Il s'agit de la commande gmt-musicp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmt music - Importance mutationnelle dans le cancer (Analyse des mutations cancéreuses)
VERSION
Ce document décrit gmt music version 0.04 (2016-01-01 à 23:10:18)
SYNOPSIS
musique gmt...
DESCRIPTION
La suite MuSiC est un ensemble d'outils visant à découvrir la signification de la somatique
mutations trouvées dans une cohorte donnée d'échantillons de cancer, et en ce qui concerne une variété de
sources de données externes. Les entrées standard requises sont :
1. lectures mappées au format BAM
2. SNV ou indels prédits ou validés au format d'annotation de mutation (MAF)
3. une liste de régions d'intérêt (généralement les limites des exons de codage)
4. toute donnée clinique numérique ou catégorielle pertinente.
Les formats des entrées 3. et 4. sont :
3. Fichier des régions d'intérêt :
· N'utilisez pas d'en-têtes
· 4 colonnes, qui sont [chromosome start-position (1-based) stop-position(1-based)
nom_gène]
4. Fichiers de données cliniques :
· Les en-têtes sont requis
· Au moins 1 colonne sample_id et 1 colonne d'attribut, le format étant
[exemple_id attribut_données_cliniques attribut_données_cliniques ...]
· Le sample_id doit correspondre au sample_id répertorié dans le MAF sous
"Tumor_Sample_Barcode" pour relier les mutations de cet échantillon.
· L'en-tête de chaque attribut_données_cliniques apparaîtra dans le fichier de sortie pour
désignent les relations avec les données de mutation du MAF.
Les descriptions pour l'utilisation de chaque outil (chaque sous-commande) peuvent être trouvées séparément.
Le manuel de formation jeux et sport La commande exécute toutes les sous-commandes en série sur un jeu d'entrées sélectionné.
SOUS-COMMANDES
GÉNÉRAL
bmr
Calculez les couvertures génétiques et les taux de mutation de fond.
correlation clinique
Corréler les traits phénotypiques avec des gènes mutés ou avec des variantes individuelles
cosmique-omim
Comparez les changements d'acides aminés des mutations fournies aux bases de données COSMIC et OMIM.
galaxie
Exécutez la suite complète d'outils MuSiC de manière séquentielle.
relation de mutation
Identifier les relations de simultanéité des mutations ou d'exclusivité mutuelle dans les gènes à travers
Cas.
chemin-scan
Trouvez des voies mutées de manière significative dans une cohorte à partir d'une liste de mutations somatiques.
pfam
Ajouter une annotation Pfam à un fichier MAF
jeux et sport
Exécutez la suite complète d'outils MuSiC de manière séquentielle.
parcelle
Générez des graphiques et des visualisations pertinents pour MuSiC.
proximité
Effectuer une analyse de proximité sur une liste de mutations.
smg
Identifier les gènes ayant subi une mutation significative.
survie
Créez des graphiques de survie et des valeurs P pour les phénotypes cliniques et mutationnels.
Utiliser gmt-musicp en ligne en utilisant les services onworks.net
