gmap - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmap - Programme de cartographie et d'alignement génomique

SYNOPSIS

gmap [OPTIONS...] <FASTE fichiers >, or chat | gmap [OPTIONS...]

OPTIONS

Entrée Options (doit comprendre -d or -g)
-D, --rép=annuaire
Répertoire du génome. Par défaut (comme spécifié par --avec-gmapdb au programme de configuration)
is /var/cache/gmap

-d, --db=STRING
Base de données du génome. Si l'argument est '?' (avec les guillemets), cette commande liste
bases de données disponibles.

-k, --kmer=INT
taille de kmer à utiliser dans la base de données du génome (valeurs autorisées : 16 ou moins). Si non
spécifié, le programme trouvera la taille de kmer disponible la plus élevée dans le génome
base de données

--échantillonnage=INT
Échantillonnage à utiliser dans la base de données du génome. S'il n'est pas spécifié, le programme trouvera le
plus petite valeur d'échantillonnage disponible dans la base de données du génome au sein de la taille k-mer sélectionnée

-G, --génomefull
Utilisez le génome complet (tous les caractères ASCII sont autorisés ; construit explicitement lors de la configuration), pas
version compressée

-g, --gseg=nom de fichier
Segment génomique fourni par l'utilisateur

-1, --autoaligner
Alignez une séquence contre elle-même au format FASTA via stdin (utile pour obtenir
traduction protéique d'une séquence nucléotidique)

-2, --pairalign
Alignez deux séquences au format FASTA via stdin, la première étant génomique et la seconde
l'un étant l'ADNc

--ligne de commande=STRING,CHAÎNE DE CARACTÈRES
Alignez ces deux séquences fournies sur la ligne de commande, la première étant génomique et
le deuxième étant l'ADNc

-q, --partie=INT/INT
Ne traitez que la ième sur n séquences, par exemple 0/100 ou 99/100 (utile pour
distribution des tâches à une ferme informatique).

--input-buffer-taille=INT
Taille du tampon d'entrée (le programme lit autant de séquences à la fois pour plus d'efficacité)
(1000 par défaut)

Options de calcul

-B, --grouper=INT
Mode batch (par défaut = 2)

Mode Offset Positions Génome
0 voir note mmap mmap
1 voir note mmap & précharger mmap
(par défaut) 2 voir note mmap & preload mmap & preload
3 voir note allouer mmap & précharger
4 voir note allouer allouer
5 développer allouer allouer

Remarque : Pour une seule séquence, toutes les structures de données utilisent mmap
Si mmap n'est pas disponible et alloue non choisi, alors utilisera fileio (très lent)

Remarque sur --grouper et décalages : l'extension des décalages peut être contrôlée
indépendamment par le --expand-décalages drapeau. Les --grouper=5 option équivaut à
--grouper=4 plus --expand-décalages=1

--expand-décalages=INT
S'il faut étendre l'index de compensations génomiques Valeurs : 0 (non, par défaut) ou 1 (oui).
L'extension permet un alignement plus rapide, mais nécessite plus de mémoire

--nosplissement
Désactive l'épissage (utile pour aligner des séquences génomiques sur un génome)

--min-longueur intron=INT
Longueur minimale pour un intron interne (par défaut 9). En dessous de cette taille, un écart génomique
sera considéré comme une suppression plutôt qu'un intron.

-K, --longueur d'intron=INT
Longueur maximale pour un intron interne (par défaut 200000)

-w, --localsplicedist=INT
Longueur maximale des sites d'épissage connus aux extrémités de la séquence (par défaut 2000000)

-L, --longueur totale=INT
Longueur totale maximale de l'intron (par défaut 2400000)

-x, --chimère-marge=INT
Quantité de séquence non alignée qui déclenche la recherche de la séquence restante
(30 par défaut). Permet l'alignement des lectures chimériques et peut aider avec certains
lectures non chimériques. Pour éteindre, mettre à zéro.

--pas de chimères
Désactive la recherche de chimères. Même effet que --chimère-marge=0

-t, --ntthreads=INT
Nombre de threads de travail

-c, --chrsubset=un magnifique
Limiter la recherche à un chromosome donné

-z, --direction=STRING
Direction de l'ADNc (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter, ou
automatique (par défaut))

-H, --trimendexons=INT
Couper les exons d'extrémité avec moins que le nombre donné de correspondances (en nt, par défaut 9)

--mode-canonique=INT
Récompense pour les introns canoniques et semi-canoniques 0=récompense faible, 1=récompense élevée
(par défaut), 2=récompense faible pour les séquences à haute identité et récompense élevée sinon

---espèces croisées
Utilisez une recherche plus sensible pour l'épissage canonique, ce qui est particulièrement utile pour
alignements inter-espèces et autres cas difficiles

--allow-close-indels=INT
Autoriser une insertion et une suppression proches l'une de l'autre (0=non, 1=oui (par défaut), 2=seulement
pour des alignements de haute qualité)

--microexon-spliceprob=FLOAT
Autoriser les microexons uniquement si l'une des probabilités de site d'épissage est supérieure à celle-ci
valeur (par défaut 0.95)

--cmetdir=STRING
Répertoire des fichiers d'index de méthylcytosine (créé à l'aide de cmetindex) (la valeur par défaut est
emplacement des fichiers d'index du génome spécifié à l'aide -D, -Vet -d)

--atoidir=STRING
Répertoire des fichiers d'index d'édition d'ARN A-to-I (créé à l'aide d'atoiindex) (la valeur par défaut est
emplacement des fichiers d'index du génome spécifié à l'aide -D, -Vet -d)

--mode=STRING
Mode d'alignement : standard (par défaut), cmet-stranded, cmet-nonstranded, atoi-stranded,
atoi-non-brin, ttoc-brin ou ttoc-non-brin. Les modes non standard nécessitent
vous devez avoir préalablement exécuté les programmes cmetindex ou atoiindex (qui couvrent également
les modes ttoc) sur le génome

-p, --prunelevel
Niveau d'élagage : 0=pas d'élagage (par défaut), 1=séquences médiocres, 2=séquences répétitives, 3=médiocre et
répétitif

Types de sortie

-S, --sommaire
Afficher le résumé des alignements uniquement

-A, --aligner
Afficher les alignements

-3, --continu
Afficher l'alignement en trois lignes continues

-4, --continue-par-exon
Afficher l'alignement sur trois lignes par exon

-Z, --compresse
Sortie d'impression au format compressé

-E, --exons=STRING
Imprimer des exons ("cdna" ou "génomique")

-P, --protéine_dna
Imprimer la séquence protéique (ADNc)

-Q, --protéine_gen
Imprimer la séquence protéique (génomique)

-f, --format=INT
Autre format de sortie (notez également le -A ainsi que -S options et autres options répertoriées
sous Types de sortie) :
psl (ou 1) = format PSL (BLAT),
gff3_gene (ou 2) = format du gène GFF3,
gff3_match_cdna (ou 3) = format GFF3 cDNA_match,
gff3_match_est (ou 4) = format GFF3 EST_match,
splicesites (ou 6) = sortie splicesites (pour le fichier d'épissage GSNAP),
introns = sortie des introns (pour le fichier d'épissage GSNAP),
map_exons (ou 7) = format de carte d'exons IIT FASTA,
map_ranges (ou 8) = format de carte de plage IIT FASTA,
coords (ou 9) = coords sous forme de tableau,
sampe = format SAM (réglage du bit paired_read dans le drapeau),
samse = format SAM (sans réglage du bit paired_read)

Options de sortie

-n, --nchemins=INT
Nombre maximum de chemins à afficher (5 par défaut). S'il est défini sur 1, GMAP ne signalera pas
alignements chimériques, puisque ceux-ci impliquent deux chemins. Si vous voulez un seul alignement
plus les alignements chimériques, puis définissez-le sur 0.

--sous-optimal-score=INT
Signalez uniquement les chemins dont le score se situe dans cette valeur du meilleur chemin. Par défaut,
si cette option n'est pas fournie,
le programme imprime tous les chemins trouvés.

-O, --commandé
Imprimer la sortie dans le même ordre que l'entrée (pertinent uniquement s'il y a plus d'un travailleur
fil)

-5, --md5
Imprimer la somme de contrôle MD5 pour chaque séquence de requête

-o, --chevauchement de chimères
Chevauchement pour afficher, le cas échéant, au point d'arrêt de la chimère

--échecs uniquement
N'imprimez que les alignements échoués, ceux qui n'ont pas de résultats

--nofails
Exclure l'impression des alignements échoués

-V, --snpsdir=STRING
Répertoire des fichiers d'index SNP (créé à l'aide de snpindex) (l'emplacement par défaut est
fichiers d'index du génome spécifiés à l'aide -D ainsi que -d)

-v, --use-snps=STRING
Utiliser la base de données contenant les SNP connus (en .iit, construit précédemment en utilisant
snpindex) pour la tolérance aux SNP

--split-sortie=STRING
Nom de base pour la sortie de plusieurs fichiers, séparément pour le nomappage,
uniq, mult, (et chimère, si --chimère-marge est sélectionné)

--échec-d'entrée=STRING
Imprimer les alignements complètement échoués en tant que format d'entrée FASTA ou FASTQ au
déposer. Si la --split-sortie flag est également donné, ce fichier est généré en plus
à la sortie dans le fichier .nomapping.

--append-sortie
Quand --split-sortie or --failedinput est donné, ce drapeau ajoutera la sortie au
fichiers existants. Sinon, la valeur par défaut est de créer de nouveaux fichiers.

--output-buffer-size=INT
Taille du tampon, dans les requêtes, pour le thread de sortie (par défaut 1000). Lorsque le nombre de
résultats à imprimer dépasse cette taille, les threads de travail sont arrêtés jusqu'à ce que le
l'arriéré est effacé

-F, --toute la longueur
Supposons une protéine complète, en commençant par Met

-a, --cdsstart=INT
Traduire les codons d'un nucléotide donné (base 1)

-T, --tronquer
Tronquer l'alignement autour de la protéine pleine longueur, Met to Stop Implies -F drapeau.

-Y, --tolérant
Traduit l'ADNc avec des corrections pour les décalages de trame

Options pour la sortie GFF3

--gff3-add-séparateurs=INT
S'il faut ajouter un séparateur ### après chaque séquence de requête Valeurs : 0 (non), 1 (oui,
défaut)

Options pour la sortie SAM

--no-sam-en-têtes
Ne pas imprimer les en-têtes commençant par '@'

--sam-use-0M
Insérer 0M dans CIGAR entre les insertions et suppressions adjacentes Requis par Picard,
mais peut provoquer des erreurs dans d'autres outils

--force-xs-dir
Pour les alignements RNA-Seq, interdit XS:A:? lorsque la direction de détection n'est pas claire, et
remplace arbitrairement cette valeur par XS:A:+. Peut être utile pour certains programmes, tels que
en tant que boutons de manchette, qui ne peuvent pas gérer XS:A:?. Cependant, si vous utilisez ce drapeau, le
la valeur signalée de XS:A:+ dans ces cas ne sera pas significative.

--md-minuscule-snp
Dans la chaîne MD, lorsque les SNP connus sont donnés par le -v drapeau,
imprime les nucléotides de différence en minuscules lorsqu'ils,
diffère de la référence mais correspond à un allèle alternatif connu

--action-if-cigare-error
Mesure à prendre en cas de désaccord entre la longueur du CIGAR et la longueur de la séquence
Valeurs autorisées : ignorer, avertissement (par défaut), abandonner

--read-identifiant-groupe=STRING
Valeur à mettre dans le champ read-group id (RG-ID)

--read-nom-du-groupe=STRING
Valeur à mettre dans le champ de nom de groupe de lecture (RG-SM)

--read-group-bibliothèque=STRING
Valeur à mettre dans le champ de la bibliothèque de groupe de lecture (RG-LB)

--read-group-platform=STRING
Valeur à mettre dans le champ de la bibliothèque de groupe de lecture (RG-PL)

Options pour les scores de qualité

--protocole-qualité=STRING
Protocole pour les scores de qualité d'entrée. Valeurs autorisées : illumina (ASCII 64-126)
(équivalent à -J 64 -j - 31) sanger (ASCII 33-126) (équivalent à -J 33 -j 0)

La valeur par défaut est sanger (pas de décalage d'impression de qualité)
Les fichiers de sortie SAM doivent avoir des scores de qualité dans le protocole sanger

Ou vous pouvez spécifier le décalage d'impression avec ce drapeau :

-j, --qualité-impression-décalage=INT
Décaler les scores de qualité FASTQ de ce montant en sortie (la valeur par défaut est 0 pour sanger
protocole; pour changer l'entrée Illumina en sortie Sanger, sélectionnez - 31)

Options de fichier de carte externe

-M, --rép_carte=annuaire
Répertoire de la carte

-m, --carte=fichier iit
Fichier de carte. Si l'argument est '?' (avec les guillemets),
cela répertorie les fichiers de carte disponibles.

-e, --mapexons
Cartographier chaque exon séparément

-b, --mapboth
Signaler les hits des deux brins du génome

-u, --flanquant=INT
Afficher les coups latéraux (par défaut 0)

--print-commentaire
Afficher la ligne de commentaire pour chaque coup

Options de sortie d'alignement

-N, --pas de longueurs
Aucune longueur d'intron alignée

-I, --mode inverse=INT
Mode pour les alignements sur le brin génomique (-) : 0=Ne pas inverser l'ADNc (par défaut)
1=Inverser l'ADNc et imprimer le brin génomique (-) 2=Inverser l'ADNc et imprimer le génomique (+)
brin

-i, --introngap=INT
Nucléotides à afficher à chaque extrémité de l'intron (par défaut 3)

-l, --wraplength=INT
Longueur d'enroulement pour l'alignement (50 par défaut)

Filtrage des options de sortie

--min-coupé-couverture=FLOAT
N'imprimez pas les alignements avec une couverture rognée inférieure à cette valeur (par défaut = 0.0, ce qui
signifie pas de filtrage) Notez que les alignements chimériques seront sortis indépendamment de cela
une fonction filtre

--min-identité=FLOAT
N'imprimez pas les alignements avec l'identité moins cette valeur (par défaut = 0.0, ce qui signifie non
filtrage) Notez que les alignements chimériques seront produits quel que soit ce filtre
Options d'aide

--Chèque
Vérifier les hypothèses du compilateur

--version
Montrer la version

--Aidez-moi Afficher ce message d'aide

Les autres outils de la suite GMAP se trouvent dans /usr/lib/gmap

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