eprimer32e - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

eprimer32 - Sélectionne les amorces PCR et les oligos d'hybridation

SYNOPSIS

eprimer32 -séquence suite [-apprêt basculer] -tâche liste [-sonde hybride basculer]
-mishyblibraryfile dans le fichier -mispriminglibraryfile dans le fichier [-numretour entier]
[-région incluse gamme] [-région cible gamme] [-région exclue gamme]
[-entrée avant un magnifique] [-entrée inversée un magnifique] -gcclamp entier -taille entier
-taille minimale entier -taille max entier -otm flotter -menthe flotter -maxtm flotter
-maxdifftm flotter -ogcpourcent flotter -mingc flotter -maxgc flotter -selconc flotter
-dnaconc flotter -maxpolyx entier -psizeopt entier -prange gamme -ptmop flotter
-ptmmin flotter -ptmmax flotter -orégionexclue gamme -entrée oligo un magnifique
-osizeopt entier -taille minimale entier -omaxsize entier -otmopt flotter
-otmmin flotter -otmmax flotter -ogcopt flotter -ogcmin flotter -ogcmax flotter
-osaltconc flotter -odnaconc flotter -oanyself flotter -se faire flotter
-opolyxmax entier -omishybmax flotter -expliquer le drapeau booléen -drapeau de fichier booléen
-index de première base entier -choisir de toute façon booléen -max désamorçage flotter
-pairemaxmispriming flotter -numnsaccepté entier -soi-même flotter -fin de soi flotter
-correction liste -tmformule liste -maxendstabilité flotter -fichier de sortie fichier de sortie

eprimer32 -Aide

DESCRIPTION

eprimer32 est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Nucleic:Primers".

OPTIONS

Entrée
-séquence suite
La séquence à partir de laquelle choisir les amorces. La séquence doit être présentée 5' à 3'

-apprêt basculer
Dites à Eprimer32 de choisir l'(les) amorce(s) Valeur par défaut : O

-tâche liste
Dites à Eprimer32 quelle tâche effectuer. Les valeurs légales sont 1 : « Pick PCR primers », 2 : « Pick
amorce directe uniquement', 3 : 'Choisir l'amorce inverse uniquement', 4 : 'Aucune amorce nécessaire'. Défaut
valeur : 1

-sonde hybride basculer
Un « oligo interne » est destiné à être utilisé comme sonde d'hybridation (sonde hyb) pour
détecter le produit PCR après amplification. Valeur par défaut : N

-mishyblibraryfile dans le fichier
Similaire à MISPRIMING-LIBRARY, sauf que l'événement que nous cherchons à éviter est l'hybridation
de l'oligo interne aux séquences de cette bibliothèque plutôt que de s'amorcer à partir de celles-ci. Les
le fichier doit être au format FASTA (légèrement restreint) (WB Pearson et DJ Lipman,
PNAS 85:8 pp 2444-2448 [1988]); nous discutons brièvement de l'organisation de ce dossier
au dessous de. Si ce paramètre est spécifié alors Eprimer32 aligne localement chaque candidat
oligo contre chaque séquence de la bibliothèque et rejette les amorces pour lesquelles le
score d'alignement multiplié par un poids spécifié (voir ci-dessous)
INTERNE-OLIGO-MAX-MISHYB. (La valeur maximale du poids est arbitrairement fixée à
12.0.) Chaque entrée de séquence dans le fichier au format FASTA doit commencer par une "ligne d'identification" qui
commence par '>'. Le contenu de la ligne id est « légèrement restreint » dans ce
Eprimer32 analyse tout après un astérisque facultatif ('*') en tant que virgule flottante
nombre à utiliser comme poids mentionné ci-dessus. Si la ligne d'identification ne contient pas d'astérisque alors
le poids par défaut est 1.0. Le système de notation d'alignement utilisé est le même que pour
calculer la complémentarité entre les oligos (par exemple SELF-ANY). Le reste d'une entrée
contient la séquence sous forme de lignes suivant la ligne id jusqu'à une ligne commençant par '>'
ou la fin du fichier. Les espaces et les nouvelles lignes sont ignorés. Caractères 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' sont conservés et tout autre caractère est converti en 'N' (avec
la conséquence que tous les codes IUB / IUPAC pour les bases ambiguës sont convertis en 'N').
Il n'y a aucune restriction sur la longueur de la ligne. Une valeur vide pour ce paramètre indique
qu'aucune bibliothèque ne doit être utilisée.

-mispriminglibraryfile dans le fichier
Le nom d'un fichier contenant une bibliothèque de séquences nucléotidiques de séquences à éviter
amplifiantes (par exemple des séquences répétitives, ou éventuellement les séquences de gènes dans un
famille de gènes qui ne doit pas être amplifiée.) Le fichier doit être en (un peu restreint)
format FASTA (WB Pearson et DJ Lipman, PNAS 85:8 pp 2444-2448 [1988]); nous
discuter brièvement de l'organisation de ce dossier ci-dessous. Si ce paramètre est spécifié
puis Eprimer32 aligne localement chaque amorce candidate contre chaque séquence de la bibliothèque et
rejette les amorces pour lesquelles le score d'alignement local multiplié par un poids spécifié
(voir ci-dessous) dépasse MAX-MISPRIMING. (La valeur maximale du poids est arbitrairement
défini sur 100.0.) Chaque entrée de séquence dans le fichier au format FASTA doit commencer par un 'id
ligne' qui commence par '>'. Le contenu de la ligne id est « légèrement restreint » dans
qu'Eprimer32 analyse tout après un astérisque facultatif ('*') en tant que virgule flottante
nombre à utiliser comme poids mentionné ci-dessus. Si la ligne d'identification ne contient pas d'astérisque alors
le poids par défaut est 1.0. Le système de notation d'alignement utilisé est le même que pour
calculer la complémentarité entre les oligos (par exemple SELF-ANY). Le reste d'une entrée
contient la séquence sous forme de lignes suivant la ligne id jusqu'à une ligne commençant par '>'
ou la fin du fichier. Les espaces et les nouvelles lignes sont ignorés. Caractères 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' sont conservés et tout autre caractère est converti en 'N' (avec
la conséquence que tous les codes IUB / IUPAC pour les bases ambiguës sont convertis en 'N').
Il n'y a aucune restriction sur la longueur de la ligne. Une valeur vide pour ce paramètre indique
qu'aucune bibliothèque de répétition ne doit être utilisée.

Supplémentaire
Programme Options
-numretour entier
Le nombre maximum de paires d'amorces à renvoyer. Les paires d'amorces renvoyées sont triées par
leur « qualité », c'est-à-dire par la valeur de la fonction objectif (où une
nombre indique une meilleure paire d'amorces). Attention : régler ce paramètre sur une grande
valeur augmentera le temps de fonctionnement. Valeur par défaut : 5

Séquence Options
-région incluse gamme
Une sous-région de la séquence donnée dans laquelle choisir les amorces. Par exemple, souvent le
la première douzaine de bases d'une séquence sont des vecteurs et doivent être exclues de
considération. La valeur de ce paramètre a la forme (début), (fin) où (début)
est l'indice de la première base à considérer, et (fin) est la dernière de la
région de sélection des amorces.

-région cible gamme
Si une ou plusieurs cibles sont spécifiées, une paire d'amorces légale doit flanquer au moins une
d'eux. Une cible peut être un simple site de répétition de séquence (par exemple une répétition CA) ou
un polymorphisme à paire de bases unique. La valeur doit être une liste séparée par des espaces de
(début), (fin) paires où (début) est l'indice de la première base d'une cible, et
(fin) est le dernier Eg 50,51 nécessite des amorces pour entourer les 2 bases aux positions 50
et 51.

-région exclue gamme
Les oligos d'amorce ne peuvent chevaucher aucune région spécifiée dans cette étiquette. La valeur associée
doit être une liste séparée par des espaces de paires (début), (fin) où (début) est l'index de
la première base de la région exclue, et et (fin) est la dernière. Cette balise est utile
pour des tâches telles que l'exclusion de régions de faible qualité de séquence ou pour l'exclusion de régions
contenant des éléments répétitifs tels que des ALU ou des LINEs. Par exemple 401,407 68,70 interdit
sélection des amorces dans les 7 bases à partir de 401 et les 3 bases à 68.

-entrée avant un magnifique
La séquence d'une amorce directe à vérifier et autour de laquelle concevoir des amorces inverses
et des oligos internes facultatifs. Doit être une sous-chaîne de SEQUENCE.

-entrée inversée un magnifique
La séquence d'une amorce inverse à vérifier et autour de laquelle concevoir des amorces directes
et des oligos internes facultatifs. Doit être une sous-chaîne du brin inverse de SEQUENCE.

Apprêt Options
-gcclamp entier
Exiger le nombre spécifié de G et C consécutifs à l'extrémité 3' des deux
amorce avant et arrière. (Ce paramètre n'a aucun effet sur l'oligo interne si l'on
Est demandé.)

-taille entier
Longueur optimale (en bases) d'un oligo-amorce. Eprimer32 tentera de choisir des amorces
proche de cette longueur. Valeur par défaut : 20

-taille minimale entier
Longueur minimale acceptable d'un apprêt. Doit être supérieur à 0 et inférieur ou égal
à MAX-SIZE. Valeur par défaut : 18

-taille max entier
Longueur maximale acceptable (en bases) d'un apprêt. Actuellement, ce paramètre ne peut pas être
supérieur à 35. Cette limite est régie par la taille d'oligo maximale pour laquelle Eprimer32
la température de fusion est valide. Valeur par défaut : 27

-otm flotter
Température de fusion optimale (Celsius) pour un oligo-amorce. Eprimer32 va essayer de choisir
les primaires dont les températures de fusion sont proches de cette température. L'oligo fondant
la formule de température dans Eprimer32 est celle donnée dans Rychlik, Spencer et Rhoads, Nucleic
Acids Research, vol 18, num 21, pp 6409-6412 et Breslauer, Frank, Bloecker et Marky,
Proc. Natl. Acad. Sci. États-Unis, vol 83, pages 3746-3750. Veuillez vous référer à l'ancien document pour
discussion de fond. Valeur par défaut : 60.0

-menthe flotter
Température de fusion minimale acceptable (Celsius) pour un oligo-amorce. Valeur par défaut:
57.0

-maxtm flotter
Température de fusion maximale acceptable (Celsius) pour un oligo-amorce. Valeur par défaut:
63.0

-maxdifftm flotter
Différence maximale acceptable (non signée) entre les températures de fusion des
amorces directes et inverses. Valeur par défaut : 100.0

-ogcpourcent flotter
Pourcentage de GC optimal d'amorce. Valeur par défaut : 50.0

-mingc flotter
Pourcentage minimum autorisé de Gs et Cs dans n'importe quel apprêt. Valeur par défaut : 20.0

-maxgc flotter
Pourcentage maximal autorisé de Gs et Cs dans toute amorce générée par Primer. Défaut
valeur : 80.0

-selconc flotter
La concentration millimolaire de sel (généralement KCl) dans la PCR. Eprimer32 utilise ceci
argument pour calculer les températures de fusion des oligo. Valeur par défaut : 50.0

-dnaconc flotter
La concentration nanomolaire d'oligos de recuit dans la PCR. Eprimer32 utilise ceci
argument pour calculer les températures de fusion des oligo. La valeur par défaut (50 nM) fonctionne bien avec
le protocole standard utilisé au Whitehead/MIT Center for Genome Research--0.5
microlitres de concentration 20 micromolaires pour chaque oligo amorce dans un 20 microlitre
réaction avec une matrice de 10 nanogrammes, 0.025 unités/microlitre de polymérase Taq dans 0.1 mM
chaque dNTP, 1.5 mM de MgCl2, 50 mM de KCl, 10 mM de Tris-HCL (pH 9.3) en utilisant 35 cycles avec un
température de recuit de 56 degrés Celsius. Ce paramètre correspond à 'c' dans
Équation (ii) de Rychlik, Spencer et Rhoads (Nucleic Acids Research, vol 18, num 21)
où une valeur appropriée (pour une concentration initiale inférieure de modèle) est « empiriquement
déterminé'. La valeur de ce paramètre est inférieure à la concentration réelle de
oligos dans la réaction car c'est la concentration d'oligos de recuit, qui dans
tour dépend de la quantité de modèle (y compris le produit PCR) dans un cycle donné. Cette
la concentration augmente beaucoup lors d'une PCR ; heureusement que la PCR semble assez robuste
pour une variété de températures de fusion des oligo. Voir CONSEILS POUR LE CHOIX DES APPRÊTS. Défaut
valeur : 50.0

-maxpolyx entier
La longueur maximale autorisée d'une répétition de mononucléotide dans une amorce, par exemple
AAAAAA. Valeur par défaut : 5

Produit Options
-psizeopt entier
La taille optimale pour le produit PCR. 0 indique qu'il n'y a pas de produit optimal
Taille. Valeur par défaut : 200

-prange gamme
Les valeurs associées précisent les longueurs du produit que l'utilisateur souhaite
amorces à créer, et est une liste d'éléments séparés par des espaces de la forme (x)-(y) où
une paire (x)-(y) est une plage légale de longueurs pour le produit. Par exemple, si l'on veut
Les produits PCR doivent être compris entre 100 et 150 bases (inclus), alors on définirait ce
paramètre à 100-150. Si l'on désire des produits PCR dans la gamme de 100 à 150
bases ou dans la plage de 200 à 250 bases, alors on définirait ce paramètre sur
100-150 200-250. Eprimer32 privilégie les plages à gauche de la chaîne de paramètres.
Eprimer32 renverra des paires d'amorces légales dans la première plage quelle que soit la valeur de
la fonction objectif de ces paires. Ce n'est que s'il y a un nombre insuffisant de
les amorces de la première plage Eprimer32 renverront les amorces d'une plage suivante.
Valeur par défaut : 100-300

-ptmop flotter
La température de fusion optimale pour le produit PCR. 0 indique qu'il n'y a pas
température optimale. Valeur par défaut : 0.0

-ptmmin flotter
La température de fusion minimale autorisée de l'amplicon. Veuillez consulter la documentation
sur la température de fusion maximale du produit pour plus de détails. Valeur par défaut:
- 1000000.0

-ptmmax flotter
La température de fusion maximale autorisée de l'amplicon. Le produit Tm est calculé
en utilisant la formule de Bolton et McCarthy, PNAS 84:1390 (1962) telle que présentée dans
Sambrook, Fritsch et Maniatis, Molecular Cloning, page 11.46 (1989, CSHL Press). Tm =
81.5 + 16.6(log10([Na+])) + 41*(%GC) - 600/longueur Où [Na+} est le sodium molaire
concentration, (%GC) est le pourcentage de Gs et Cs dans la séquence, et la longueur est le
longueur de la séquence. Une formule similaire est utilisée par la sélection des amorces primaires
programme dans GCG, qui utilise à la place 675.0/longueur dans le dernier terme (après F. Baldino,
Jr, M.-F. Chesselet et ME Lewis, Methods in Enzymology 168:766 (1989) éqn (1) sur
page 766 sans les termes discordance et formamide). Les formules ici et à Baldino
et al. supposons Na+ plutôt que K+. Selon JG Wetmur, les revues critiques dans
BioChem. et Mol. Bio. 26:227 (1991) 50 mM K+ devraient être équivalents dans ces formules
à 2 M Na+. Eprimer32 utilise la même valeur de concentration en sel pour calculer à la fois la
la température de fusion de l'amorce et la température de fusion des oligo. Si vous prévoyez de
utiliser le produit PCR pour l'hybridation plus tard, ce comportement ne vous donnera pas le Tm
dans des conditions d'hybridation. Valeur par défaut : 1000000.0

Interne oligo contribution
-orégionexclue gamme
Les oligos du milieu ne peuvent chevaucher aucune région spécifiée par cette étiquette. La valeur associée
doit être une liste séparée par des espaces de paires (début), (fin), où (début) est l'index de
la première base d'une région exclue, et (fin) est la dernière. Souvent on ferait
Régions cibles exclues des régions pour les oligos internes.

-entrée oligo un magnifique
La séquence d'un oligo interne à vérifier et autour duquel concevoir en avant et
amorces inverses. Doit être une sous-chaîne de SEQUENCE.

Interne oligo Options
-osizeopt entier
Longueur optimale (en bases) d'un oligo interne. Eprimer32 tentera de choisir des amorces
proche de cette longueur. Valeur par défaut : 20

-taille minimale entier
Longueur minimale acceptable d'un oligo interne. Doit être supérieur à 0 et inférieur à
ou égal à INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE. Valeur par défaut : 18

-omaxsize entier
Longueur maximale acceptable (en bases) d'un oligo interne. Actuellement ce paramètre
ne peut pas être supérieur à 35. Cette limite est régie par la taille maximale de l'oligo pour laquelle
La température de fusion d'Eprimer32 est valide. Valeur par défaut : 27

-otmopt flotter
Température de fusion optimale (Celsius) pour un oligo interne. Eprimer32 essaiera de
choisir des oligos dont les températures de fusion sont proches de cette température. L'oligo
la formule de température de fusion dans Eprimer32 est celle donnée dans Rychlik, Spencer et Rhoads,
Nucleic Acids Research, vol 18, num 21, pp 6409-6412 et Breslauer, Frank, Bloecker
et Marky, Proc. Natl. Acad. Sci. États-Unis, vol 83, pages 3746-3750. Veuillez vous référer au
ancien document pour la discussion de fond. Valeur par défaut : 60.0

-otmmin flotter
Température de fusion minimale acceptable (Celsius) pour un oligo interne. Valeur par défaut:
57.0

-otmmax flotter
Température de fusion maximale acceptable (Celsius) pour un oligo interne. Valeur par défaut:
63.0

-ogcopt flotter
Pourcentage de GC optimal d'oligo interne. Valeur par défaut : 50.0

-ogcmin flotter
Pourcentage minimum autorisé de Gs et Cs dans un oligo interne. Valeur par défaut : 20.0

-ogcmax flotter
Pourcentage maximal autorisé de Gs et Cs dans tout oligo interne généré par Primer.
Valeur par défaut : 80.0

-osaltconc flotter
La concentration millimolaire de sel (généralement KCl) dans l'hybridation. Eprimer32
utilise cet argument pour calculer les températures de fusion des oligos internes. Valeur par défaut:
50.0

-odnaconc flotter
La concentration nanomolaire de recuit oligo interne dans l'hybridation. Défaut
valeur : 50.0

-oanyself flotter
Le score d'alignement local maximal autorisé lors du test d'un oligo interne pour (local)
auto-complémentarité. L'auto-complémentarité locale est prise pour prédire la tendance de
oligos à s'hybrider Le système de notation donne 1.00 pour les bases complémentaires,
-0.25 pour un match de n'importe quelle base (ou N) avec un N, -1.00 pour un décalage et -2.00 pour un
écart. Seuls les écarts d'une seule paire de bases sont autorisés. Par exemple, l'alignement 5' ATCGNA 3'
|| | | 3' TA-CGT 5' est autorisé (et donne un score de 1.75), mais l'alignement 5'
ATCCGNA 3' || | | 3' TA-CGT 5' n'est pas pris en compte. Les scores sont non négatifs et un
un score de 0.00 indique qu'il n'y a pas d'alignement local raisonnable entre deux
oligos. Valeur par défaut : 12.00

-se faire flotter
Le score d'alignement global maximum autorisé à ancrage 3' lors du test d'un seul oligo
pour l'auto-complémentarité. Le système de notation est comme pour la complémentarité maximale
argument. Dans les exemples ci-dessus, les scores sont respectivement de 7.00 et 6.00. Les notes sont
non négatif, et un score de 0.00 indique qu'il n'y a pas d'ancrage 3' raisonnable
alignement global entre deux oligos. Afin d'estimer le niveau global d'ancrage 3'
alignements pour les oligos candidats, Primer suppose que la séquence à partir de laquelle choisir
oligos est présenté 5' à 3'. INTERNAL-OLIGO-SELF-END n'a pas de sens lorsqu'il est appliqué à
oligos internes utilisés pour la détection basée sur l'hybridation, car l'amorce-dimère ne
se produire. Nous recommandons que INTERNAL-OLIGO-SELF-END soit réglé au moins aussi haut que
INTERNE-OLIGO-SOI-TOUT. Valeur par défaut : 12.00

-opolyxmax entier
La longueur maximale autorisée d'une répétition oligo-mononucléotidique interne, par exemple
AAAAAA. Valeur par défaut : 5

-omishybmax flotter
Similaire à MAX-MISPRIMING sauf que ce paramètre s'applique à la similitude de
oligos internes candidats à la bibliothèque spécifiée dans INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY.
Valeur par défaut : 12.0

Avancé
-expliquer le drapeau booléen
Si cet indicateur est vrai, produire LEFT-EXPLAIN, RIGHT-EXPLAIN et INTERNAL-OLIGO-EXPLAIN
balises de sortie, qui sont destinées à fournir des informations sur le nombre d'oligos et
paires d'amorces examinées par Eprimer32 et statistiques sur le nombre rejeté pour
raisons diverses. Valeur par défaut : N

-drapeau de fichier booléen
Si la valeur associée est vraie, alors Eprimer32 crée deux fichiers de sortie pour chacun
SÉQUENCE d'entrée. Le fichier (sequence-id).for répertorie toutes les amorces directes acceptables pour
(sequence-id) et (sequence-id).rev répertorie toutes les amorces inverses acceptables pour
(sequence-id), où (sequence-id) est la valeur de la balise SEQUENCE-ID (qui doit être
fourni). De plus, si la balise d'entrée TASK est 1 ou 4, Eprimer32 produit un fichier
(sequence-id).int, qui répertorie tous les oligos internes acceptables. Valeur par défaut : N

-index de première base entier
Ce paramètre est l'indice de la première base de la séquence d'entrée. Pour la saisie et
sortie en utilisant l'indexation basée sur 1 (comme celle utilisée dans GenBank et à laquelle de nombreux utilisateurs
sont habitués) définissez ce paramètre sur 1. Pour l'entrée et la sortie utilisant l'indexation de base 0
définissez ce paramètre sur 0. (Ce paramètre affecte également les index dans le contenu de
les fichiers produits lorsque l'indicateur de fichier d'amorce est défini.) Valeur par défaut : 1

-choisir de toute façon booléen
Si vrai, choisissez une paire d'amorces même si LEFT-INPUT, RIGHT-INPUT ou INTERNAL-OLIGO-INPUT
viole des contraintes spécifiques. Valeur par défaut : N

-max désamorçage flotter
La similarité pondérée maximale autorisée avec n'importe quelle séquence dans MISPRIMING-LIBRARY.
Valeur par défaut : 12.00

-pairemaxmispriming flotter
La somme maximale autorisée des similarités pondérées d'une paire d'amorces (une similarité pour
chaque amorce) avec n'importe quelle séquence unique dans MISPRIMING-LIBRARY. Valeur par défaut : 24.00

-numnsaccepté entier
Nombre maximal de bases inconnues (N) autorisées dans n'importe quelle amorce.

-soi-même flotter
Le score d'alignement local maximal autorisé lors du test d'une seule amorce pour (local)
auto-complémentarité et le score d'alignement local maximum autorisé lors du test de
complémentarité entre les amorces directes et inverses. L'auto-complémentarité locale est
pris pour prédire la tendance des amorces à s'hybrider sans nécessairement
provoquant un auto-amorçage dans la PCR. Le système de notation donne 1.00 pour le complément
bases, -0.25 pour un match de n'importe quelle base (ou N) avec un N, -1.00 pour un décalage et -2.00
pour un écart. Seuls les écarts d'une seule paire de bases sont autorisés. Par exemple, l'alignement 5'
ATCGNA 3' ...|| | | 3' TA-CGT 5' est autorisé (et donne un score de 1.75), mais le
alignement 5' ATCCGNA 3' ...|| | | 3' TA-CGT 5' n'est pas pris en compte. Les scores sont
non négatif, et un score de 0.00 indique qu'il n'y a pas de local raisonnable
alignement entre deux oligos. Valeur par défaut : 8.00

-fin de soi flotter
Le score d'alignement global maximum autorisé à ancrage 3' lors du test d'une seule amorce
pour l'auto-complémentarité, et le score d'alignement global maximum autorisé 3'-ancré
lors du test de complémentarité entre les amorces directes et inverses. Le 3'-ancré
le score d'alignement global est utilisé pour prédire la probabilité d'un amorçage par PCR
amorces-dimères, par exemple 5' ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' .............||| |||||
..........3' AAGTCCTACATTTAGCCTAGT 5' ou 5' AGGCTATGGGCCTCGCGA 3'
...............|||||| ............3' AGCGCTCCGGGTATCGGA 5' Le système de notation est le
pour l'argument de complémentarité maximale. Dans les exemples ci-dessus, les scores sont de 7.00
et 6.00 respectivement. Les scores ne sont pas négatifs et un score de 0.00 indique que
il n'y a pas d'alignement global raisonnablement ancré en 3' entre deux oligos. Afin de
estimer les alignements globaux ancrés en 3' pour les amorces candidates et les paires d'amorces, Primer
suppose que la séquence à partir de laquelle choisir les amorces est présentée de 5' à 3'. Il est
insensé de fournir une valeur plus grande pour ce paramètre que pour le Maximum (local)
Paramètre de complémentarité car le score d'un alignement local sera toujours à
moins aussi grand que le score d'un alignement global. Valeur par défaut : 3.00

-correction liste
Spécifie la formule de correction du sel pour le calcul de la température de fusion. Défaut
valeur : 1

-tmformule liste
Spécifie les détails du calcul de la température de fusion. Valeur par défaut : 1

Apprêt peine poids
-maxendstabilité flotter
La stabilité maximale pour les cinq bases 3' d'une amorce directe ou inverse. Plus gros
les nombres signifient des extrémités 3' plus stables. La valeur est le delta G maximum pour le duplex
perturbation pour les cinq bases 3' calculée à l'aide des paramètres du voisin le plus proche
publié dans Breslauer, Frank, Bloecker et Marky, Proc. Natl. Acad. Sci. États-Unis, vol 83,
pages 3746-3750. Eprimer32 utilise une valeur par défaut complètement permissive pour l'arrière
compatibilité (que nous pouvons changer dans la prochaine version). Rychlik recommande un maximum
valeur de 9 (Wojciech Rychlik, 'Selection of Primers for Polymerase Chain Reaction' dans
BA White, Ed., 'Methods in Molecular Biology, Vol. 15 : Protocoles PCR : Méthodes actuelles
and Applications', 1993, pp 31-40, Humana Press, Totowa NJ). Valeur par défaut : 9.0

Sortie
-fichier de sortie fichier de sortie

Utilisez eprimer32e en ligne en utilisant les services onworks.net