Il s'agit de la commande gmx-insert-molecules qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-insert-molecules - Insérer des molécules dans des postes vacants existants
SYNOPSIS
molécules d'insertion gmx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-Là [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-boîte ]
[-nmol ] [-essayer ] [-la graine ]
[-rayon ] [-échelle ] [-dr ]
[-Rouge ]
DESCRIPTION
gmx insert-molécules inserts -nmol copies du système spécifié dans le -Là fichier d'entrée.
Les insertions ont lieu soit dans l'espace vacant dans la conformation soluté donnée avec
-f, ou dans une case vide donnée par -boîte. Spécifier les deux -f ainsi que -boîte se comporte comme -f, mais
place une nouvelle boîte autour du soluté avant les insertions. Toutes les vitesses présentes sont
mis au rebut.
Par défaut, les positions d'insertion sont aléatoires (avec une valeur initiale spécifiée par -la graine). La
le programme itère jusqu'à ce que -nmol molécules ont été insérées dans la boîte. Les molécules ne sont pas
inséré où la distance entre tout atome existant et tout atome de l'inséré
molécule est inférieure à la somme basée sur les rayons de van der Waals des deux atomes. Une base de données
(vdwradii.dat) des rayons de van der Waals est lu par le programme, et les rayons résultants
mis à l'échelle par -échelle. Si les rayons ne sont pas trouvés dans la base de données, ces atomes se voient attribuer le
distance (pré-échelonnée) -rayon.
Un total de -nmol * -essayer des tentatives d'insertion sont faites avant d'abandonner. Augmenter -essayer si tu
avoir plusieurs petits trous à combler. Option -Rouge spécifie si les molécules d'insertion
sont orientés aléatoirement avant les tentatives d'insertion.
Alternativement, les molécules peuvent être insérées uniquement aux positions définies dans positions.dat
(-ip). Ce fichier doit avoir 3 colonnes (x,y,z), qui donnent les déplacements par rapport à
la position de la molécule d'entrée (-Là). Par conséquent, si ce fichier doit contenir l'absolu
positions, la molécule doit être centrée sur (0,0,0) avant d'utiliser gmx insert-molécules
(par exemple de gmx modifierconf -centre). Les commentaires dans ce fichier commençant par # sont ignorés.
Option -dr définit les déplacements maximum autorisés lors des essais d'insertion. -essayer ainsi que
-Rouge fonctionne comme dans le mode par défaut (voir ci-dessus).
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.gro/.g96/...>] (protéine.gro) (Facultatif)
Configuration existante à insérer dans : gro g96 pdb brk ent esp tpr
-Là [<.gro/.g96/...>] (insérer.gro)
Configuration à insérer : gro g96 pdb brk ent esp tpr
-ip [<.dat>] (positions.dat) (Facultatif)
Positions d'essai d'insertion prédéfinies
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
Configuration de la sortie après insertion : gro g96 pdb brk ent esp
D'autres options:
-boîte (0 0 0)
Taille de la boîte (en nm)
-nmol (0)
Nombre de molécules supplémentaires à insérer
-essayer (10)
Essayez d'insérer -nmol fois -essayer fois
-la graine (1997)
Générateur de graines aléatoires
-rayon (0.105)
Distance par défaut de van der Waals
-échelle (0.57)
Facteur d'échelle pour multiplier les rayons de Van der Waals de la base de données en
share/gromacs/top/vdwradii.dat. La valeur par défaut de 0.57 donne une densité proche de
1000 g/l pour les protéines dans l'eau.
-dr (0 0 0)
Déplacement autorisé en x/y/z à partir des positions dans -ip filet
-Rouge
Rotation aléatoire des molécules insérées : xyz, z, aucun
Utilisez gmx-insert-molecules en ligne en utilisant les services onworks.net
