Il s'agit de la commande geneparse qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
geneparse - frontend du chargeur de fichiers de séquence
SYNAPSE
geneparse [options...] [input] [input2 ...] #lire l'entrée et écrire sur stdout
DESCRIPTION
Lit un fichier de séquence et l'écrit quelque part (par défaut dans stdout).
Une plage spécifique dans un fichier d'entrée peut être spécifiée par file[start,stop]. Le carré
les crochets peuvent être échangés pour n'importe lequel de {[()]}, (par exemple "genome.fa[3000,4000]" ou
"génome.fa{3000~4000}"). Sachez que tous ces éléments peuvent être analysés par votre shell. Aussi
tout caractère autre qu'un mot peut être utilisé pour séparer les nombres.
OPTIONS
--repeatmask|-r
utilisez des séquences masquées à répétition douce (c'est-à-dire : remplacez les bases minuscules par des N).
--upper|--démasquer|-U
majuscule toutes les bases.
--longueur|-l
il suffit d'imprimer la longueur et de sortir
--clean|-c
n'ajoutez pas de nouvelle ligne lorsque vous avez terminé
--version|-V
imprime la version du programme
--aide|-h
imprime un message d'aide
--sortie|-o
envoyer la sortie dans un fichier (sinon utilisez stdout). --output implique --clean.
--calme|-q
faire taire tous les avertissements
--verbeux|-v
imprime beaucoup de détails supplémentaires
Utilisez Geneparse en ligne à l'aide des services onworks.net
