Il s'agit de la commande fsl qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fsl - outils d'analyse pour l'imagerie cérébrale FMRI, IRM et DTI
DESCRIPTION
FSL est une boîte à outils complète pour l'analyse des données d'imagerie cérébrale médicale. Ce
fournit des outils pour le prétraitement des données, l'extraction du cerveau, l'enregistrement d'images ainsi qu'un
large éventail d'analyses statistiques. FSL fournit une interface graphique facile à utiliser.
FSL nécessite un certain nombre de variables d'environnement pour être défini correctement. Pour y parvenir,
veuillez rechercher le script de configuration à partir de /etc/fsl/5.0/fsl.sh. Une façon de faire cela
est automatiquement d'ajouter une ligne contenant
. /etc/fsl/5.0/fsl.sh
au fichier .bashrc dans un répertoire de base des utilisateurs (ou un fichier correspondant pour d'autres shells
que bash). Vous devrez peut-être d'abord créer un tel fichier.
Alternativement, le paquet Debian installe des liens symboliques pour tous les outils FSL dans / usr / bin qui
prendre soin de charger automatiquement la configuration appropriée. Les noms des liens symboliques sont
préfixé par le correspondant FSL version pour éviter les conflits de noms de fichiers et autoriser
plusieurs versions pour coexister sur le même système. Par exemple, le trancheuse la commande est
disponible en trancheur fsl5.0. Veuillez noter que pour utiliser FSL outils via ces liens symboliques, il est
ne sauraient nécessaire pour effectuer la procédure de configuration décrite ci-dessus. Cependant, cette commodité
fonctionnalité est spécifique à Debian. Scripts qui utilisent des commandes FSL et sont destinés à être partagés
avec d'autres devraient s'appuyer sur des noms de commande non préfixés et la variable d'environnement FSL
installer.
La FSL l'interface utilisateur fait parfois référence à un RÉIRFSLD. Sur les systèmes Debian, c'est
/usr/share/fsl/5.0 pour FSL version 5.0.
FSL la documentation et l'aide en ligne sont fournies par le fsl-5.0-doc paquet.
Questions concernant l'utilisation de FSL ou une théorie connexe peut être publiée sur le FSL mailing
liste (voir http://www.jiscmail.ac.uk/lists/fsl.html).
PARALLÉLISATION
FSL peut être configuré pour soumettre des travaux à un Sun Gridengine (SGE) en cours d'exécution. Alors que tout n'est pas
fonctionnalité implémentée dans FSL prend en charge ce type de parallélisation, la plus exigeante
les outils de traitement (par exemple POSSUM et FDT) le font.
FSL devrait pouvoir utiliser SGE même si la variable d'environnement SGE_ROOT n'est pas définie, comme dans
le cas du paquet Debian de SGE. Pour activer le traitement par lots, définissez simplement
PARALLÈLE FSL=1
dans le shell où FSL s'exécute. Ceci peut être activé en permanence dans
/etc/fsl/5.0/fsl.sh
ou au cas par cas.
Utiliser fsl en ligne à l'aide des services onworks.net
