Il s'agit de la commande e-PCR qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
e-PCR — Trouver des sites marqués par des séquences (STS) dans des séquences d'ADN
SYNOPSIS
e-PCR [-hV] [options posix] fichier sts [je jeûne ...] [options-compat]
DESCRIPTION
Le programme substitue le souffle à l'emplacement des paires d'amorces sur le génome qui peuvent
donner un produit de PCR.
OPTIONS
les options posix sont :
-m=## Marge (50 par défaut)
-w=## Taille des mots (7 par défaut)
-n=## Non-concordances maximales autorisées (par défaut 0)
-g=## Nombre maximum d'indices autorisés (par défaut 0)
-f=## Utilisez ## mots non contigus, lent si ##>1
-o=## Définir le fichier de sortie
-t=## Définir le format de sortie :
1 - classique, gamme (pos1..pos2)
2 - classique, milieu
3 - tabulaire
4 - tabulaire avec alignement dans les commentaires (lent)
-d=##-## Définir la plage de tailles par défaut (par défaut 100-350)
-p=+- Activer/désactiver le post-traitement des hits
-v=## Indicateurs de verbosité
-une=un|f Utiliser des alignements de prédimensionnement (uniquement si écarts>0), lent
a - Toujours ou f - comme Repli
-x=+- Utiliser le masquage en minuscules 5' des amorces (par défaut -)
-u=+- Toutes les amorces en majuscules (par défaut -)
compat-options (options posix en double) sont
M=## Marge (50 par défaut)
W=## Taille des mots (7 par défaut)
N=## Nombre de discordances autorisées (par défaut 0)
G=## Nombre maximum d'indices autorisés (par défaut 0)
F=## Utilisez ## mots discontinus
O=## Définir le fichier de sortie sur ##
T=## Définir le format de sortie (1..3)
D=##-## Définir la plage de tailles par défaut
P=+- Activer/désactiver le post-traitement
V=## Indicateurs de verbosité
A=un|f Utiliser des alignements de prédimensionnement (uniquement si écarts>0), lent
a - Toujours ou f - comme Repli
X=+- Utiliser le masquage en minuscules 5' des amorces (par défaut -)
U=+- Toutes les amorces en majuscules (par défaut -)
-milieu Identique à T=2
Pour plus d'informations sur d'autres options, appelez simplement e-PCR sans aucune option.
Utiliser l'e-PCR en ligne à l'aide des services onworks.net
