Il s'agit de la commande fastacmd qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fastacmd - récupère les séquences FASTA d'une base de données BLAST
SYNOPSIS
fastacmd [-] [-D N] [-I] [-L commencer arrêter] [-P N] [-S N] [-T] [-a] [-c] [-d chaîne] [-i chaîne]
[-l N] [-o nom de fichier] [-p taper] [-s chaîne] [-t]
DESCRIPTION
fastacmd récupère les séquences au format FASTA à partir d'un explosion(1) base de données formatée à l'aide du
`-o'option. Un exemple fastacmd l'appel serait
fastacmd -d n° -s p38398
OPTIONS
Un résumé des options est inclus ci-dessous.
- Imprimer le message d'utilisation
-D N Videz toute la base de données dans un format :
1 jeûne
2 liste IG
3 Liste des versions d'accession
-I Imprimer uniquement les informations de la base de données (remplace toutes les autres options)
-L Commencer,Arrêtez
Plage de séquence à extraire (0 au début est le début de la séquence, 0 à l'arrêt est la fin
de la séquence, la valeur par défaut est la séquence entière)
-P N Récupérer des séquences avec Protein Identification Group (PIG) N.
-S N Brin sur la sous-séquence (nucléotide uniquement) :
1 haut (par défaut)
Fond 2
-T Imprimer les informations taxonomiques pour la ou les séquences demandées
-a Récupérer les accessions en double
-c Utilisez ^A (\001) comme séparateur de définition non redondant
-d str Base de données (la valeur par défaut est nr)
-i str Fichier d'entrée avec IG/accessions/loci pour la récupération par lots
-l N Longueur de ligne pour la séquence (par défaut = 80)
-o nom de fichier
Fichier de sortie (par défaut = stdout)
-p type
Type de fichier :
G deviner (par défaut) : recherchez la protéine, puis le nucléotide
protéine T
nucléotide F
-s str Chaîne(s) de recherche délimitée(s) par des virgules. Les IG, les accessions, les loci ou les chaînes fullSeq-id peuvent
être utilisé, par exemple, 555, AC147927, 'gnl|dbname|tag'
-t La ligne de définition ne doit contenir que l'IG cible
EXIT STATUT
0 Terminé avec succès.
1 Une erreur (autre que celles ci-dessous) s'est produite.
2 La base de données BLAST est introuvable.
3 Une recherche (informations d'adhésion, d'IG ou de taxonomie) a échoué.
4 Aucune base de données de taxonomie n'a été trouvée.
Utilisez fastacmd en ligne en utilisant les services onworks.net
