exonerate-server - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

exonerate-server - un serveur de comparaison de séquences pour exonérer

SYNOPSIS

exonérer-serveur [ Options ] <index chemin>

DESCRIPTION

exonérer-serveur est un serveur multithread pour le programme d'alignement de séquences exonéré.

Il utilise un ensemble de séquences et un fichier d'index correspondant pour autoriser rapidement des ensembles de données volumineux.

APERÇU

Tout d'abord, un .esd doit être créé à partir des fichiers de séquence. Les .esd le fichier est un exonéré
Fichier de jeu de données de séquence, et peut être utilisé pour regrouper n'importe quel ensemble de séquences où chaque
séquences contenant des identifiants uniques. Ceci est fait en utilisant le fasta2esd utilitaire.

fasta2esd génome.fasta génome.esd

Ensuite, un .esi fichier peut être fait à partir du .esd fichier. le .esi le fichier est une séquence exonérée
Fichier d'index et contient un index ou un ensemble d'index correspondant à un ensemble de données particulier.
Ceci est fait en utilisant le esd2esi utilitaire.

esd2esi génome.esd génome.esi

Une fois que le .esi fichier a été généré, le serveur exonéré peut être démarré.

exonérer-serveur génome.esi

Pendant que le serveur est en cours d'exécution, exonérer peut être utilisé pour interroger le serveur en remplaçant le
séquences cibles dans la ligne de commande avec le nom du serveur et le numéro de port. Les
Le numéro de port par défaut du serveur exonéré est 12886.

disculper requête.fasta localhost: 12886

OPTIONS

Certaines des options de ligne de commande pour exonerate-server sont les mêmes que pour le
exonérer le client, et ceux-ci sont documentés dans la page de manuel pour disculper. La
d'autres options spécifiques à exonérer-serveur sont documentés ici.

--Port
Spécifiez le port sur lequel le serveur doit écouter. Par défaut, exonérer-serveur
écoutera sur le port 12886, mais des ports alternatifs peuvent être spécifiés avec cette option.

--saisir <index fichier>
Spécifiez le fichier d'index à utiliser au démarrage du serveur. Cette option est
obligatoire. Le fichier d'index est un .esi fichier généré par le esd2esi utilitaire.

--précharger
Par défaut les indices contenus dans le .esi fichier, et les séquences référencées dans
le correspondant .esd fichier sont chargés en mémoire au démarrage du serveur.
Ceci est nécessaire pour obtenir des performances rapides qui seraient autrement entravées par
accès disque fréquents. Cette option permet d'effectuer le préchargement de l'index et de la séquence
désactivé, ce qui permet au serveur de fonctionner beaucoup plus lentement, mais avec une vitesse
démarrage et une empreinte mémoire réduite. Il est déconseillé de désactiver le préchargement
à moins de tester ou de déboguer le serveur.

--maxconnexions
Le serveur est multithread. Cette option définit le nombre de processus client qui
sont autorisés à se connecter au serveur simultanément. Pour de bonnes performances, il
ne doit pas être défini sur plus que le nombre de processeurs sur la machine sur laquelle le
le serveur est en cours d’exécution.

--verbosité
Définissez le niveau de verbosité du serveur. S'il est à zéro, le serveur sera silencieux,
et plus le nombre est élevé, plus le serveur rapporte de messages sur ce
est passe.

INTERFACE

Cette section documente l'interface de communication entre
le client et le serveur. L'interface est documentée pour les personnes souhaitant écrire
leur propre serveur personnalisé pour s'asseoir derrière exonérer - pour une utilisation normale d'exonérer, il
n'est pas nécessaire de le savoir.

L'interface fonctionne par le client envoyant des lignes de commande simples et le serveur envoyant
lignes de réponse simples sur un socket. Toutes les commandes et réponses sont de simples lignes d'ASCII
text, il est donc possible d'utiliser telnet comme client pour tester un serveur.

Toute commande correspond à une seule ligne de texte, mais une réponse peut contenir plusieurs lignes de texte. Les
les réponses sont sous forme de :

Toute réponse peut inclure des lignes avec la balise Attention: or erreur: Ces Attention: ainsi que erreur: étiquettes
sont répercutés par le client, et le client se fermera après avoir reçu erreur: répondre.

Lorsque le serveur renvoie une réponse multiligne, la première ligne doit indiquer le nombre de
lignes dans toute la réponse comme : nombre de lignes : Pour des exemples, voir les réponses des obtenez
hsp commandes dans l'exemple de session ci-dessous.

Le client n'ouvrira qu'une seule connexion à n'importe quel serveur, bien qu'un multithread
serveur est évidemment nécessaire pour permettre à plusieurs clients de se connecter simultanément.

Commandes ainsi que réponses d'utiliser in en le interface.
Commande: version
Réponse : version

Commande: sortie
Réponse : (pas de réponse - le serveur ferme la connexion)

Commande: dbinfo
Réponse : dbinfo :

La dbinfo La commande renvoie des informations sur la base de données chargée sur le serveur.
Les champs renvoyés sont :

soit de l'ADN soit des protéines
soit masqué ou non masqué
le nombre de séquences dans la base de données
la longueur de la séquence la plus longue dans la base de données
la longueur totale de toutes les séquences dans la base de données

Commande: rechercher
Réponse : recherche :

La commande lookup est utilisée pour mapper un identifiant externe à un
identifiant.

Commande: obtenez info
Réponse : seqinfo : [ ]

La commande get info renvoie des informations sur une séquence dans la base de données. Les
les champs renvoyés sont :

la longueur de la séquence
une somme de contrôle au format gcg (voir ci-dessous)
l'identifiant externe (par exemple de l'en-tête fasta)
une ligne de description pour la séquence (également du fasta
header), ce champ est facultatif et peut être omis.

Commande: obtenez suivants
Réponse : seq :

La commande get seq renvoie une séquence entière sur une seule ligne.

Commande: obtenez sous-séq
Réponse : sous-séquence :

La commande get subseq renvoie une partie d'une séquence. Le début de la séquence est
position zéro. par exemple. get subseq 0 0 10 renverra les 10 premières bases du
première séquence dans la base de données.

Commande: set question
Réponse : d'accord :

La commande seq query est utilisée pour envoyer une séquence de requête au serveur. Ce
renvoie la longueur de la séquence et une somme de contrôle gcg

Commande: révcomp
Réponse : d'accord : brin

La commande de requête revcomp permet au serveur de compléter la requête en sens inverse. Cette
est d'économiser la bande passante de l'envoi de la requête deux fois.

La commande revcomp target consiste à dire au serveur de traiter la base de données comme sa
complément inverse. Le client n'envoie cette commande que lors de la recherche d'un
base de données traduite, n'a donc pas besoin d'être implémentée pour la plupart des types de recherche.

Commande: set arrêter
Réponse : d'accord :

La commande set parameters envoie les paramètres de la ligne de commande exonérer à
le serveur. Ces commandes peuvent toutes être ignorées par le client pour un
mise en œuvre, mais ne peut pas être ignoré pour des performances optimales.

Commande: obtenez hsp
Réponse : hspset : { }
Ou : hspset : vide

La commande get hsps est la commande principale pour obtenir des ensembles de hsp. Le serveur
peut renvoyer plusieurs hspsets. Les champs renvoyés sont :

L'identifiant interne de la séquence cible pour ces HSPsets.
La position de départ de la requête hsp
La position de départ cible hsp
La longueur hsp

Les trois derniers champs représentent un HSP et peuvent être répétés plusieurs fois sur un
hspset : ligne de réponse.

A simple exemple client serveur dialogue.
% hôte local telnet 12886
Essayer 127.0.0.1 ...
Connecté à localhost.localdomain.
Le caractère d'échappement est '^]'.
% version
version : exonérer-serveur 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: ADN softmasked 100000 1701 38113579
% de recherche AA159529.1
recherche : 88065
% obtenir des informations 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pancréas (#937208) Homo sapiens ADNc
% obtenir la séquence 88065
seq : NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% obtenir sous-séq 88065 10 20
sous-séquence : TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% définir la requête NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
d'accord: 62 2028
% obtiennent hsp
nombre de lignes : 15
hspset : 12423 1 349 41
hspset : 44900 1 356 47
hspset : 61781 1 358 41 36 392 26
hspset : 70065 1 349 41 36 383 26
hspset : 88065 1 1 61
hspset : 91032 1 357 41 36 391 26
hspset : 91442 1 350 41 36 384 26
hspset : 92971 1 348 41 36 382 26
hspset : 94311 1 375 41
hspset : 95381 1 346 41 36 380 26
hspset : 96808 10 385 32 36 410 26
hspset : 88449 18 11 22
hspset : 91036 6 6 56
hspset : 93736 36 400 26
Requête % revcomp
ok: requête brin revcomp
% obtiennent hsp
nombre de lignes : 6
hspset : 12564 0 64 26 20 83 41
hspset : 61780 0 266 61
hspset : 29148 0 116 61
hspset : 25849 15 445 22
hspset : 93938 26 265 34
% sortir
Connexion fermée par hôte étranger.

ENVIRONNEMENT

Pas encore documenté.

EXEMPLES

1. Exemple de création d'un index traduit et d'exécution d'une recherche rapide protein2genome en utilisant
exonérer-serveur

fasta2esd humain.génomique.fasta humain.génomique.esd esd2esi --translate oui human.genomic.esd
génomique.humaine.trans.esi exonérer-serveur --port 1234 human.genomic.trans.esi disculper
pep.fasta localhost:1234 --modèle p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

VERSION

Cette documentation accompagne la version 2.2.0 du package exonérer.

Utilisez exonerate-server en ligne en utilisant les services onworks.net