrés de similitude entre les séquences. Pour une analyse phylogénétique détaillée, nous
recommander les méthodes habituelles de reconstruction phylogénétique.

Le format des fichiers de sortie est documenté dans /usr/share/doc/dialign/USER_GUIDE.gzL’
Les formats de sortie FASTA, CLUSTALW et MSF sont disponibles en option (voir OPTIONS).

OPTIONS

-afc
Crée un fichier de sortie supplémentaire "*.afc" contenant les données de tous les fragments pris en compte pour
alignement. ATTENTION : ce fichier peut être ENORME !

-afc_v
Comme "-afc" mais verbeux : les fragments sont explicitement imprimés. ATTENTION : ce fichier peut être
ENCORE PLUS GRAND !

-anc
Alignement ancré. Nécessite un fichier fichier_seq.anc contenant des points d'ancrage.

-cs
Si les segments sont traduits, non seulement le « brin Watson » mais aussi le « brin Crick »
est regardé.

-cw
Fichier de sortie supplémentaire au format CLUSTAL W.

-ds
« accélération de l'alignement de l'ADN ». Les fragments d'acides nucléiques non traduits sont pris en compte
seulement s'ils commencent avec au moins deux matchs. Accélère l'alignement de l'ADN au détriment
de sensibilité.

-FA
Fichier de sortie supplémentaire au format FASTA.

-ff
Crée un fichier *.frg contenant des informations sur tous les fragments qui font partie du
alignements par paire optimaux respectifs plus des informations sur la cohérence dans le
alignement multiple.

-fn fichier_out
Les fichiers de sortie sont nommés out_file.extension.

-dandy
Crée un fichier *.dandy contenant les coordonnées de tous les fragments qui font partie du
alignements respectifs par paires.

-fsm
Crée un fichier *.fsm contenant les coordonnées de tous les fragments qui font partie de la finale
alignement

-je
Les poids de chevauchement sont désactivés (par défaut, les poids de chevauchement sont utilisés si jusqu'à 35
les séquences sont alignées). Cette option accélère l'alignement mais peut conduire à une réduction
qualité d'alignement.

-lgs
« Longues séquences génomiques » - combine les options suivantes : -mais, -thr 2, -lmax 30,
-smin 8, -nta, -ff, -dandy, -ff, -cs, -ds, -TVP.

-lgs_t
Comme "-lgs" mais avec toutes les paires de segments évaluées au niveau peptidique (plutôt que
"alignements mixtes" comme avec l'option "-lgs"). Donc plus rapide que -lgs mais pas très
sensible pour les régions non codantes.

-lmax x
Longueur maximale des fragments = x (défaut: x = 40 ou x = 120 pour les fragments « traduits »).
Shorter x accélère le programme mais peut affecter la qualité de l'alignement.

il
(Longue sortie) Fichier supplémentaire * .log avec des informations sur des fragments sélectionnés pour
l'alignement par paires et la cohérence de la procédure de multi-alignement.

-mais
« alignements mixtes » constitués de fragments P et de fragments N si les séquences d'acides nucléiques
sont alignés.

-masque
Les résidus n'appartenant pas aux fragments sélectionnés sont remplacés par des caractères « * » dans la sortie
alignement (plutôt que d'être imprimé en caractères minuscules)

-tapis
Crée un fichier *tapis avec des comptes de substitution dérivés des fragments qui ont été
sélectionné pour l'alignement.

-mat_thr t
Comme "-mat" mais uniquement des fragments avec un score de poids > t sont considérés.

-max_lien
Regroupement de « liaison maximale » utilisé pour construire un arbre de séquence (au lieu de UPGMA).

-min_lien
Clustering « lien minimum » utilisé.

-mot
Option "Motif".

-msf
Fichier de sortie séparé au format MSF.

-n
Les séquences d'entrée sont des séquences d'acide nucléique. Pas de traduction de fragments.

-NT
Les séquences d'entrée sont des séquences d'acide nucléique et les « segments d'acide nucléique » sont traduits
aux « segments peptidiques ».

-nta
« Pas d'alignement textuel ». Alignement textuel supprimé. Cette option a du sens si d'autres
les fichiers de sortie sont intéressants - par exemple les fichiers de fragments créés avec -ff, -dandy, -fsm or
il.

-o
Version rapide, les alignements résultants peuvent être légèrement différents.

-oui
Poids de chevauchement appliqués (par défaut, les poids de chevauchement ne sont utilisés que si jusqu'à 35
les séquences sont alignées car le calcul des poids de chevauchement prend du temps). Avertissement:
les poids de chevauchement améliorent généralement la qualité de l'alignement, mais le temps d'exécution augmente en
l'ordre O(n^4) avec le nombre de séquences. C'est pourquoi, par défaut, se chevauchent
les poids ne sont utilisés que pour les ensembles de séquences avec < 36 séquences.

-TVP
"État d'impression". Crée et met à jour un fichier *.sta avec des informations sur l'actualité
état de l'exécution du programme. Cette option est recommandée si de grands ensembles de données sont alignés
car il permet à l'utilisateur d'estimer le temps de fonctionnement restant.

-smin x
Valeur de similarité minimale pour la première paire de résidus (ou paire de codons) dans les fragments. Vitesses
jusqu'à l'alignement des protéines ou l'alignement des fragments d'ADN traduits au détriment de
sensibilité.

-étoiles x
Nombre maximum de caractères « * » indiquant le degré de similitude locale entre
séquences. Par défaut, aucune étoile n'est utilisée mais des nombres entre 0 et 9, à la place.

-stdo
Résultats écrits sur la sortie standard.

- ce
Alignement textuel standard imprimé (remplace la suppression des alignements textuels dans
options spéciales, par exemple -lgs).

-thr x
Seuil T = x.

-xfr
« Exclure les fragments ». La liste des fragments peut être spécifiée qui ne sont PAS pris en compte pour
alignement par paires.

Remarque générale : Si des options contradictoires sont utilisées, les options suivantes remplacent les options précédentes.
uns, par exemple : dialign2-2 -nt -n fichier_seq lance le programme avec l'option "-n" (pas
translation !), tandis que dialign2-2 -n -nt fichier_seq l'exécute avec l'option "-nt"
(Traduction!).

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