gamgi - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gamgi - interface graphique de modélisation atomistique générale

SYNOPSIS

gamgi [fichier_1.xml] [fichier_n.xml]

DESCRIPTION

gamgi est un progiciel permettant de construire, visualiser et analyser des structures atomiques.

OPTIONS

fichier_n.xml est un nom complet tel que :

../dat/molecule/saveurs/ail.xml
~/gamgi/dat/molecule/flavors/ail.xml
http://www.gamgi.org/dat/molecule/flavors/garlic.xml
ftp://ftp.gamgi.org/gamgi/dat/molecule/flavors/garlic.xml

Les données d'objet et de configuration peuvent être mélangées, donc fichier_1.xml peut-être un fichier de préférences, chargé
avant les autres fichiers objets. Pour automatiser la procédure, ajoutez simplement une ligne comme ceci à
~ / .bashrc:

alias gamgi='gamgi ~/gamgi/my_defaults.xml'

ENVIRONNEMENT

GAMGI_HELP
Définissez cette variable pour indiquer à GAMGI où se trouvent les fichiers de documentation d'aide. Pour
exemple, ajoutez une ligne comme ceci à ~ / .bashrc :

GAMGI_HELP=~/gamgi/gamgi/doc; Exporter GAMGI_HELP

GAMGI_TEXT
Définissez cette variable pour que GAMGI sache où sont les fichiers .ttf DejaVu, à rendre
polices solides. Par exemple, ajoutez une ligne comme ceci à ~ / .bashrc:

GAMGI_TEXT=~/gamgi/gamgi/src/io/fonts; Exporter GAMGI_TEXT

BROWSER
Définissez cette variable pour que GAMGI sache quel navigateur lancer, au cas où cela serait choisi
pour lire l'Aide. Par exemple, ajoutez une ligne comme ceci à ~ / .bashrc:

NAVIGATEUR=firefox; Exporter BROWSER

AIDE

Lisez les informations d'introduction avec Aide->Démarrer. Parcourez la documentation sur
http://www.gamgi.org/ ou sa copie locale sur gamgi/doc/. Utiliser les mécanismes d'aide réunis
sous le bouton Aide. Abonnez-vous à la liste de diffusion[email protected]>.

Contactez l'auteur au[email protected]>.

Dans toutes les interfaces et tous les formats, les longueurs sont en angströms, les angles en degrés et
les nombres décimaux sont représentés par des points. Chaque paramètre pouvant être défini dans un
L'interface peut également être définie dans un fichier et vice-versa.

INTERFACES

Faites pivoter, déplacez, redimensionnez l'objet sélectionné en appuyant sur le bouton gauche, central et droit de la souris.
Exportez l'objet sélectionné en choisissant Fichier->Exporter. La barre d'état affiche l'objet sélectionné
(à gauche) et calque (à droite).

Pour sélectionner un objet, choisissez Objet->Sélectionner et appuyez sur l'objet. Ou choisissez l'objet
classe dans le menu ci-dessus, avec le bouton du milieu, avant d'appuyer sur l'objet. Ou appuyez sur
deux fois Layer, Window ou GAMGI dans le menu ci-dessus. Lorsque l'objet n'a pas de visuel
représentation, passez la souris sur la zone graphique, pour faire apparaître un menu.

Pour sélectionner un calque, choisissez Calque->Sélectionner et appuyez sur la souris sur la zone graphique pour faire apparaître
monter un menu. Ou choisissez la classe de calque dans le menu ci-dessus, avec le bouton du milieu, avant
en passant la souris sur la zone graphique, pour faire apparaître un menu.

Les objets solides nécessitent généralement des lumières avec des composants diffus et spéculaires pour être correctement
représentés dans l'espace 3D, sinon ils ont l'air plats. Les objets filaires n'ont pas de 3D
représentation, de sorte que les lumières diffuses et spéculaires ne sont pas réfléchies, devenant peu visibles
lors de l'utilisation de lumières, à moins qu'une composante ambiante importante ne soit utilisée. Cela vaut souvent la peine de
dessinez des objets solides et filaires dans différentes couches, avec et sans lumières.

Lorsqu'une boîte de dialogue de tâche est ouverte, pour savoir comment elle fonctionne, sélectionnez simplement Aide-> Actuel et un autre
La boîte de dialogue apparaîtra, expliquant la signification de tous les paramètres de la boîte de dialogue de tâche.

Pour voir les explications détaillées des interfaces GAMGI, consultez le manuel de référence sur
http://www.gamgi.org/interfaces/reference.html, doc/interfaces/référence.html or
Aide->Sujet->Interfaces.

FORMATS

GAMGI peut importer des fichiers dans .xyz ainsi que .xml format natif, sélectionné automatiquement par le fichier
extension. GAMGI peut exporter des fichiers dans .ps, .ppm, .jp[e]g, . Png, .tif[f], .x3d et natif
.xml formats, sélectionnés automatiquement par l'extension de fichier.

Au format XML natif de GAMGI, une molécule d'eau peut être décrite comme :












Pour voir des explications détaillées sur les formats GAMGI, consultez le manuel de référence sur
http://www.gamgi.org/formats/reference.html, doc/formats/référence.html or
Aide->Sujet->Formats.

EXEMPLES

Choisissez Aide->Tutoriels pour obtenir une liste de procédures entièrement décrites, illustrant la plupart des
aspects du travail avec GAMGI.

Utilisez gamgi en ligne en utilisant les services onworks.net