Il s'agit de la commande fastaq qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fastaq - outils de manipulation de fichiers FASTA et FASTQ
SYNOPSIS
rapide [Options]
DESCRIPTION0nf
Pour obtenir une utilisation minimale d'une commande, utilisez : commande fastaq
Pour obtenir une aide complète pour une commande, utilisez l'une des commandes suivantes : commande fastaq -h commande fastaq --Aidez-moi
Commandes disponibles:
add_indels Supprime ou insère des bases à des positions données caf_to_fastq
Convertit un fichier CAF au format FASTQ capillary_to_pairs Convertit le fichier de capillaire
lit les fichiers appariés et non appariés chunker Divise les séquences en parts égales
sized chunks count_sequences Compte les séquences dans le fichier d'entrée deinterleave
Divise le fichier apparié entrelacé en deux fichiers distincts enumerate_names Renomme
séquences dans un fichier, en les appelant 1,2,3... etc expand_nucleotides Rend chaque
combinaison de nucléotides dégénérés fasta_to_fastq Convertir FASTA et .qual en
Filtre FASTQ Filtrer les séquences pour en obtenir un sous-ensemble get_ids
Obtient l'ID de chaque séquence get_seq_flanking_gaps Obtient les séquences flanquant les lacunes
interleave Entrelace deux fichiers, la sortie alterne entre les lectures avant/arrière
make_random_contigs Faire des contigs de séquences aléatoires fusionner Convertit
fichier multi-séquence en une seule séquence replace_bases Remplace toutes les occurrences
d'une lettre avec une autre reverse_complement Complément inverse de toutes les séquences
scaffolds_to_contigs Crée un fichier de contigs à partir d'un fichier d'échafaudages search_for_seq
Trouver toutes les correspondances exactes à une chaîne (et son complément inverse) sequence_trim
Couper les correspondances exactes à une chaîne donnée au début de chaque séquence sort_by_size
Trie les séquences par ordre de longueur split_by_base_count Divise le fichier multi-séquence en
fichiers séparés strip_illumina_suffix Bandes /1 or /2 à la fin de chaque nom lu
to_boulderio Convertit au format Boulder-IO, utilisé par primer3 to_fake_qual
Créer un faux fichier de scores de qualité to_fasta Convertit une variété de formats d'entrée
au format FASTA bien formaté to_mira_xml Créer un fichier xml à partir d'un fichier de
lit, à utiliser avec l'assembleur Mira to_orfs_gff Écrit un fichier GFF d'open
cadres de lecture to_perfect_reads Faire des lectures appariées parfaites à partir de la référence
to_random_subset Faire un échantillon aléatoire de séquences (et éventuellement aussi des compagnons)
to_tiling_bam Créer un fichier BAM de lectures uniformément réparties sur l'entrée
reference to_unique_by_id Supprime les séquences en double, en fonction de leurs noms. Garder
traduction des séquences les plus longues Traduire toutes les séquences dans les séquences de nucléotides d'entrée
trim_Ns_at_end Coupe tous les N au début/à la fin de toutes les séquences trim_contigs
Rogne un nombre défini de bases à la fin de chaque contig trim_ends Rogner corrigé
nombre de bases de début et/ou de fin de chaque séquence version Version imprimable
numéro et sortie
Utilisez fastaq en ligne en utilisant les services onworks.net
