Il s'agit de la commande gmod_extract_dbxref_from_gff.plp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmod_extract_dbxref_from_gff.pl - Extrait les Dbxrefs des lignes GFF3 qui ont Target
attributs
SYNOPSIS
% gmod_extract_dbxref_from_gff.pl gff_file_name > output_file
DESCRIPTION
Pour les lignes GFF3 de la forme :
chr1 ADNc ADNc_match 69388 69593 0 - . Dbxref=Sorgho_CDNA:Contig_448;Target=Contig_448 75 295 +
c'est-à-dire qui ont à la fois les attributs Target et Dbxref, ce script extrait le Dbxref
value et imprime une liste des parties de base de données et d'accession de la valeur Dbxref. Cette
la fonctionnalité dépend d'un format standard pour la valeur Dbxref, un format où le nom du
base de données précède l'accession et sont séparés par deux points.
Raisonnement
Un autre script, gmod_make_gff_from_dbxref.pl, prend une liste de bases de données et d'accessions
(comme ce script le fournit) et un répertoire de fichiers FASTA et crée un fichier GFF3 qui
correspond à ces cibles. L'utilisation de ces fichiers est de les charger dans Chado avant
que les résultats de l'analyse informatique sont chargés pour s'assurer que la base de données dispose d'un
photo de l'analyse effectuée.
LIGNE DE COMMANDE OPTIONS
Aucun.
Utilisez gmod_extract_dbxref_from_gff.plp en ligne à l'aide des services onworks.net
