Il s'agit de la commande em_conse qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
inconvénients - Créer une séquence consensus à partir d'un alignement multiple
SYNOPSIS
contre -séquence ensemble de séquences [-fichier de données matrice] [-pluralité flotter] [-identité int]
[-setcase flotter] -suite suite [-patate douce string]
contre -Aide
DESCRIPTION
contre est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open Software
Suite"). Il fait partie du ou des groupes de commandes « Alignement : Consensus ».
OPTIONS
Entrée
-séquence ensemble de séquences
Fichier contenant un alignement de séquence.
-fichier de données matrice
Il s'agit du fichier de matrice de notation utilisé lors de la comparaison des séquences. Par défaut c'est le
fichier 'EBLOSUM62' (pour les protéines) ou le fichier 'EDNAFULL' (pour les séquences nucléiques). Ces
se trouvent dans le répertoire 'data' de l'installation d'EMBOSS.
Supplémentaire
-pluralité flotter
Fixez un seuil pour le nombre de correspondances positives en dessous duquel il n'y a pas de consensus.
La pluralité par défaut est prise comme la moitié du poids total de toutes les séquences dans le
alignement. Valeur par défaut : @( $(sequence.totweight) / 2)
-identité int
Fournit la possibilité de définir le nombre requis d'identités sur un site pour qu'il
donner un consensus à cette position. Par conséquent, s'il est défini sur le nombre de
séquences dans l'alignement, seules les colonnes d'identités contribuent au consensus.
-setcase flotter
Définit le seuil pour les correspondances positives au-dessus duquel le consensus est en majuscule
et en dessous duquel le consensus est en minuscule. Valeur par défaut: @(
$(séquence.totweight) / 2)
Sortie
-suite suite
-patate douce string
Utilisez em_conse en ligne en utilisant les services onworks.net
