Il s'agit de la commande gaeval qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gaeval - calcule les scores de couverture et d'intégrité pour les modèles de gènes basés sur le transcrit
alignements
SYNOPSIS
gaéval [Options] alignements.gff3 gènes.gff3 [moregenes.gff3 ...]
DESCRIPTION
Options de base:
-h|--aide
imprimer ce message d'aide et quitter
-v|--version
imprimer le numéro de version et quitter
Poids pour le calcul du score d'intégrité (doit être égal à 1.0) :
-a|--alpha : DOUBLE
introns confirmés, ou % de longueur de CDS attendue pour les gènes à exon unique ; la valeur par défaut est 0.6
-b|--beta : DOUBLE
couverture d'exons ; la valeur par défaut est 0.3
-g|--gamma : DOUBLE
% de longueur UTR 5' attendue ; la valeur par défaut est 0.05
-e|--epsilon : DOUBLE
% de longueur UTR 3' attendue ; la valeur par défaut est 0.05
Longueurs de caractéristiques attendues pour le calcul du score d'intégrité :
-c|--exp-cds : INT
longueur de CDS attendue (en pb) ; la valeur par défaut est 400
-5|--exp-5putr : INT
longueur UTR attendue de 5'; la valeur par défaut est 200
-3|--exp-3putr : INT
longueur UTR attendue de 3'; la valeur par défaut est 100
Utilisez gaeval en ligne en utilisant les services onworks.net
