Il s'agit de la commande gmod_fasta2gff3.plp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
$O - Convertir FASTA en GFF3 simple
SYNOPSIS
% $O [options]
LIGNE DE COMMANDE OPTIONS
--fasta_dir Le répertoire contient des fichiers fasta
(par défaut : ./fasta)
--gfffilename Nom du fichier GFF3 à créer
(par défaut : ./out.gff)
--type SO type à attribuer à chaque fonctionnalité
(par défaut : HNE)
--source Texte à afficher dans la colonne source
(défaut: .)
--attributes Balise supplémentaire=paires de valeurs à afficher dans la colonne 9
--nosequence Supprime la section ##FASTA (c'est-à-dire, ne
imprimer des séquences d'ADN)
DESCRIPTION
Ce script prend simplement une collection de fichiers fasta et les convertit en GFF3 simple
adapté pour le chargement dans le chado.
AUTEURS
Scott Caïn[email protected]>
Copyright (c) 2006
Cette bibliothèque est un logiciel libre ; vous pouvez le redistribuer et/ou le modifier sous le même
termes comme Perl lui-même.
Utilisez gmod_fasta2gff3.plp en ligne en utilisant les services onworks.net
