Il s'agit de la commande glam2 qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
glam2 - Alignement local des motifs avec écart
SYNOPSIS
glamour2 [Options] alphabet mes_seqs.fa
Un alphabet autre que p or n est interprété comme le nom d'un fichier alphabétique.
DESCRIPTION
GLAM2 est un progiciel permettant de trouver des motifs dans des séquences, généralement des acides aminés ou
séquences nucléotidiques. Un motif est un motif de séquence récurrent : des exemples typiques sont le
TATA box et le motif de prénylation CAAX. La principale innovation de GLAM2 est qu'il permet
insertions et suppressions dans les motifs.
OPTIONS (DÉFAUT LES PARAMÈTRES)
-h
Afficher toutes les options et leurs paramètres par défaut.
-o
Fichier de sortie (Stdout).
-r
Nombre de courses d'alignement (10).
-n
Terminez chaque exécution après ce nombre d'itérations sans amélioration (10000).
-2
Examinez les deux brins - complément avant et arrière.
-z
Nombre minimum de séquences dans l'alignement (2).
-a
Nombre minimum de colonnes alignées (2).
-b
Nombre maximum de colonnes alignées (50).
-w
Nombre initial de colonnes alignées (20).
-d
Dossier mélange Dirichlet.
-D
Pseudocompte de suppression (0.1).
-E
Pseudocompte sans suppression (2.0).
-I
Pseudocompte d'insertions (0.02).
-J
Pseudocompte sans insertion (1.0).
-q
Pondération pour les abondances de résidus génériques par rapport à celles spécifiques à un ensemble de séquences (1e + 99).
-t
Température initiale (1.2).
-c
Facteur de refroidissement par n itérations (1.44).
-u
Limite inférieure de température (0.1).
-p
Imprimez les informations de progression à chaque itération.
-m
Déplacements d'échantillonnage de colonne par déplacement d'échantillonnage de site (1.0).
-x
Algorithme d'échantillonnage du site : 0=RAPIDE 1= LENT 2=FFT (0).
-s
Graine pour les nombres pseudo-aléatoires (1).
Utilisez glam2 en ligne en utilisant les services onworks.net
