Il s'agit de la commande edialigne qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
edialign - Alignement multiple local de séquences
SYNOPSIS
edialigner -séquences ensemble de séquences -nucmode liste -révcomp booléen [-superposition sélection]
[-lien liste] [-maxfragl entier] -fragmat booléen -fragsim entier
[-son score booléen] [-seuil flotter] -masque booléen -dostars booléen
-étoile entier -fichier de sortie fichier de sortie -suite suite
edialigner -Aide
DESCRIPTION
edialigner est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Alignement : Multiple".
OPTIONS
Entrée
-séquences ensemble de séquences
Supplémentaire
-nucmode liste
Mode d'alignement de séquences d'acides nucléiques (simple, traduit ou mixte) Valeur par défaut : n
-révcomp booléen
Valeur par défaut : N
-superposition sélection
Par défaut, les poids de chevauchement sont utilisés lorsque Nseq =<35 mais vous pouvez le définir sur « oui » ou
'non' Valeur par défaut : par défaut (lorsque Nseq =< 35)
-lien liste
Méthode de clustering pour construire un arbre de séquence (UPGMA, liaison minimale ou maximale
liaison) Valeur par défaut : UPGMA
-maxfragl entier
Valeur par défaut : 40
-fragmat booléen
Valeur par défaut : N
-fragsim entier
Valeur par défaut : 4
-son score booléen
Valeur par défaut : N
-seuil flotter
Valeur par défaut : 0.0
Sortie
-masque booléen
Valeur par défaut : N
-dostars booléen
Valeur par défaut : N
-étoile entier
Valeur par défaut : 4
-fichier de sortie fichier de sortie
-suite suite
Utiliser edialigne en ligne avec les services onworks.net