Il s'agit de la commande gmx-rmsf qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-rmsf - Calculer les fluctuations atomiques
SYNOPSIS
gmx rmsf[-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-bœuf [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [est [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[maintenant] [-xvg ] [-[non]res]
[-[pas] d'aniso] [-[pas] en forme]
DESCRIPTION
gmx RMSF calcule la fluctuation de la moyenne quadratique (RMSF, c'est-à-dire l'écart type) de
positions atomiques dans la trajectoire (fournies avec -f) après (éventuellement) montage sur un
cadre de référence (fourni avec -s).
Avec l'option -oq les valeurs RMSF sont converties en valeurs de facteur B, qui sont écrites dans un
.pdb fichier avec les coordonnées, du fichier de structure, ou d'un .pdb fichier quand -q is
spécifié. Option -bœuf écrit les facteurs B dans un fichier avec les coordonnées moyennes.
Avec la possibilité -od l'écart quadratique moyen par rapport à la structure de référence
est calculé.
Avec la possibilité -aniso, gmx RMSF calculera les facteurs de température anisotropes, puis il
produira également des coordonnées moyennes et un .pdb fichier avec fiches ANISOU (correspondant à
le -oq or -bœuf option). Veuillez noter que les valeurs U dépendent de l'orientation, donc avant
comparaison avec les données expérimentales, vous devez vérifier que vous vous adaptez aux données expérimentales
coordonnées.
Quand un .pdb le fichier d'entrée est transmis au programme et le -aniso le drapeau est mis une corrélation
tracé de l'Uij sera créé, si des facteurs de température anisotropes sont présents dans le
.pdb fichier.
Avec l'option est la matrice MSF moyenne (3x3) est diagonalisée. Cela montre les directions
dans lequel les atomes fluctuent le plus et le moins.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Facultatif)
Fichier de banque de données de protéines
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (Facultatif)
Fichier de banque de données de protéines
-bœuf [<.pdb>] (xaver.pdb) (Facultatif)
Fichier de banque de données de protéines
-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
est [<.log>] (rmsf.log) (Facultatif)
Fichier journal
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps ainsi que .pdb fichiers
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-[non]res (non)
Calculer des moyennes pour chaque résidu
-[pas] d'aniso (non)
Calculer les facteurs de température anisotropes
-[pas] en forme (Oui)
Faites une superposition des moindres carrés avant de calculer RMSF. Sans cela, vous devez faire
s'assurer que la structure de référence et la trajectoire correspondent.
Utilisez gmx-rmsf en ligne en utilisant les services onworks.net
