Il s'agit de la commande genome-music-survivalp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
survie de la musique du génome - Créez des graphiques de survie et des valeurs P pour les tests cliniques et mutationnels
phénotypes.
VERSION
Ce document décrit la survie de la musique du génome version 0.04 (2016-01-01 à 23:10:18)
SYNOPSIS
survie de la musique du génome --bam-list=? --output-dir=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]
... survie musicale \
--bam-list /chemin/myBamList.tsv \
--maf-file /chemin/monMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /chemin/myNumericData.tsv \
--categorical-clinic-data-file /chemin/myClassData.tsv \
--output-dir /chemin/répertoire_sortie
... survie musicale \
--bam-list /chemin/myBamList.tsv \
--maf-file /chemin/monMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /chemin/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /chemin/répertoire_sortie
... survie musicale \
--bam-list /chemin/myBamList.tsv \
--maf-file /chemin/monMAF.tsv \
--genetic-data-type 'gène' \
--glm-clinical-data-file /chemin/myGlmClinicalData.tsv \
--phenotypes-to-include 'Race,Sexe,TP53' \
--output-dir /chemin/répertoire_sortie
EST REQUIS ARGUMENTS
bam-liste Texte
Liste des noms d'échantillons à inclure dans l'analyse. (Voir description)
rép_sortie Texte
Répertoire où les fichiers de sortie seront écrits
EN OPTION ARGUMENTS
fichier maf Texte
Liste des mutations au format MAF
sauter-silencieux Boolean
Ignorer les mutations silencieuses du fichier MAF fourni
Valeur par défaut 'true' si non spécifiée
noskip-silencieux Boolean
Rendre le saut silencieux « faux »
type-de-données-génétiques Texte
Corréler les données cliniques aux données de niveau « gène » ou « variante »
Valeur par défaut 'gene' si non spécifié
fichier-de-données-cliniques-numériques Texte
Tableau des échantillons (y) vs. catégorie de données cliniques numériques (x)
fichier-de-données-cliniques-catégoriques Texte
Tableau des échantillons (y) par rapport à la catégorie de données cliniques catégoriques (x)
fichier-de-données-cliniques-glm Texte
Traits cliniques, profils mutationnels, autres données cliniques mixtes (voir DESCRIPTION).
phénotypes-à-inclure Texte
Inclure uniquement ces gènes et/ou phénotypes dans l'analyse. (DÉLIMITÉ PAR DES VIRGULES)
légende-placement Texte
Choisissez l'une des options « bottomleft », « topleft », « topright » ou « bottomright ».
Valeur par défaut 'bas gauche' si non spécifié
ignorer le non-codage Boolean
Ignorer les mutations non codantes du fichier MAF fourni
Valeur par défaut 'true' si non spécifiée
noskip-non-codage Boolean
Rendre le non-codage « faux »
DESCRIPTION
Cette commande effectue une analyse de survie et trace des courbes de survie pour les données mutationnelles, comme
ainsi que tout trait clinique d'intérêt tel que spécifié via l'entrée --phenotypes-to-include
paramètre. Les analyses réalisées incluent l'estimateur de Kaplan-Meier suivi du Cox
Modèle à risques proportionnels. Les résultats pour chaque gène/caractère clinique analysé incluent la survie
courbes, un rapport de risque (avec intervalles de confiance) et des valeurs P et des FDR décrivant les
l'importance de la différence entre les survivants et les non-survivants.
Tous les fichiers de données cliniques sont recherchés pour le "état_vital" requis (insensible à la casse)
et les colonnes "days_to_last_followup" qui sont associées aux phénotypes via les ID d'échantillon pour le
analyse de survie. La première colonne de tous les fichiers de données cliniques DOIT contenir l'échantillon
ID, comme dans les autres outils MuSiC. Par défaut, l'analyse est effectuée sur chaque gène présent
dans le MAF. Facultativement, l'analyse peut être limitée à des gènes spécifiques en les répertoriant
(délimité par des virgules) après le paramètre d'entrée --phenotypes-to-include. L'analyse de survie peut
également être effectuée sur d'autres colonnes du fichier de données cliniques en ajoutant les en-têtes de colonne
à la liste des entrées spécifiées après le paramètre d'entrée --phenotypes-to-include.
Voici quelques lignes directrices générales pour la création de fichiers d'entrée de données cliniques :
· Les en-têtes sont obligatoires.
· La première colonne de chaque fichier de données cliniques doit contenir des ID d'échantillon qui correspondent à ceux
à la fois dans --bam-list et dans la liste des variantes MAF (dans le MAF, c'est le
colonne Tumor_Sample_Barcode, en particulier).
· Dans au moins un des fichiers de données cliniques d'entrée, des colonnes avec en-têtes « état_vital »
et "days_to_last_followup" (insensible à la casse) doivent exister. "état_vital" doit être
délimité par des 1 et des 0, où 0 désigne « vivant » et 1 désigne « décédé ».
Notez que tous les fichiers d'entrée doivent être séparés par des tabulations.
ARGUMENTS
--bam-liste
Fournissez un fichier contenant les noms des échantillons et les emplacements BAM normaux/tumeurs pour chacun. Utilisation
le format délimité par des tabulations [sample_name normal_bam tumor_bam] par ligne. Cet outil uniquement
a besoin de sample_name, donc toutes les autres colonnes peuvent être ignorées. Le sample_name doit être le
identiques aux noms des échantillons de tumeur utilisés dans le fichier MAF (16e colonne, avec l'en-tête
Tumor_Sample_Barcode).
Utilisez genome-music-survivalp en ligne en utilisant les services onworks.net
