Il s'agit de la commande dotter qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
dotter - Séquence dotplots avec des outils d'amélioration d'image.
SYNOPSIS
dotter [options] [X options]
DESCRIPTION
Référence : Sonnhammer ELL & Durbin R (1995). Un programme matriciel avec dynamique
contrôle de seuil adapté à l'analyse de séquences d'ADN génomique et de protéines. Gène
167(2) : GC1-10.
Types autorisés:
Protéine - Protéine ADN - ADN ADN -
Protéines
Options:
-b
Mode batch, écrivez dotplot sur
-l
Charger le dotplot à partir de
-m
Limite d'utilisation de la mémoire en Mo (par défaut 0.5)
-z
Définir le facteur de zoom (compression)
-p
Définir le facteur de pixel manuellement (ratio valeur de pixel/score)
-W
Définir la taille de la fenêtre coulissante. (K => estimation Karlin/Altschul)
-M
Lire dans la matrice de score de (Format d'explosion ; Par défaut : Blosum62).
-F
Lire les séquences et les données de (remplace les fichiers de séquence).
-f
Lire des segments d'entités à partir de
-H Ne calculez pas le dotplot au démarrage.
-R Outil Greyramp inversé au démarrage.
-r Inverser et compléter horizontal_sequence (ADN vs protéine)
-D Ne pas afficher l'image miroir dans les comparaisons automatiques
-w Pour l'ADN : brin supérieur horizontal_sequence uniquement (Watson)
-c Pour l'ADN : brin inférieur horizontal_sequence uniquement (Crick)
-q
Décalage horizontal_séquence
-s
Décalage vertical_séquence
Quelques X options : -acefont Police principale. -Police de caractère Police des menus.
Utilisez dotter en ligne en utilisant les services onworks.net
