Il s'agit de la commande glam2scan qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
glam2scan - trouve un motif GLAM2 dans une base de données
SYNOPSIS
glam2scan [Options] alphabet mon_motif.glam2 mes_seqs.fa
Un alphabet autre que p or n est interprété comme le nom d'un fichier alphabétique.
DESCRIPTION
glam2scan trouve des correspondances, dans une base de données de séquences, à un motif découvert par glamour2. Chaque
match reçoit un score, indiquant à quel point il correspond au motif.
OPTIONS (DÉFAUT LES PARAMÈTRES)
-h
Afficher toutes les options et leurs paramètres par défaut.
-o
Fichier de sortie (Stdout).
-n
Nombre d'alignements à signaler (25).
-2
Examinez les deux brins - complément avant et arrière.
-D
Pseudocompte de suppression (0.1).
-E
Pseudocompte sans suppression (2.0).
-I
Pseudocompte d'insertions (0.02).
-J
Pseudocompte sans insertion (1.0).
-d
Dossier mélange Dirichlet.
Utilisez glam2scan en ligne en utilisant les services onworks.net