Il s'agit de la commande fuzztrane qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fuzztran - Recherche de motifs dans les séquences protéiques (traduit)
SYNOPSIS
fuzztran -séquence suite -modèle modèle [-Cadre liste] [-table liste] -fichier de sortie rapport
fuzztran -Aide
DESCRIPTION
fuzztran est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
Suite logicielle). Elle fait partie du ou des groupes de commandes « Nucleic:Motifs,Protein:Motifs ».
OPTIONS
Entrée
-séquence suite
-modèle modèle
Les codes IUPAC standard à une lettre pour les acides aminés sont utilisés. Le symbole « x » est
utilisé pour une position où n'importe quel acide aminé est accepté. Les ambiguïtés sont indiquées par
énumérant les acides aminés acceptables pour une position donnée, entre parenthèses carrées '[
]'. Par exemple : [ALT] signifie Ala, Leu ou Thr. Les ambiguïtés sont également indiquées par
liste entre accolades '{ }' les acides aminés qui ne sont pas acceptés
à une position donnée. Par exemple : {AM} représente n'importe quel acide aminé, sauf Ala et Met.
Chaque élément d'un motif est séparé de son voisin par un « - ». (Facultatif dans
fuzztran) La répétition d'un élément du motif peut être indiquée en suivant cela
Élément avec une valeur numérique ou une plage numérique entre parenthèses. Exemples :
x(3) correspond à xxx, x(2,4) correspond à xx ou xxx ou xxxx. Lorsqu'un
le motif est limité au N- ou au C-terminal d'une séquence, ce motif
commence par un symbole « < » ou se termine par un symbole « > ». Un point se termine
le motif. (Facultatif dans fuzztran). Par exemple : [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C
Supplémentaire
-Cadre liste
Valeur par défaut : 1
-table liste
Sortie
-fichier de sortie rapport
Utilisez fuzztrane en ligne avec les services onworks.net
