geom - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

geom - analyse une entrée de géométrie moléculaire en coordonnées cartésiennes.

DESCRIPTION

Le programme géom lit un ensemble de coordonnées cartésiennes et en détermine le lien
distances (Bohr et angström), angles de liaison, angles de torsion, angles hors du plan
(facultatif), moments d'inertie et constantes de rotation.

DES DOSSIERS EST REQUIS

input.dat - Fichier d'entrée
et l'un des suivants :
geom.dat - fichier de géométrie
file11.dat - Fichier de géométrie/gradient au format PSI

DES DOSSIERS GÉNÉRÉ

geom.out - fichier contenant l'analyse

CONTRIBUTION OPTIONS

La géom programme a les options suivantes :

-h Imprimer les informations d'aide (ces options).

-les as [nom de fichier]
Lisez l'entrée dans un format de sortie ACES, chaque ligne étant constituée d'atomes
symbole, numéro atomique et coordonnées cartésiennes (en Bohr). L'argument optionnel
est le nom du fichier d'entrée de géométrie, qui est par défaut géom.dat.

-qchem [nom de fichier]
Lire l'entrée dans un format de sortie QCHEM, chaque ligne étant constituée de l'atome
nombre, le symbole atomique et les coordonnées cartésiennes (en Angstroms). L'optionnel
l'argument est le nom du fichier d'entrée de géométrie, qui est par défaut géom.dat.

-xyz [nom de fichier]
Lisez l'entrée dans un format de sortie XYZ. La première ligne contient le nombre de
atomes et la deuxième ligne est une ligne de commentaire. Les lignes suivantes contiennent chacune le
symbole atomique et coordonnées cartésiennes XY et Z (en Angstroms). L'optionnel
l'argument est le nom du fichier d'entrée de géométrie, qui est par défaut géom.dat.

-oops Imprimer les angles hors du plan, où l'angle abcd est défini comme l'angle formé
par le vecteur ad et le plan défini par les atomes b, c et d.

FAIRE_OOP = booléen
Identique au commutateur de ligne de commande -oop décrit ci-dessus.

ISOTOPES = matrice of réels/chaînes
Utilisé pour spécifier les masses à utiliser dans le calcul du centre de masse et
constantes de rotation. Une matrice est fournie pour chaque isotopomère à calculer.
Les tableaux peuvent mélanger des nombres à virgule flottante avec des chaînes qui désignent des isotopes.
Si ce tableau n'est pas donné et que file11.dat est présent, alors les masses seront
obtenu en convertissant les numéros atomiques dans file11. Si les masses ne sont pas données par
ISOTOPES ou par fichier11, aucune grandeur liée à la masse ne sera alors calculée.

-g [nom de fichier]
Lire les coordonnées cartésiennes à partir d'un fichier autre que file11.dat. Si un nom de fichier n'est pas
donné, la valeur par défaut est geom.dat. Le fichier alternatif est supposé être dans un format
similaire à celui de geom.dat de PSI. Étant donné que ces fichiers ne contiennent pas de numéros atomiques,
les moments d'inertie et les constantes de rotation ne sont pas calculés si cette option
est utilisé.

READ_GEOM = booléen
Cette option dans input.dat indique géom pour lire la géométrie de geom.dat dans le PSI
format geom.dat.

-a Imprimer les paramètres pour toutes les distances de paires.

PRINT_ALL_DIST = booléen
Identique à l'indicateur -a décrit ci-dessus.

-d distance
N'imprimez que les paramètres impliquant des paires d'atomes qui sont inférieures à distance bohème
à part (la valeur par défaut est 4.0 bohr).

PRINT_DISTANCE = Plus-value
Identique à l'indicateur -d décrit ci-dessus.

-angström
Les coordonnées d'entrée sont en angströms, pas en bohr.

ANGSTROM = booléen
If VRAI, les coordonnées d'entrée sont en angströms au lieu de bohr. La valeur par défaut est
FAUX.

L'exemple suivant sert à calculer les informations géométriques pour l'eau avec
plusieurs isotopes différents. La géométrie est lue depuis geom.dat plutôt que depuis
fichier11.dat.

géom : (
read_geom = vrai
isotopes = (
(OHH)
(IMPAIR)
(O18 1.007825 1.007825)
))

5 Juin, 1998 géom(1)

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