gmx-energy - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-energy - Écrit les énergies dans les fichiers xvg et affiche les moyennes

SYNOPSIS

énergie gmx [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-viole [<.xvg>]] [-paires [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [- souvent [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[maintenant] [-xvg ] [-[pas de frais]
[-fetemp ] [-zéro ] [-[pas] somme] [-[non]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[non]mutot] [-sauter ]
[-[non]aver] [-nmol ] [-[no]fluct_props]
[-[no] dérivecorr] [-[pas] de fluc] [-[non]ouinst] [-[no]vec]
[-aflen ] [-[non]normaliser] [-P ]
[-fitfn ] [-commencer ] [-ajustement d'extrémité ]

DESCRIPTION

gmx énergie extrait des composants énergétiques ou des données de contrainte de distance d'un fichier énergétique. Les
l'utilisateur est invité à sélectionner de manière interactive les termes énergétiques souhaités.

La moyenne, la RMSD et la dérive sont calculées avec une précision totale à partir de la simulation (voir
manuel imprimé). La dérive est calculée en effectuant un ajustement par les moindres carrés des données à un
ligne droite. La dérive totale rapportée est la différence de l'ajustement au premier et au dernier
point. Une estimation d'erreur de la moyenne est donnée sur la base d'une moyenne de bloc sur 5 blocs
en utilisant les moyennes de pleine précision. L'estimation d'erreur peut être effectuée sur plusieurs blocs
longueurs avec les options -nbmin ainsi que -nbmax. Notes que dans la plupart des cas les dossiers énergétiques
contient des moyennes sur toutes les étapes MD, ou sur beaucoup plus de points que le nombre d'images dans
dossier énergie. Cela rend le gmx énergie sortie de statistiques plus précise que la .xvg
sortir. Lorsque les moyennes exactes ne sont pas présentes dans le fichier énergétique, les statistiques mentionnées
ci-dessus sont simplement au-dessus des valeurs d'énergie uniques par image.

Le terme fluctuation donne le RMSD autour de l'ajustement par les moindres carrés.

Certaines propriétés dépendantes des fluctuations peuvent être calculées à condition que les termes d'énergie corrects
sont sélectionnés et que l'option de ligne de commande -fluct_props est donné. Ce qui suit
les propriétés seront calculées :

?? ??
│Propriété │ Termes énergétiques nécessaires │
?? ??
│Capacité thermique C_p (NPT sims): │ Enthalpie, Temp │
?? ??
Capacité calorifique C_v (NVT sims) : Etot, Temp │
?? ??
│Coeff. de dilatation thermique (NPT): │ Enthalpie, Vol, Temp │
?? ??
Compressibilité isotherme : │ Vol, Temp │
?? ??
│Module de vrac adiabatique : Vol, Temp │
?? ??

Vous devez toujours définir le nombre de molécules -nmol. Les calculs C_p/C_v font ne sauraient
inclure toutes les corrections pour les effets quantiques. Utilisez le gmx dos programme si vous en avez besoin (et
tu fais).

When the -viole est définie, les violations de temps moyen sont tracées et l'exécution
la somme moyenne dans le temps et la somme instantanée des violations sont recalculées. En plus en cours d'exécution
les distances moyennes dans le temps et instantanées entre les paires sélectionnées peuvent être tracées avec le
-paires option.

Options -ora, -ort, -oda, -odr ainsi que -odt sont utilisés pour analyser les données de contrainte d'orientation.
Les deux premières options tracent l'orientation, les trois dernières les déviations de la
orientations à partir des valeurs expérimentales. Les options qui se terminent par un 'a' tracent le
moyenne dans le temps en fonction de la contention. Les options qui se terminent par un 't' invitent le
l'utilisateur pour les numéros d'étiquette de retenue et tracer les données en fonction du temps. Option -odr
trace l'écart RMS en fonction de la retenue. Lorsque la course a utilisé le temps ou l'ensemble
contraintes d'orientation moyennées, option -orinst peut être utilisé pour analyser l'instantané,
pas d'orientations et d'écarts moyennés par l'ensemble au lieu du temps et de l'ensemble
moyennes.

Option - souvent trace les valeurs propres du tenseur d'ordre moléculaire pour chaque orientation
expérience de contention. Avec option -ovec les vecteurs propres sont également tracés.

Option -odh extrait et trace les données d'énergie libre (différences hamiltoiennes et/ou les
dérivé hamiltonien dhdl) du ener.edr fichier.

Avec -frais une estimation est calculée pour la différence d'énergie libre avec un gaz parfait
Etat:

Delta A = A(N,V,T) - A_gaz idéal(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

où k est la constante de Boltzmann, T est défini par -fetemp et la moyenne est sur l'ensemble
(ou temps dans une trajectoire). Notez que ceci n'est en principe correct que lors de la moyenne
sur l'ensemble (Boltzmann) et en utilisant l'énergie potentielle. Cela permet également de
une estimation d'entropie utilisant :

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - Delta A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

Lorsqu'un deuxième fichier énergétique est spécifié (-f2), une différence d'énergie libre est calculée :

dF = -kT ln( _UNE) ,

où E_A et E_B sont les énergies des premier et deuxième fichiers d'énergie, et la moyenne
est au-dessus de l'ensemble A. La moyenne mobile de la différence d'énergie libre est imprimée sur un
fichier spécifié par -ravg. Notes que les énergies doivent toutes deux être calculées à partir du même
trajectoire.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.edr>] (ener.edr)
Dossier énergie

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (Facultatif)
Dossier énergie

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Facultatif)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-o [<.xvg>] (énergie.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-viole [<.xvg>] (violaver.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-paires [<.xvg>] (paires.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-ora [<.xvg>] (orienta.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-ort [<.xvg>] (orientt.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-oda [<.xvg>] (orideva.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-odt [<.xvg>] (ordevt.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

- souvent [<.xvg>] (oriten.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-corr [<.xvg>] (enecorr.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-vis [<.xvg>] (visco.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-odh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps ainsi que .pdb fichiers

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-[pas de frais (non)
Faites un devis énergétique gratuit

-fetemp (300)
Température de référence pour le calcul de l'énergie libre

-zéro (0)
Soustraire une énergie de point zéro

-[pas] somme (non)
Additionner les termes énergétiques sélectionnés plutôt que de les afficher tous

-[non]dp (non)
Énergies d'impression en haute précision

-nbmin (5)
Nombre minimum de blocs pour l'estimation d'erreur

-nbmax (5)
Nombre maximum de blocs pour l'estimation d'erreur

-[non]mutot (non)
Calculer le moment dipolaire total à partir des composants

-sauter (0)
Ignorer le nombre de trames entre les points de données

-[non]aver (non)
Imprimez également la moyenne exacte et la rmsd stockées dans les trames d'énergie (uniquement lorsque 1 terme
Est demandé)

-nmol (1)
Nombre de molécules dans votre échantillon : les énergies sont divisées par ce nombre

-[no]fluct_props (non)
Calculer les propriétés en fonction des fluctuations énergétiques, comme la capacité calorifique

-[no] dérivecorr (non)
Utile uniquement pour les calculs des propriétés de fluctuation. La dérive dans le
les observables seront soustraits avant de calculer les propriétés de fluctuation.

-[pas] de fluc (non)
Calculer l'autocorrélation des fluctuations d'énergie plutôt que l'énergie elle-même

-[non]ouinst (non)
Analyser les données d'orientation instantanées

-[no]vec (non)
Tracez également les vecteurs propres avec - souvent

-aflen (-1)
Longueur de l'ACF, la valeur par défaut est la moitié du nombre d'images

-[non]normaliser (Oui)
Normaliser ACF

-P (0)
Ordre du polynôme de Legendre pour ACF (0 indique aucun): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Aucun)
Fonction d'ajustement : aucune, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-commencer (0)
Moment où commencer l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation

-ajustement d'extrémité (-1)
Temps où se termine l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation, -1 est jusqu'à ce que le
fin

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