Il s'agit de la commande gmx-bar qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-bar - Calculer les estimations de différence d'énergie libre grâce au rapport d'acceptation de Bennett
SYNOPSIS
barre gmx [-f [<.xvg> [...]]] [-g [<.edr> [...]]] [-o [<.xvg>]]
[-oi [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]] [-[maintenant] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-température ] [-préc ]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-nbin ] [-[pas]extp]
DESCRIPTION
gmx Bar calcule les estimations de différence d'énergie libre via le rapport d'acceptation de Bennett
méthode (BAR). Elle additionne également automatiquement des séries d'énergies libres individuelles obtenues avec
BAR dans une estimation combinée de l'énergie libre.
Chaque différence d'énergie libre BAR individuelle repose sur deux simulations à des états différents :
disons l'état A et l'état B, comme contrôlé par un paramètre, lambda (voir le .mdp paramètre
init_lambda). La méthode BAR calcule un ratio de moyenne pondérée de l'hamiltonien
différence d'état B étant donné l'état A et vice versa. Les différences d'énergie avec l'autre
L'état doit être calculé explicitement pendant la simulation. Ceci peut être réalisé avec la .mdp
option lambda_étranger.
Option de saisie -f s'attend à plusieurs dhdl.xvg fichiers. Deux types de fichiers d'entrée sont pris en charge :
· Fichiers avec plus d'un y-valeur. Les fichiers doivent avoir des colonnes avec dH/dlambda et
Deltalambda. Les valeurs lambda sont déduites des légendes : lambda du
simulation à partir de la légende de dH/dlambda et des valeurs lambda étrangères du
légendes de Delta H
· Fichiers avec un seul y-valeur. En utilisant le -extp option pour ces fichiers, il est supposé
que l' y-la valeur est dH/dlambda et que l'hamiltonien dépend linéairement de lambda.
La valeur lambda de la simulation est déduite du sous-titre (si présent),
sinon à partir d'un numéro dans le sous-répertoire dans le nom du fichier.
Le lambda de la simulation est analysé à partir de dhdl.xvg légende du fichier contenant la chaîne
'dH', les valeurs lambda étrangères de la légende contenant les lettres majuscules 'D' et
« H ». La température est analysée à partir de la ligne de légende contenant « T = ».
L'option d'entrée -g s'attend à plusieurs .edr fichiers. Ceux-ci peuvent contenir des listes d'énergie
différences (voir le .mdp option fichier_dhdl_séparé), ou une série d'histogrammes (voir le
.mdp Options dh_hist_size et dh_hist_spacing). Les valeurs de température et de lambda sont
automatiquement déduit de la ener.edr fichier.
En plus de la .mdp option lambda_étranger, la différence d'énergie peut également être
extrapolé à partir des valeurs dH/dlambda. Ceci est réalisé avec l'option « -extp », qui
suppose que l'hamiltonien du système dépend linéairement de lambda, ce qui n'est normalement pas le cas
le cas.
Les estimations d'énergie libre sont déterminées à l'aide de BAR avec bissection, avec une précision de
l'ensemble de sortie avec -préc. Une estimation d'erreur prenant en compte les corrélations temporelles est
réalisé en divisant les données en blocs et en déterminant les différences d'énergie libre sur
ces blocs et en supposant que les blocs sont indépendants. L'estimation d'erreur finale est
déterminé à partir de la variance moyenne sur 5 blocs. Une plage de numéros de blocs pour l'erreur
une estimation peut être fournie avec les options -nbmin et -nbmax.
gmx Bar essaie d'agréger des échantillons avec les mêmes valeurs lambda « natives » et « étrangères », mais
suppose toujours des échantillons indépendants. Note que lors de l'agrégation de l'énergie
différences/dérivées avec des intervalles d'échantillonnage différents, ce n'est presque certainement pas le cas
correct. Habituellement, les énergies ultérieures sont corrélées et différents intervalles de temps signifient
différents degrés de corrélation entre les échantillons.
Les résultats sont divisés en deux parties : la dernière partie contient les résultats finaux en kJ/mol,
ainsi que l'estimation de l'erreur pour chaque partie et le total. La première partie contient
estimations détaillées des différences d'énergie libre et mesures de chevauchement de l'espace de phase en unités de kT
(avec leur estimation d'erreur calculée). Les valeurs imprimées sont :
· lam_A : les valeurs lambda pour le point A.
· lam_B : les valeurs lambda pour le point B.
· DG : l'estimation de l'énergie libre.
· s_A : une estimation de l'entropie relative de B dans A.
· s_B : une estimation de l'entropie relative de A dans B.
· stdev : une estimation de l'écart type attendu par échantillon.
L'entropie relative des deux états dans l'ensemble de l'autre peut être interprétée comme une
mesure du chevauchement de l'espace des phases : l'entropie relative s_A des échantillons de travail de lambda_B
dans l'ensemble de lambda_A (et vice versa pour s_B), est une mesure de la « distance »
entre les distributions de Boltzmann des deux états, qui tend vers zéro pour des valeurs identiques
distributions. Voir Wu & Kofke, J. Chem. Phys. 123 084109 (2005) pour plus d'informations.
L'estimation de l'écart type attendu par échantillon, tel que donné dans l'original de Bennett
Article BAR : Bennett, J. Comp. Phys. 22, p. 245 (1976). L’équation 10 donne une estimation de
la qualité de l'échantillonnage (pas directement de l'erreur statistique réelle, car elle suppose
échantillons indépendants).
Pour obtenir une estimation visuelle du chevauchement de l'espace de phase, utilisez le -Oh possibilité d'écrire des séries de
histogrammes, ainsi que les -nbin option.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xvg> [...]] (dhdl.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
-g [<.edr> [...]] (ener.edr) (Facultatif)
Dossier énergie
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xvg>] (barre.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
-oi [<.xvg>] (barint.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
-Oh [<.xvg>] (histogramme.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-b (0)
Heure de début du BAR
-e (-1)
Heure de fin pour BAR
-température (-1)
Température (K)
-préc (2)
Le nombre de chiffres après la virgule décimale
-nbmin (5)
Nombre minimum de blocs pour l'estimation des erreurs
-nbmax (5)
Nombre maximal de blocs pour l'estimation des erreurs
-nbin (100)
Nombre de bacs pour la sortie de l'histogramme
-[pas]extp (non)
Faut-il extrapoler linéairement les valeurs dH/dl à utiliser comme énergies ?
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