Il s'agit de la commande gmx-dielectric qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-dielectric - Calculer les constantes diélectriques dépendantes de la fréquence
SYNOPSIS
diélectrique gmx [-f [<.xvg>]] [-d [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-c [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[maintenant]
[-xvg ] [-[non]x1] [-eint ] [-bfit ]
[-efit ] [-queue ] [-A ] [-tau1 ]
[-tau2 ] [-eps0 ] [-epsRF ]
[-réparer ] [-ffn ] [-nslisse ]
DESCRIPTION
gmx diélectrique calcule les constantes diélectriques dépendantes de la fréquence à partir du
fonction d'autocorrélation du moment dipolaire total dans votre simulation. Cet ACF peut être
généré par gmx dipôles. Les formes fonctionnelles des fonctions disponibles sont :
· Un paramètre : y = exp(-a_1 x),
· Deux paramètres : y = a_2 exp(-a_1 x),
· Trois paramètres : y = a_2 exp(-a_1 x) + (1 - a_2) exp(-a_3 x).
Les valeurs de départ pour la procédure d'ajustement peuvent être données sur la ligne de commande. Il est également possible
pour fixer les paramètres à leur valeur de départ, utilisez -réparer avec le numéro du paramètre que vous voulez
réparer.
Trois fichiers de sortie sont générés, le premier contient l'ACF, un ajustement exponentiel à celui-ci
avec 1, 2 ou 3 paramètres, et la dérivée numérique de la combinaison données/ajustement. Les
le deuxième fichier contient les parties réelles et imaginaires du diélectrique dépendant de la fréquence
constante, la dernière donne un tracé connu sous le nom de tracé de Cole-Cole, dans lequel l'imaginaire
composante est tracée en fonction de la composante réelle. Pour une exponentielle pure
relaxation (Debye relaxation) ce dernier tracé doit être la moitié d'un cercle.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xvg>] (dipcorr.xvg)
fichier xvgr/xmgr
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-d [<.xvg>] (dérivé.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-o [<.xvg>] (epsw.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-c [<.xvg>] (cole.xvg)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps ainsi que .pdb fichiers
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-[non]x1 (Oui)
utiliser la première colonne comme x-axis plutôt que le premier ensemble de données
-eint (5)
Il est temps de terminer l'intégration des données et de commencer à utiliser l'ajustement
-bfit (5)
Début de l'ajustement
-efit (500)
Heure de fin de l'ajustement
-queue (500)
Longueur de la fonction, y compris les données et la queue de l'ajustement
-A (0.5)
Valeur de départ pour le paramètre d'ajustement A
-tau1 (10)
Valeur de départ pour le paramètre d'ajustement tau1
-tau2 (1)
Valeur de départ pour le paramètre d'ajustement tau2
-eps0 (80)
epsilon0 de votre liquide
-epsRF (78.5)
epsilon du champ de réaction utilisé dans votre simulation. Une valeur de 0 signifie l'infini.
-réparer (0)
Fixez les paramètres à leurs valeurs de départ, A (2), tau1 (1) ou tau2 (4)
-ffn (Aucun)
Fonction d'ajustement : aucune, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-nslisse (3)
Nombre de points pour le lissage
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