Il s'agit de la commande gmx-mindist qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-mindist - Calculer la distance minimale entre deux groupes
SYNOPSIS
esprit gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.xvg>]] [-On [<.xvg>]] [-o [<.out>]]
[-bœuf [<.xtc/.trr/...>]] [Ou [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-toi ] [-[maintenant]
[-xvg ] [-[pas]matrice] [-[non]max] [-d ]
[-[pas]groupe] [-[non]pi] [-[pas]séparer] [-ng ]
[-[non]pbc] [-[pas] de temps de réponse] [-[no]nom d'impression]
DESCRIPTION
gmx mentaliste calcule la distance entre un groupe et un certain nombre d'autres groupes. Les deux
distance minimale (entre toute paire d'atomes des groupes respectifs) et le nombre de
les contacts situés à une distance donnée sont écrits dans deux fichiers de sortie distincts. Avec le
-groupe option un contact d'un atome dans un autre groupe avec plusieurs atomes dans le premier groupe
est compté comme un contact au lieu de plusieurs contacts. Avec Ou, distances minimales à
chaque résidu du premier groupe est déterminé et tracé en fonction du résidu
.
Avec l'option -pi la distance minimale d'un groupe à son image périodique est tracée. C'est
utile pour vérifier si une protéine a vu son image périodique lors d'une simulation. Seulement un
décalage dans chaque direction est pris en compte, ce qui donne un total de 26 décalages. Il trace également le
distance maximale au sein du groupe et les longueurs des trois vecteurs de boîte.
Aussi gmx distance ainsi que gmx pairdiste calculer des distances.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facultatif)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-od [<.xvg>] (esprit.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-On [<.xvg>] (numcont.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
-o [<.out>] (atm-pair.out) (Facultatif)
Fichier de sortie générique
-bœuf [<.xtc/.trr/...>] (mindist.xtc) (Facultatif)
Trajectoire: xtc trr gro g96 pdb tng
Ou [<.xvg>] (mindistres.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps ainsi que .pdb fichiers
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-[pas]matrice (non)
Calculer une demi-matrice de distances groupe-groupe
-[non]max (non)
Calculer maximales distance au lieu du minimum
-d (0.6)
Distance pour les contacts
-[pas]groupe (non)
Comptez les contacts avec plusieurs atomes dans le premier groupe comme un
-[non]pi (non)
Calculer la distance minimale avec des images périodiques
-[pas]séparer (non)
Graphique fractionné où le temps est égal à zéro
-ng (1)
Nombre de groupes secondaires pour calculer la distance à un groupe central
-[non]pbc (Oui)
Prendre en compte les conditions aux limites périodiques
-[pas] de temps de réponse (non)
Lors de l'écriture des distances par résidu, écrivez la distance pour chaque point dans le temps
-[no]nom d'impression (non)
Écrire les noms des résidus
Utilisez gmx-mindist en ligne en utilisant les services onworks.net
