GoGPT Best VPN GoSearch

Icône de favori OnWorks

gmx-densorder - En ligne dans le Cloud

Exécutez gmx-densorder dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks sur Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

Il s'agit de la commande gmx-densorder qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

PROGRAMME:

Nom


gmx-densorder - Calculer les fluctuations de surface

SYNOPSIS


ordre de densité gmx [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [Ou [<.out> [...]]] [cabot [<.xpm> [...]]]
[-Spectacle [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[maintenant] [-[non]1d] [-pc ]
[-bwn ] [-ordre ] [-axe ]
[-méthode ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tbloc ] [-Niveau ]

DESCRIPTION


gmx ordre densitaire réduit une distribution de densité à deux phases le long d'un axe, calculée sur un MD
trajectoire, à des surfaces 2D fluctuant dans le temps, par un ajustement à un profil fonctionnel pour
densités interfaciales. Une représentation spatiale moyenne dans le temps des interfaces peut être
sortie avec l'option -tavg.

OPTIONS


Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fichier d'index

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-o [<.dat>] (Density4D.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique

Ou [<.out> [...]] (bonjour.dehors) (Facultatif)
Fichier de sortie générique

cabot [<.xpm> [...]] (interface.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap

-Spectacle [<.out> [...]] (inspecter.out) (Facultatif)
Fichier de sortie générique

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)

-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers

-[non]1d (non)
Géométrie d'interface pseudo-1d

-pc (0.2)
Binwidth de distribution de densité tangentielle à l'interface

-bwn (0.05)
Binwidth de distribution de densité normale à l'interface

-ordre (0)
Ordre du filtre gaussien, l'ordre 0 équivaut à AUCUN filtrage

-axe (Z)
Direction de l'axe - X, Y ou Z

-méthode (couper en deux)
Méthode de localisation de l'interface : bissectrice, fonctionnelle

-d1 (0)
Densité apparente phase 1 (à petit z)

-d2 (1000)
Densité apparente phase 2 (au grand z)

-tbloc (100)
Moyenne du nombre d'images dans un bloc de temps

-Niveau (100)
Nombre de niveaux de hauteur en 2D - XPixMaps

Utilisez gmx-densorder en ligne en utilisant les services onworks.net


Serveurs et postes de travail gratuits

Télécharger des applications Windows et Linux

Commandes Linux

Ad




×
Publicité
❤ ️Achetez, réservez ou achetez ici — gratuitement, contribue à maintenir la gratuité des services.