Il s'agit de la commande faidx qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
faidx - Récupérer des séquences de FASTA
SYNOPSIS
faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {lit,chromes,nucléotide,transposé}] [-c] [-r] [-n |
-F] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--version] rapide
[régions [régions ...]]
DESCRIPTION
Récupérer des séquences de FASTA. Si aucune région n'est spécifiée, toutes les entrées du fichier d'entrée sont
revenu. Le fichier FASTA d'entrée doit être systématiquement encapsulé à la ligne et l'emballage à la ligne de la sortie
est basé sur les longueurs de ligne d'entrée.
OPTIONS
Positionnel arguments
fichier fasta FASTA
régions
régions de séquence séparées par des espaces à extraire, par exemple chr1:1-1000
Optionnel arguments
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
-b LIT, --lit LIT
fichier lit des régions
-o EN DEHORS, --dehors ARCHIVER
nom du fichier de sortie (par défaut : stdout)
-i {lit,chromsizes,nucleotide,transposed}, --transformer
{lit,chromsizes,nucléotide,transposé}
transformer les régions demandées dans un autre format. par défaut : aucun
-c, --complément
compléter la séquence. par défaut : Faux
-r, --sens inverse
inverser la séquence. par défaut : Faux
-n, --sans-noms
omettre les noms de séquence de la sortie. par défaut : Faux
-f, --noms complets
afficher les noms complets, y compris la description. par défaut : Faux
-x, --split-fichiers
écrire chaque région dans un fichier séparé (les noms sont dérivés des régions)
-l, --paresseux
remplir --séq par défaut pour les plages manquantes. par défaut : Faux
-s DEFAULT_SEQ, --séq par défaut DEFAULT_SEQ
base par défaut pour les positions manquantes et le masquage. par défaut : N
-d DELIMITEUR, --délimiteur DELIMITEUR
délimiteur pour diviser les noms en plusieurs valeurs (les noms en double seront
mis au rebut). par défaut : aucun
-g REGEX, --expression régulière REGEX
expression régulière pour filtrer les noms de séquences qui ne correspondent pas. défaut: .*
-m, --masque-avec-seq-par-défaut
masquer le fichier FASTA à l'aide --séq par défaut par défaut : Faux
-M, --masque au cas
masquez le fichier FASTA en le mettant en minuscule. par défaut : Faux
--version
imprimer le numéro de version de pyfaidx
Utilisez faidx en ligne en utilisant les services onworks.net
