fa2htgs - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

fa2htgs - formateur pour les soumissions de projets de séquençage du génome à haut débit

SYNOPSIS

fa2htgs [-] [-6 str] [-7 str] [-A nom de fichier] [-C str] [-D] [-L nom de fichier] [-M str] [-N]
[-O nom de fichier] [-P str] [-Q nom de fichier] [-S str] [-T nom de fichier] [-X] [-a str] [-b N] [-c str]
[-d str] [-e nom de fichier] [-f] -g str [-h str] [-i nom de fichier] [-k str] [-l N] [-m] [-n str]
[-o nom de fichier] [-p N] [-q] [-r str] -s str [-t nom de fichier] [-u] [-v] [-w] [-x str]

DESCRIPTION

fa2htgs est un programme utilisé pour générer des soumissions Seq (un fichier de soumission de séquence ASN.1) pour
projets de séquençage du génome à haut débit.

fa2htgs lira un fichier FASTA (ou un fichier Ace Contig avec des valeurs de qualité de séquence Phrap),
un fichier de modèle de soumission Sequin (pour obtenir des informations de contact et de citation pour le
soumission) et une série d'arguments de ligne de commande (voir ci-dessous). Ce programme sera alors
combine ces informations pour faire une soumission appropriée pour GenBank. Une fois que tu as
généré votre fichier de soumission, vous devez suivre le protocole de soumission (voir le README
présent sur votre compte FTP ou envoyé par courrier à votre Centre).

fa2htgs est destiné à l'automatisation par des scripts pour la soumission en masse de
séquence du génome. Il peut facilement être étendu à partir de sa forme simple actuelle pour permettre plus
traitement compliqué. Une soumission préparée avec fa2htgs peut également être lu dans
Psequin(1), puis annoté plus longuement.

Les questions et préoccupations concernant ce protocole de traitement ou la façon d'utiliser cet outil devraient être
transféré à[email protected]>.

OPTIONS

Un résumé des options est inclus ci-dessous.

- Imprimer le message d'utilisation

-6 str Clone SP6 (par exemple, Contig1, à gauche)

-7 str Clone T7 (par exemple, Contig2, à droite)

-A nom de fichier
Nom de fichier pour l'entrée de la liste d'accession (mutuellement exclusif avec -T ainsi que -i). L'entrée
contient un tableau délimité par des tabulations avec trois à cinq colonnes, qui sont l'accession
nombre, position de départ, position d'arrêt et (éventuellement) longueur et brin. Si
start > stop, le brin moins sur l'accession référencée est utilisé. Un écart est
indiqué par le mot "gap" au lieu d'une accession, 0 pour le départ et l'arrêt
positions, et un nombre pour la longueur.

-C str Cloner le nom de la bibliothèque (apparaîtra comme /clone-lib="str" sur la fonction source)

-D Séquence HTGS_DRAFT

-L nom de fichier
Lire l'ordre de contig phrap de nom de fichier. Il s'agit d'un fichier délimité par des tabulations qui peut être
utilisé pour piloter l'ordre des contigs (normalement spécifié par -P), aussi bien que
indiquant les extrémités SP6 et T7. Il peut également être utilisé lorsque les contigs sont connus pour être
en sens inverse. Par exemple:

Contig2 + 1 SP6 gauche
Contig3 + 1
Contig1 - T7 droite

La première colonne est le nom du contig, la seconde est l'orientation, la troisième est
le fragment_group, le quatrième indique la fin SP6 ou T7, et le cinquième dit
quel côté de l'extrémité SP6 ou T7 avait le vecteur supprimé.

-M str Nom de la carte (apparaîtra comme /carte="str" sur la fonction source)

-N Annoter assembly_fragments

-O nom de fichier
Lire le commentaire de nom de fichier (100 caractères par ligne maximum ; ~ est un saut de ligne et `~
est un littéral ~. Vous pouvez vérifier le format avec Paillette(1).)

-P str Contigs à utiliser, séparés par des virgules. Si -P n'est pas indiqué avec le -T option,
alors les fragments iront dans l'ordre dans lequel ils sont dans le fichier ace (qui est
approprié pour un enregistrement de phase 1, mais pas pour une phase 2 ou 3). Si vous devez définir
l'ordre des segments du fichier as, vous devez le définir avec le -P drapeau,
comme ça: -P "Contig1,Contig4,Contig3,Contig2,Contig5"

-Q nom de fichier
Lire les scores de qualité de nom de fichier

-S str Nom de la souche

-T nom de fichier
Nom de fichier pour l'entrée phrap (mutuellement exclusif avec -A ainsi que -i)

-X Les coordonnées dans le fichier d'entrée sont sur la séquence segmentée résultante. (Bases
1 à travers n de chaque accession sont utilisées.) Sinon, les coordonnées sont sur le
les accessions individuelles, qui n'ont pas besoin de commencer à la base 1 de l'enregistrement.

-a str adhésion à GenBank ; utiliser si et seulement si la mise à jour d'une séquence.

-b N Longueur de l'espace (par défaut = 100 ; tout élément compris entre 0 et 1000000000 est légal)

-c str Nom du clone (apparaîtra comme /cloner dans la fonction source ; peut être le même que -s)

-d str Titre de la séquence (apparaîtra dans GenBank DÉFINITION ligne)

-e nom de fichier
Enregistrer les erreurs dans nom de fichier

-f mot-clé htgs_fulltop

-g str Tag Genome Center (probablement le même que votre nom de connexion sur le serveur FTP NCBI)

-h str Chromosome (apparaîtra comme /chromosome dans la fonction source)

-i nom de fichier
Nom de fichier pour l'entrée fasta (la valeur par défaut est stdin ; mutuellement exclusif avec -A ainsi que -T)

-k str Ajoutez la chaîne fournie en tant que mot-clé.

-l N Longueur de la séquence en pb (par défaut = 0). La longueur est vérifiée par rapport à la réalité
nombre de bases que nous obtenons. Pour la séquence des phases 1 et 2, il est également utilisé pour estimer l'écart
longueurs. Pour les enregistrements des phases 1 et 2, il est important d'utiliser un nombre SUPERIEUR à
la quantité de nucléotide fournie, sinon cela générera de faux "lacunes". Ici
est supposé que la longueur totale putative du BAC ou du cosmide sera utilisée. Là
doit être au moins de 20 à 30 `n' entre les segments (vous pouvez vérifier ceux-ci dans
Sequin), car cela garantira un comportement correct lorsque cette séquence est utilisée avec BLAST.
Sinon, des voisins de segment non liés "artificiels" peuvent être rapprochés
l'un de l'autre.

-m Prendre le commentaire du modèle

-n str Nom de l'organisme (par défaut = Homo sapiens)

-o nom de fichier
Nom de fichier pour la sortie asn.1 (par défaut = stdout)

-p N Phase HTGS :
1 Une collection de contigs non ordonnés avec des espaces de longueur inconnue. Une phase 1
l'enregistrement doit avoir au moins deux segments avec un écart. (défaut)
2 Une série de contigs ordonnés, éventuellement avec des longueurs d'intervalle connues. Cela pourrait être
une seule séquence sans lacunes, si la séquence a des ambiguïtés à résoudre.
3 Une seule séquence contiguë. Cette séquence est terminée, mais pas
nécessairement annoté.

-q mot-clé htgs_cancelled

-r str Remarque pour la mise à jour (bref commentaire décrivant la nature de la mise à jour, tel que « nouveau
séquence", "nouvelle citation" ou "fonctionnalités mises à jour")

-s str Nom de la séquence. La séquence doit avoir un nom unique dans le génome
centre. Nous utilisons la combinaison du nom du centre du génome (-g argument) et le
nom de la séquence (-s) pour suivre cette séquence et vous en parler. Le nom
peut avoir n'importe quelle forme mais doit être unique au sein de votre centre.

-t nom de fichier
Nom de fichier pour le modèle Seq-submit (par défaut = template.sub)

-u Prendre la biosource du modèle

-v mot-clé htgs_activefin

-w Drapeau de fusil de chasse à génome entier

-x str Numéros d'accession secondaires, séparés par des virgules, st U10000,L11000.

Dans certains cas, un grand segment remplacera un autre ou un groupe d'autres accessions
nombres (enregistrements). Ces enregistrements qui ne sont plus recherchés dans GenBank doivent être
rendu secondaire. En utilisant le -x argument, vous pouvez lister les numéros d'accession que vous voulez
faire secondaire. Cela nous demandera de supprimer le(s) numéro(s) d'accession de
GenBank, et ne fera plus partie de la version GenBank. Ils seront néanmoins
être disponible auprès de Entrez.

GREAT ENTRETIEN devrait être pris lors de l'utilisation de cet argument !!! Utilisation abusive de l'adhésion
numéros ici entraînera le retrait inapproprié des enregistrements GenBank de
GenBank, EMBL et DDBJ. Nous fournissons ce paramètre pour faciliter la soumission
centres, mais il peut être nécessaire de l'enlever s'il n'est pas utilisé avec précaution.

Utilisez fa2htgs en ligne en utilisant les services onworks.net