Il s'agit de la commande gmod_bulk_load_pubmed.plp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmod_bulk_load_pubmed.pl - stocke les entrées publiées dans la base de données
DESCRIPTION
Utilisation : perl gmod_bulk_load_pubmed.pl -H [dbhost] -D [dbname] [-vt] -i fichier
paramètres
-H nom d'hôte pour la base de données
-D nom de la base de données
-i fichier d'entrée [obligatoire]
-v sortie verbeuse
-t mode d'essai. N'effectuez aucune opération de stockage.
-g Nom du profil de la base de données GMOD (peut fournir le nom de l'hôte et de la base de données) Par défaut : 'default'
If pas grâce à a GMOD base de données profil (option -g) puis vous doit fournir le Abonnement
paramètres
-u nom d'utilisateur
-d nom du pilote de la base de données (c'est-à-dire 'Pg' pour postgres)
-p mot de passe pour que votre utilisateur se connecte à la base de données
Le script stocke les entrées publiées dans la base de données. Les existants sont ignorés. Fichier d'entrée
doit contenir une liste d'identifiants publiés. Puis un nouvel objet Publication
(Bio::Chado::Schema::Pub::Pub) avec accession= PMID, les spécifications de publication sont récupérées
de Entrez (à l'aide d'eUtils) qui définit les différents champs de l'objet Publication. Lorsque
la publication est stockée, un nouveau dbxref est stocké en premier (voir module Général Chado)
Le présent scénario fonctionne-t-il ? avec Tchado schéma et accéder le Abonnement les tables:
pub
auteur pub
propriété publique
dbxréf
pub_dbxref
Utilisez gmod_bulk_load_pubmed.plp en ligne à l'aide des services onworks.net
