Il s'agit de la commande fox qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fox - détermination de la structure ab-initio à partir des données de diffraction
SYNOPSIS
renard [Options] [fichier.xml]
DESCRIPTION
La renard (Free Objects for Crystallography) a été conçu pour le cristal ab initio
solution de structure à partir de données de diffraction. Ses fonctionnalités les plus intéressantes pour ab initio
détermination de la structure sont :
* description polyvalente du contenu cristallin;
* correction automatique des positions spéciales et des atomes partagés entre les polyèdres ;
* la possibilité d'utiliser simultanément plusieurs modèles de poudre ;
* algorithmes d'optimisation globale intelligents ;
* une interface graphique avec une vue 3D de la structure cristalline et des mises à jour en direct pendant la
processus d'optimisation.
OPTIONS
Ce programme peut être exécuté avec ou sans options de ligne de commande ou fichier d'entrée (file.xml).
Il suit la syntaxe habituelle de la ligne de commande GNU, avec de longues options commençant par deux tirets
(`-'). Un résumé des options est inclus ci-dessous. Pour une description complète, voir le renard
wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual
--Aidez-moi Afficher le résumé des options.
--loadfouriergrd carte.grd
Charger et afficher la carte de Fourier 'map.grd' avec la (première) structure cristalline
--loadfourierdsn6 carte.DN6
Charger et afficher une carte de Fourier DSN6 avec (première) structure cristalline
--nogui
Exécuté sans interface graphique, lance automatiquement l'optimisation --nogui peut être accompagné de
les options suivantes:
-n 10000
Exécuter pour 10000 1000000 essais au maximum (par défaut : XNUMX)
--nbrun 5
Faites 5 exécutions, en randomisant avant chaque exécution (par défaut : 1), utilisez -1 pour exécuter indéfiniment
-o sortie.xml
Sortie dans 'out.xml'
--randomiser
Randomiser la configuration initiale
--silencieux
Ne produit (presque) aucune sortie de texte
--coût final 0.15
Exécuter l'optimisation jusqu'à ce que le coût < 0.15
--cif2modèle 1.5406 170 5000 .1
Simuler le motif pour le cristal d'entrée, longueur d'onde = 1.5406 jusqu'à 170° avec 500 points
etune largeur de pic de 0.1°
EXEMPLES
Fox silicium.xml
Chargez le fichier 'silicon.xml' et lancez l'interface graphique.
Fox Cimetidine-poudre.xml --nogui --randomiser -n 1000000 -o meilleur.xml
Chargez le fichier 'ktartrate.xml', randomisez, puis effectuez 1 optimisation de 1 million d'essais,
et enregistrez la meilleure structure dans 'best.xml'.
Fox Cimetidine-poudre.xml --nogui --randomiser -n 10000000 --nbrun 10 -o meilleur.xml
Chargez le fichier 'Cimetidine-powder.xml', puis effectuez 10 analyses (à partir d'un
structure) de 10 millions d'essais (chaque exécution enregistre un fichier xml) et enregistre le meilleur
structure dans 'best.xml'.
Fox Cimetidine-poudre.xml --nogui --silencieux --randomiser -n 10000000 --nbrun 10 --coût final
200000 -o meilleur.xml
Chargez le fichier 'Cimetidine-powder.xml', puis effectuez 10 exécutions silencieuses de 10 millions d'essais
(chaque exécution enregistre un fichier XML) et enregistrez la meilleure structure dans 'best.xml'. Pour chaque
exécuté, l'optimisation s'arrête si le coût passe en dessous de 200000 XNUMX.
Utilisez fox en ligne en utilisant les services onworks.net
